本文關(guān)鍵詞：基于鄰域粗糙集的腫瘤基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)分析

  更多相關(guān)文章： 鄰域粗糙集 屬性分類效率 基因表達(dá)譜數(shù)據(jù) 信息基因 分類準(zhǔn)確率

【摘要】：基于腫瘤不同的亞型的精確識(shí)別對(duì)于良性腫瘤的預(yù)防和癌癥的治療都非常關(guān)鍵,腫瘤不同的亞型分類研究獲取了重大的關(guān)注度,而腫瘤基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)為研究提供了重要的資源。針對(duì)基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)中包含的特征,目前出現(xiàn)了多種信息基因選取的方法。鄰域粗糙集理論在各個(gè)應(yīng)用領(lǐng)域的日益成熟,為分析這類數(shù)據(jù)提供了另一種有用的研究工具。在鄰域互信息信息基因選擇算法及擴(kuò)展的鄰域條件互信息信息基因選擇算法中,計(jì)算基因?qū)傩耘c決策屬性之間的互信息值是復(fù)雜的。根據(jù)每個(gè)基因?qū)傩杂?jì)算出的互信息值對(duì)基因進(jìn)行排序,選取前K個(gè)基因,設(shè)定一個(gè)合適的判別函數(shù)進(jìn)行降維處理。整個(gè)過程的計(jì)算量大時(shí)間長(zhǎng),而且選取合適的K值需要多次實(shí)驗(yàn)測(cè)試。針對(duì)這些考慮,本文提出了鄰域粗糙集屬性分類效率算法(NRSACE)。一般可知對(duì)于腫瘤分類來說有效的基因數(shù)目并不多,分類效率太低的基因我們可以設(shè)置最低分類效率控制值對(duì)其進(jìn)行直接刪除,基于這些想法,NRSACE算法直接計(jì)算基因?qū)傩缘姆诸愋?對(duì)基因邊排序邊選擇,獲取所需的相對(duì)約簡(jiǎn)信息基因集。最后采用支持向量機(jī)分類器和K最近鄰分類器對(duì)選取的信息基因集的分類能力進(jìn)行驗(yàn)證,說明本文提出的鄰域粗糙集屬性分類效率信息基因選擇算法的有效性。本文選了4組通用的腫瘤基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)對(duì)提出的NRSACE算法進(jìn)行了實(shí)驗(yàn)分析,4組數(shù)據(jù)分別是DLBCL、Leukemia1、Leukemia2和SRBCT腫瘤基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)實(shí)驗(yàn)分析結(jié)果顯示,根據(jù)調(diào)節(jié)模型鄰域參數(shù)δ的取值,4類腫瘤亞型的分類精度的平均值都可達(dá)到百分之九十八以上,而且實(shí)驗(yàn)分類精度的波動(dòng)范圍很小。SRBCT數(shù)據(jù)集的分析結(jié)果顯示其平均分類準(zhǔn)確率提高接近14%。本文對(duì)模型的穩(wěn)健性進(jìn)行了測(cè)試,隨機(jī)刪除原始數(shù)據(jù)集中5%的樣本數(shù),對(duì)剩余樣本利用NRSACE算法進(jìn)行分析,選取的信息基因集的元素個(gè)數(shù)協(xié)同選擇的基因集具體元素相差不大,同時(shí)平均分類準(zhǔn)確率相對(duì)穩(wěn)定。所有分析表明,我們的研究具有一定的意義。
【關(guān)鍵詞】：鄰域粗糙集 屬性分類效率 基因表達(dá)譜數(shù)據(jù) 信息基因 分類準(zhǔn)確率
【學(xué)位授予單位】：湘潭大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R73-3
【目錄】：

• 摘要5-6
• Abstract6-9
• 第一章 緒論9-12
• 1.1 研究背景及意義9-10
• 1.2 研究現(xiàn)狀10-11
• 1.3 文章主體結(jié)構(gòu)11-12
• 第二章 基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)和鄰域粗糙集相關(guān)理論12-23
• 2.1 基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)12-14
• 2.1.1 基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)的概述12
• 2.1.2 基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)的特點(diǎn)12-14
• 2.2 鄰域粗糙集相關(guān)理論14-20
• 2.2.1 鄰域粗糙集15-16
• 2.2.2 鄰域互信息和鄰域條件互信息16-17
• 2.2.3 鄰域粗糙集屬性分類效率17-20
• 2.3 支持向量機(jī)和KNN分類器20-22
• 2.4 本章小結(jié)22-23
• 第三章 基于鄰域粗糙集的信息基因選擇算法23-34
• 3.1 算法設(shè)計(jì)23-26
• 3.2 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)描述26
• 3.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析26-32
• 3.4 模型的穩(wěn)健性分析32-33
• 3.5 本章小結(jié)33-34
• 第四章 結(jié)論與展望34-35
• 參考文獻(xiàn)35-39
• 致謝39

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 孫德利,舒琦瑾;基因表達(dá)譜在中醫(yī)藥研究中的意義[J];中國(guó)中醫(yī)藥信息雜志;2002年01期

2 劉s，

本文編號(hào)：544326