背景:lncRNA拷貝數(shù)變異(CNV)是消除lncRNA表達的重要機制之一,可能在腫瘤發(fā)生中起重要作用。這樣,lncRNA拷貝數(shù)的改變可以揭示癌癥的發(fā)展階段,并作為患者預后的生物標志物,但這種可能性很少被研究。黑色素瘤的高死亡率和低存活率主要是由于診斷和治療的延誤。目的:因此,迫切需要識別早期黑色素瘤生物標志物和新的治療靶點。方法:在本研究中,我們使用了常用的生物學方法、加權基因共表達網(wǎng)絡分析(WGCNA)和lncRNA表達數(shù)據(jù)來評估這類生物標志物的識別潛力。結果:11個lncRNA,即LINC01238、BASP1-AS1、LOC100506098、LINC-PINT、LOC100506585、RNF139-AS1、MALAT1、PCED1B-AS1、LINC02384、ARHGAP27P1和LINC01532被鑒定為獨立的黑色素瘤表達數(shù)據(jù)集。此外,我們通過功能和途徑富集分析對這些lncRNA進行了表征,并確定了哪些lncRNA在正常和黑素瘤樣本之間表現(xiàn)出差異表達、差異啟動子甲基化水平和拷貝數(shù)改變。最后,我們進行了生存分析,確定了4種lncRNAs,BASP1-AS1、LOC1005...

【文章頁數(shù)】：48 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1A:5個無病生存亞型的KM曲線

14圖1A:5個無病生存亞型的KM曲線。B:每個亞型中突變頻率最高的前20個基因的韋恩圖。C:每個樣本中每個亞型前20個基因突變的頻率。3.2LncRNA和編碼基因在不同亞型間的差異分析分析lncRNA和編碼基因在不同亞型間的差異。使用RpackageDEseq2，我們首先排除了....

圖2A-E:lncRNA火山圖的五個亞型之間的差異，橙色表示上調(diào)，綠色表示下調(diào)

15表2每個子類型的統(tǒng)計差異TypeC1C2C3C4C5PCG_Down28385107841089386PCG_Up7936093631231102PCG_All3631111911472320488Lnc_Down2124413602796287Lnc_Up607433268....

圖3A-E:基于倍數(shù)差異的每個子類型的GSEA分析

16之間也存在差異。圖3A-E:基于倍數(shù)差異的每個子類型的GSEA分析。F:lncRNA的5個亞型之間的關系。3.3編碼基因和lncRNA的功能富集分析基于這些差異編碼基因和lncRNA表達譜，利用WGCNA共表達算法挖掘共表達編碼基因和lncRNA共表達模塊。首先，我們將FPK....

圖4A:樣本聚類分析

17鄰接矩陣,然后將鄰接矩陣轉換為一個拓撲矩陣。在TOM的基礎上，根據(jù)混合動態(tài)剪接樹的標準，采用平均連鎖層次聚類方法對基因進行聚類，并將每個基因的最小基因數(shù)(lncRNA)網(wǎng)絡模塊設置為30。采用動態(tài)剪切法確定基因模塊后，依次計算每個模塊的特征基因，然后對模塊進行聚類，將較近的模....

本文編號：3890775