第一部分氫氣干預(yù)肺癌細胞的蛋白質(zhì)組學分析目的:探究氫氣干預(yù)對肺癌細胞A549蛋白表達水平的影響,以探究氫氣抑制肺癌進展的相關(guān)機制。方法:將A549細胞分為2組,對照組和60%氫氣組,每組設(shè)置三個重復(fù)實驗。氫氣處理72 h后收集蛋白,對兩組A549細胞中提取的蛋白進行非標記定量蛋白組測序確定2組差異表達蛋白,隨后對照這些差異蛋白進行基因本體(Gene Ontology)、KEGG pathway和蛋白-蛋白相互作用(Protein-protein interaction)分析。此外,選取肺癌A549和H1975細胞,均分為對照組和60%氫氣處理組,分別應(yīng)用實時熒光定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(Real-time fluorescent quantitative reverse transcription polymerase chain reaction,q RT-PCR)和蛋白免疫印跡技術(shù)(western blotting)檢測2組細胞中CD47 m RNA和蛋白的相對表達水平。結(jié)果:1.較對照組相比,氫氣處理可造成58個蛋白表達差異,其中包含35個上調(diào)蛋白,23個下調(diào)蛋白;2.58個差異表...

【文章頁數(shù)】：120 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

圖1蛋白豐度分布圖。y軸代表蛋白的絕對量,不同顏色代表該蛋白是否差異表達

如下圖1所示,本研究中細胞樣本中蛋白的動態(tài)范圍大于6個數(shù)量級。3.定量重復(fù)性

圖2對照組(NC)和氫氣處理組(H)蛋白的定量重復(fù)性

定量重復(fù)性決定了定量實驗的靈敏度和可靠性,無需技術(shù)重復(fù),故這里只對生物學重復(fù)進行重復(fù)性評估。組間定量變異系數(shù)越小,表明定量重復(fù)性高。如下圖2所示,本研究中2組樣本中絕大部分蛋白沒有表達差異,表明樣品之間具有很高的一致性。4.差異表達蛋白分析

圖3兩組樣本中差異蛋白的火山圖。深綠色表示下調(diào)的蛋白,橙黃色表示上調(diào)的蛋白,淺黃色表示無統(tǒng)計學差異的蛋白

本次實驗中,多肽和蛋白水平FDR均控制在0.01,差異倍數(shù)選擇鑒定及定量結(jié)果統(tǒng)計如下:當?shù)鞍椎谋磉_倍數(shù)差異(ratioA/B>1.5),Pvalue<0.05時認為蛋白在不同組間的表達具有顯著性差異。據(jù)統(tǒng)計,本研究共檢測27184個多肽、3395種蛋白、2510個可定量蛋白,....

圖4差異蛋白的層次聚類分析圖。頂端顏色條代表樣品分組情況,底端為對應(yīng)樣品名稱,右側(cè)圖例Z-score以顏色代表蛋白的相對表達水平,紅色表示上調(diào),藍色表示下調(diào)

圖3兩組樣本中差異蛋白的火山圖。深綠色表示下調(diào)的蛋白,橙黃色表示上調(diào)的蛋白,淺黃色表示無統(tǒng)計學差異的蛋白此外,表1列出了5個上調(diào)(HIST1H1C、HIST1H2AH、A0A024R4F1、hCG_24991、LSM2)和下調(diào)(BAT3、CD47、ACOT13、CLPP、CHM....

本文編號：3915042