目的:檢測原發(fā)性肝癌與肝轉(zhuǎn)移瘤患者血液中循環(huán)腫瘤DNA,觀察原發(fā)性肝癌組織中的突變基因與原發(fā)性肝癌患者循環(huán)腫瘤DNA中基因突變是否一致;比較其中突變基因位點,評估不同突變基因在原發(fā)性肝癌的臨床診斷中的價值。方法:提取血漿ctDNA,利用Agilent的液相芯片捕獲技術(shù)捕獲癌癥發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)的基因,通過Illumina HiSep測序平臺進行高通量測序,檢測肝癌的多個基因變異類型,得到不同變異位點注釋結(jié)果。在cosmic數(shù)據(jù)庫中查找出原發(fā)性肝癌組織中檢測到的20個高頻突變基因。分別記錄這20個高頻突變基因在兩組樣本中突變位點情況,篩選后基因位點情況,結(jié)果進行對比、分析。結(jié)果:(1)原發(fā)性肝癌和肝轉(zhuǎn)移瘤患者血漿中循環(huán)腫瘤DNA提取測序均可檢測出不同的癌癥相關(guān)基因位點,其中對比原發(fā)性肝癌組織的高頻突變基因,原發(fā)性肝癌中可檢測到絕大部分原發(fā)性肝癌組織中的突變基因位點,具有一致性。(2)20個原發(fā)性肝癌組織高頻突變基因在原發(fā)性肝癌患者循環(huán)腫瘤DNA中17個基因檢測到突變位點,其中LRP1B、KMT2C、ALK、PTPRT、SETD2、ATM、PTEN等7個基因在所有樣本中均有發(fā)現(xiàn)突變位點。(3...

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【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖2.1建庫流程圖

11試劑盒進行DNA建庫和捕獲，嚴格按照說明書推薦的試劑和耗材來進行實驗，并參照最新的經(jīng)過優(yōu)化的實驗流程進行操作。實驗基本流程：先使用Covaris破碎儀將基因組DNA隨機打斷成長度為180-280bp的片段；在DNA末端修復和加A尾，然后在片段兩端分別連接上接頭制備DNA文庫。....

圖2.2注釋結(jié)果展示注：CHROM：染色體POS：變異位點ID：dbSNP注釋IDRef：參考基因組堿基型Alt：測序數(shù)據(jù)堿基型

12列結(jié)果以FASTQ(簡稱為fq)文件格式等方式存儲，其中包含測序序列(reads)的序列信息和測序序列的測序質(zhì)量信息。利用BWA、Samblaster、Sambamba軟件，測序結(jié)果與參考基因組進行進行比對，得到bam結(jié)果。6.變異位點注釋結(jié)果利用ANNOVAR軟件對變異位點....

圖3.1cosmic數(shù)據(jù)庫中HCC高頻突變基因

13第3章結(jié)果3.1原發(fā)性肝癌組織中已驗證的突變頻率較高的基因情況數(shù)據(jù)在cosmic數(shù)據(jù)庫查詢，原發(fā)性肝癌組織的突變基因中突變頻率高的前20個基因如圖3.1所示。圖3.1cosmic數(shù)據(jù)庫中HCC高頻突變基因3.2原發(fā)性肝癌組織中的高頻突變基因在原發(fā)性肝癌患者血清ctDNA基因檢....

本文編號：3927635