目的:肝細(xì)胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是一種多在中晚期發(fā)現(xiàn),死亡率高,患者預(yù)后極差的常見癌癥。因此,我們的研究目的是分析HCC患者的lncRNA表達(dá)譜,篩選與HCC預(yù)后密切相關(guān)的潛在lncRNA,為尋找HCC預(yù)后生物標(biāo)記物提供新思路。方法:在美國癌癥腫瘤基因圖譜數(shù)據(jù)庫下載424例基因表達(dá)數(shù)據(jù),其中包括374例肝癌組織及50例癌旁正常組織。利用Perl語言和R語言的limma包進(jìn)行數(shù)據(jù)預(yù)處理。對(duì)納入研究的患者利用Caret包隨機(jī)分為訓(xùn)練集和測(cè)試集。采用edgeR包篩選差異表達(dá)的lncRNA,通過單因素COX回歸分析、LASSO回歸和多因素COX分析篩選出lncRNAs并構(gòu)建預(yù)后模型,Kaplan-Meier生存分析、受試者工作曲線分析預(yù)后模型評(píng)估患者預(yù)后的能力;二分類邏輯回歸建立診斷模型,受試者工作曲線分析評(píng)價(jià)診斷效能。風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分與臨床資料的相關(guān)性采用卡方檢驗(yàn)進(jìn)行分析;單因素和多因素COX回歸分析進(jìn)一步分析包括患者的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分和臨床資料在內(nèi)的各個(gè)因素與患者生存之間的相關(guān)性;配對(duì)差異分析明確AC007998.3的表達(dá)情況;Kaplan-Meier生存分析...

【文章頁數(shù)】：95 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖3.1差異lncRNA火山圖

15CharacteristicsTotal(%)HBVWithHBV137(37.74)WithoutHBV23(6.34)NA203(55.92)HepatitisCWithHCV22(6.06)WithoutHCV138(38.02)NA203(55.92)Formersm....

圖3.2LASSO回歸分析篩選候選的lncRNA（A）191個(gè)候選lncRNA的LASSO回歸系數(shù)分布圖；（B）10折交叉驗(yàn)證選擇懲罰參數(shù)lambda

19圖3.2LASSO回歸分析篩選候選的lncRNA（A）191個(gè)候選lncRNA的LASSO回歸系數(shù)分布圖；（B）10折交叉驗(yàn)證選擇懲罰參數(shù)lambda。Figure3.2ThecandidategenewerefurtherselectedusingLASSOregressi....

圖3.313個(gè)lncRNA風(fēng)險(xiǎn)值分布、生存狀態(tài)和表達(dá)譜熱圖（A）患者的風(fēng)險(xiǎn)值分布圖；紅色的點(diǎn)代表高風(fēng)險(xiǎn)患者，綠色的點(diǎn)代表低風(fēng)險(xiǎn)患者（B）患者的生存狀態(tài)圖；以虛線為界，左邊為低風(fēng)險(xiǎn)組，右邊為高風(fēng)險(xiǎn)組（C）患者的表達(dá)譜熱圖

21ADGRD1-AS1、AC016717.2、LINC01370、AC007998.3作為增加患者死亡風(fēng)險(xiǎn)的因素，其表達(dá)信號(hào)在高風(fēng)險(xiǎn)組患者中更強(qiáng)，其風(fēng)險(xiǎn)因子的表達(dá)情況與回歸系數(shù)的正負(fù)表達(dá)的意義保持一致。圖3.313個(gè)lncRNA風(fēng)險(xiǎn)值分布、生存狀態(tài)和表達(dá)譜熱圖（A）患者的風(fēng)險(xiǎn)值....

圖3.4訓(xùn)練集的Kaplan-Meier生存分析曲線

22Kaplan-Meier生存分析結(jié)果表明，高風(fēng)險(xiǎn)組的患者的平均生存時(shí)間是649天，3年生存率為0.3867（95%CI：0.2748-0.5442），五年生存率下降至0.2596（95%CI:0.1540-0.4375）。低風(fēng)險(xiǎn)組的患者的平均生存時(shí)間是3124天，三年生存率為....

本文編號(hào)：3981796