背景介紹胃癌是我國最常見的惡性腫瘤,起病隱匿,晚期胃癌預后極差。早期診斷是改善其預后的關(guān)鍵。隨著次世代測序技術(shù)和質(zhì)譜技術(shù)的發(fā)展,組學關(guān)聯(lián)分析越來越受到重視,許多研究利用代謝組學和轉(zhuǎn)錄組學聯(lián)合分析,探究腫瘤的發(fā)病機制。如同血液尿液一樣,唾液可以用來監(jiān)測人體的生理病理變化,且在收集,存儲,運輸和大量采樣方面具有巨大優(yōu)勢。方法收集157名胃癌患者和30良性胃病患者的唾液進行超高像色譜質(zhì)譜分析,再通過學生t檢驗(p<0.05)和OPLS-DA(VIP>1)分析尋找診斷相關(guān)標志物,之后再對患者進行隨訪并對隨訪數(shù)據(jù)進行COX風險回歸分析篩選預后相關(guān)代謝物。同時收集了100名患者的胃癌組織樣本和30例癌旁組織樣本進行轉(zhuǎn)錄組學測序,以q(多重假設檢驗校正的p值)小于0.05,兩組間基因表達差異倍數(shù)(foldchange)的絕對值大于2作為標準篩選顯著性DEGs。最后,對兩個組學的數(shù)據(jù)進行KEGG pathway富集分析,以KEGG數(shù)據(jù)庫為平臺進行關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果在唾液UHPLC-MS分析中得到了58個顯著差異的代謝物�；�8個差異代謝物的診斷模型提供了最佳的診斷靈敏度和特異度,經(jīng)留一法交叉驗...

【文章頁數(shù)】：60 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
英文縮略詞表
中文摘要
英文摘要
引言
第一章 唾液組學分析
    1.1 材料與方法
        1.1.1 患者招募和臨床特征
        1.1.2 樣本收集
        1.1.3 UHPLC-MS實驗流程
    1.2 代謝組學結(jié)果
        1.2.1 色譜質(zhì)譜原始數(shù)據(jù)處理
        1.2.2 唾液差異代謝物的篩選和組間分布情況
        1.2.3 診斷函數(shù)模型
        1.2.4 代謝物的預后相關(guān)性分析
        1.2.5 KEGG pathway分析
    1.3 討論
        1.3.1 差異代謝物反映出差異代謝通路變化
        1.3.2 新穎的差異代謝物
        1.3.3 唾液代謝組的診斷效力和預后評估
第二章 轉(zhuǎn)錄組學分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 標本收集
        2.1.2 測序流程
    2.2 測序結(jié)果
        2.2.1 測序結(jié)果的質(zhì)控檢查和比對數(shù)據(jù)庫
        2.2.2 轉(zhuǎn)錄組測序的定量分析和差異基因分析
    2.3 討論
第三章 組學關(guān)聯(lián)分析
    3.1 關(guān)聯(lián)分析結(jié)果
    3.2 討論
第四章 結(jié)語
    4.1 結(jié)論
    4.2 展望
附錄 個人簡歷
致謝
參考文獻
    引言參考文獻
    正文參考文獻
基于次世代測序和質(zhì)譜分析的多組學關(guān)聯(lián)分析對胃癌研究的啟示
    參考文獻



本文編號：3740535