第一部分肝癌相關基因的生物信息學分析目的:利用生物信息學的技術來分析肝細胞肝癌的轉錄基因組芯片數(shù)據(jù)集以尋找出與肝癌發(fā)生發(fā)展有緊密相關性的關鍵基因,進而探究出肝癌發(fā)生發(fā)展的分子機制,以期尋找到可以預測肝癌患者生存的生物標記物,為肝癌的診斷和治療提供新的方向。方法:通過在GEO數(shù)據(jù)庫中下載的公開發(fā)表過的肝癌基因芯片數(shù)據(jù)集（GSE4520-3921、GSE14520-571、GSE39791、GSE57957、GSE76427）來進行肝癌發(fā)生發(fā)展的相關數(shù)據(jù)挖掘分析,應用GE02R程序篩選差異表達的基因,通過DAVID軟件來進一步對篩選出的差異表達的基因進行GO功能分析和KEGG信號通路富集分析,最后利用STRING軟件對差異基因所編碼的蛋白質進行蛋白質-蛋白質相互作用網絡分析,找到PPI網絡中處在關鍵位置的關鍵基因,并聯(lián)合應用TCGA數(shù)據(jù)庫來檢驗以上關鍵基因對肝癌患者生存期的影響。結果:通過生信分析我們總共篩選出151個差異表達的基因,這其中有22個差異基因上調表達,有129個差異基因下調表達。GO功能富集分析的結果顯示上調差異基因及下調差異基因均在細胞外外泌體功能中富集。KEGG信號通路富... 

【文章來源】：青島大學山東省

【文章頁數(shù)】：46 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

差異基因

材料與方法4個、342個、309個、400個。通過Venn軟件分別作Venn圖取交集，最后我們發(fā)現(xiàn)在5個數(shù)據(jù)集中共同存在的差異基因為151個，其中在5個數(shù)據(jù)集中均上調表達的差異基因為22個，均下調表達的差異基因為129個（見圖1）。上調差異表達基因下調差異表達基因圖1差異基因Venn圖2.2差異基因的GO功能富集分析及KEGG信號通路富集分析我們選取至少在3個基因芯片數(shù)據(jù)集中共有的差異表達基因，通過DAVID軟件對這些差異表達基因進行GO功能富集分析及KEGG信號通路富集分析。GO功能富集分析結果顯示上調表達的差異基因主要富集在細胞外外泌體、細胞液等功能方面，而下調表達的差異基因主要富集在細胞外外泌體、胞外體等方面（見圖2）。而KEGG信號通路富集分析結果顯示上調表達的差異基因主要富集在細胞周期、PI3K-AKT信號通路、ECM受體相互作用等通路，下調表達的差異基因主要分布在代謝通路等方面（見圖3）。圖2GO功能分析

材料與方法4個、342個、309個、400個。通過Venn軟件分別作Venn圖取交集，最后我們發(fā)現(xiàn)在5個數(shù)據(jù)集中共同存在的差異基因為151個，其中在5個數(shù)據(jù)集中均上調表達的差異基因為22個，均下調表達的差異基因為129個（見圖1）。上調差異表達基因下調差異表達基因圖1差異基因Venn圖2.2差異基因的GO功能富集分析及KEGG信號通路富集分析我們選取至少在3個基因芯片數(shù)據(jù)集中共有的差異表達基因，通過DAVID軟件對這些差異表達基因進行GO功能富集分析及KEGG信號通路富集分析。GO功能富集分析結果顯示上調表達的差異基因主要富集在細胞外外泌體、細胞液等功能方面，而下調表達的差異基因主要富集在細胞外外泌體、胞外體等方面（見圖2）。而KEGG信號通路富集分析結果顯示上調表達的差異基因主要富集在細胞周期、PI3K-AKT信號通路、ECM受體相互作用等通路，下調表達的差異基因主要分布在代謝通路等方面（見圖3）。圖2GO功能分析

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3608504