目的:可變剪切（Alternative Splicing,AS）已成為腫瘤發(fā)展和微環(huán)境形成的關(guān)鍵因素。目前迫切需要對AS事件進(jìn)行全面分析及探究其在乳腺癌（Breast Cancer,BrCa）中的臨床意義。方法:本研究對來自993名BrCa患者的腫瘤基因組圖譜（The Cancer Genome Atlas,TCGA）數(shù)據(jù)使用轉(zhuǎn)錄組測序（RNA Sequencing,RNA-Seq）對AS事件進(jìn)行全基因組分析。然后,在BrCa組織和癌旁正常組織之間確定差異表達(dá)的可變剪切（Differentially expressed Alternative Splicing,DEAS）事件,并對DEAS事件進(jìn)行功能富集分析。同時,使用生物信息學(xué)工具構(gòu)建DEAS事件親本基因相互作用網(wǎng)絡(luò)和剪接網(wǎng)絡(luò)和剪切調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)�；诳偵嫫冢∣verall Survival,簡稱OS）和無病生存期（Disease-Free Survival,簡稱DFS）運用比例風(fēng)險回歸模型（proportional hazards model,Cox模型）方法鑒定出獨立預(yù)后風(fēng)險因素。此外,探究了BrCa基于獨立預(yù)后風(fēng)險因素可能的分子分... 

【文章來源】：湖南師范大學(xué)湖南省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：58 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

（A）upset圖顯示BrCa七中類型剪切事件的交集；（B）七種AS事件模式的原理

碩士學(xué)位論文10圖3-2染色體上AS事件及其親本基因注釋的Circos圖。外圈由代表檢測到的AS事件的點圖，并鏈接到染色體中親本基因的位置，紅點代表差異表達(dá)的AS事件，藍(lán)點代表沒有差異表達(dá)的AS事件。中間的基因名字為DEAS事件親本基因。連線表示DEAS事件的親本基因之間的潛在相互作用。3.2DEAS事件的識別與富集分析直接比較處于不同病理狀態(tài)的基因表達(dá)是篩選參與相應(yīng)生物學(xué)過程的核心基因的有效方法。在許多先前的研究中，該方法已廣泛用于鑒定BrCa相關(guān)功能基因[43]。同樣，BrCa與癌旁正常組織之間存在表達(dá)明顯不同的可變剪切事件也可能在整個BrCa過程中起著至關(guān)重要的作用。因此，我們整合了993例BrCa組織和113例癌旁正常組織的AS事件的PSI，以鑒定DEAS事件。最終，篩選出564個基因的678個DEAS事件。此外，使用基于DEAS事件的無監(jiān)督分層聚類，將腫瘤和正常樣品清晰地分為兩個離散的組，表明篩選的DEAS事件是可信的（圖3-3A）�；鹕綀D顯示了高表達(dá)和低表達(dá)的DEAS事件和部分親本基

乳腺癌的可變剪切事件特征揭示了與預(yù)后及免疫微環(huán)境相關(guān)性11因的名字（圖3-3B）。盡管在BrCa隊列中檢測到了大量的ES事件，但在DEAS事件中ES事件只有一小部分，而AP事件占DEAS事件的39.2％。剪接模式的分布不均勻，表明在癌癥發(fā)展中作用不同。異常的AS事件可能直接影響其親本RNA的表達(dá)。顯然，可變剪切事件可以通過影響mRNA的表達(dá)，從而進(jìn)一步影響蛋白質(zhì)的表達(dá)。接下來，我們通過生物學(xué)功能富集分析來分析DEAS事件的富集途徑。圖3-3（A）BrCa組織和癌旁正常組織的熱圖；（B）：BrCaDEAS事件的火山圖，紅點代表低表達(dá)或高表達(dá)的AS事件；BrCaDEAS事件親本基因的GO分析（C）、KEGG分析（D），所選基因旁邊的藍(lán)色到紅色代碼表示logFC，GOterm代表與親本基因相關(guān)的生物學(xué)行為。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]乳腺癌患者223例分子分型與新輔助化療后MP評價的關(guān)系[J]. 沈夢露,韓記真,劉瑩,成芳.  實用醫(yī)學(xué)雜志. 2017(09)



本文編號：3450547