目的食管鱗狀細(xì)胞癌(Esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)是一種高侵襲性、預(yù)后較差的胃腸道惡性腫瘤。環(huán)狀RNA在不同組織或不同發(fā)育階段表達(dá)的差異性和其環(huán)狀結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性使其可能作為一種良好的預(yù)后標(biāo)志物。本研究的目的是探討環(huán)狀RNA在食管鱗癌患者中的表達(dá)譜,識別出具有預(yù)后意義的環(huán)狀RNA,并利用環(huán)狀RNA相關(guān)特征來預(yù)測食管鱗癌患者的生存期。資料及方法通過RNA-seq檢測73對食管鱗癌患者的腫瘤組織和正常組織的環(huán)狀RNA表達(dá)譜。采用主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)、T分布隨機近鄰嵌入算法(T-Distribution Stochastic Neighbour Embedding,t-SNE)和層次聚類等生物信息學(xué)方法分析環(huán)狀RNA的表達(dá)特征。以73對食管鱗癌患者為測試組,以125例術(shù)后食管鱗癌患者的獨立隊列作為驗證組。經(jīng)過實時定量PCR(Real-time quantitative PCR,qRT-PCR)、瓊脂糖凝膠電泳、RNA熒光原位雜交(RNA fluorescence in situ hybri...

【文章頁數(shù)】：59 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１?Ａ：環(huán)狀ＲＮＡ在７３個食管鱗癌術(shù)后患者的腫瘤組織和癌旁組織中的表達(dá)譜；Ｂ：環(huán)狀??ＲＮＡ可變剪接體的數(shù)量與其基因中外顯子數(shù)目成正比；Ｃ：環(huán)狀ＲＮＡ轉(zhuǎn)錄本在各個樣本??中表達(dá)的豐度

?結(jié)果???２結(jié)果??２．１環(huán)狀ＲＮＡ在食管癌患者中的表達(dá)譜??我們從７３個食管鱗癌術(shù)后患者的腫瘤組織和癌旁組織中提取總ＲＮＡ，采??用ＲＮａｓｅＲ消除線性ＲＮＡ，對環(huán)狀ＲＮＡ轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行富集，經(jīng)高通量測序分析，??從這些樣本中共檢測到１２８１６５種環(huán)狀ＲＮＡ，其中２５９４５種環(huán)狀....

圖２?Ａ：經(jīng)ＰＣＡ及ｔ－ＳＮＥ無監(jiān)督聚類分析后，可將組織樣本分為２組，紅色為腫瘤組織，??藍(lán)色為正常組織；Ｂ：在食管癌組織樣本和癌旁組織樣本中，前２０位差異表達(dá)的環(huán)狀ＲＮＡ

?結(jié)果???２．２環(huán)狀ＲＮＡ食管癌組織與癌旁組織中差異表達(dá)??針對７３對食管癌患者組織樣本的環(huán)狀ＲＮＡ的表達(dá)譜，用Ｒ包Ｓｅｕｍｔ進(jìn)行??ＰＣＡ、ｔ－ＳＮＥ降維及無監(jiān)督聚類分析。我們發(fā)現(xiàn)，根據(jù)環(huán)狀ＲＮＡ的表達(dá)譜，可??將樣本識別并分成兩個組，查閱與他們相對應(yīng)的臨床資料，我們發(fā)現(xiàn)其中....

圖３?Ａ：環(huán)狀ＲＮＡ在７３對癌組織及癌旁組織中的表達(dá)；Ｂ：瓊脂糖?

■一?—???—?ｈｓａ＿ｃｉｒｃ＿０００１８２１－２５１ｂｐ??２００ｂｐ?ＺＺ．?ｍｍ?？？?ｍｍ?＾?？？?？？?ｈｓａ＿ｃｉｒｃ＿０００２８７４－１９５ｂｐ??２〇〇ｂｐ：?？？簡ｈｓａ＿ｄｒｃ＿〇〇〇１７〇７＿１６８ｂｐ??ｌＯＯｂｐ?Ｉ?ｈｓａ＿ｃｉｒｃ＿００００４７....

圖４：與ＥＳＣＣ患者的ＯＳ顯著相關(guān)環(huán)狀ＲＮＡ?（Ｐ＜?０．０５）及其在轉(zhuǎn)錄本中的位置??

?結(jié)果???６??，１０２９?Ｅｘｏｎ、??①?Ｉｎｔｒｏｎ?６８??４?－?Ｘ＾＾＾ｌｎｔｅｒｇｅｎｉｃ?ｒｅｇｉｏｎ?１０５??ＣＤ?？?．?？？??＞??￥?＃Ｚ、??－２?０?２?４??ＣＯＸ?ｃｏｅｆｆｉｅｎｔ??圖４：與ＥＳＣＣ患者的ＯＳ顯著相關(guān)環(huán)狀ＲＮＡ?（Ｐ＜?０....

本文編號：3897405