研究背景肺癌是目前全球發(fā)病率最高的惡性腫瘤之一,也是死亡率最高的惡性腫瘤。就發(fā)病率而言,其在美國男性和女性中均位居第二位。肺腺癌是NSCLC最常見的組織學(xué)亞型之一。肺癌的早期癥狀隱匿,不易發(fā)現(xiàn)。到目前為止,肺癌的早期診斷仍存在一定程度的難度,有統(tǒng)計稱80%的肺癌患者首次診斷已屬晚期,無法外科手術(shù)治療。在肺癌的精確治療中,其發(fā)病、進(jìn)展及耐藥的分子機(jī)制是目前的研究熱點問題,也是藥物治療肺癌的關(guān)鍵所在,而生物標(biāo)志物的篩選對癌癥的精確早期診斷和治療至關(guān)重要。研究方法1.項目通過整合分析中使用的數(shù)據(jù)包括來自miRNA、mRNA以及人參考miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)的肺腺癌的基因表達(dá)數(shù)據(jù)。首先需要收集數(shù)據(jù)并重建肺腺癌特異性網(wǎng)絡(luò),然后根據(jù)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)及其生物學(xué)功能鑒定推測的miRNA生物標(biāo)志物。篩選出的miRNA需要通過文獻(xiàn)挖掘、確認(rèn)和生物信息學(xué)探索,對肺腺癌相關(guān)性進(jìn)行驗證。從公開的GEO數(shù)據(jù)庫中提取肺腺癌的基因表達(dá)和miRNA表達(dá)數(shù)據(jù),數(shù)據(jù)集是GSE63459和GSE36681。將數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化,然后用limma R包中的線性模型選擇差異表達(dá)的mRNA。經(jīng)驗貝葉斯參數(shù)方法應(yīng)用于計算p值和其他參數(shù)。應(yīng)用Benj... 

【文章來源】：山東大學(xué)山東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖１：數(shù)據(jù)收集程序，整合分析鑒定ｍｉＲＮＡ生物標(biāo)志物，??對ｍｉＲＮＡ牛物標(biāo)志物的驗證

文???３．?ｍｉＲＮＡ生物標(biāo)志物的生物學(xué)功能富集驗證??進(jìn)一步進(jìn)行了功能富集分析，通過Ｄａｔａｂａｓｅ?ｆｏｒ?Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ、Ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ和??Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ?Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ?（ＤＡＶＩＤ）在線工具調(diào)查由己鑒定的ｍｉＲＮＡ生物標(biāo)記調(diào)節(jié)??的基因的作用。該分析以兩種方式進(jìn)行：基因本體論（ＧＯ）分析和ＫＥＧＧ途??徑分析。??在ＧＯ分析中，我們在三個層面進(jìn)行了分析：生物過程（ＢＰ），細(xì)胞組分（ＣＣ）??和分子功能（ＭＦ）。前十名最顯著的豐富項目如圖２所示。通過進(jìn)一步的文獻(xiàn)??驗證，我們發(fā)現(xiàn)大多數(shù)項目與肺腺癌有很強(qiáng)的關(guān)系。例如，相關(guān)研宄表明（６３），??分子功能水平上，ＦＧＦＲ２的功能可以由兩種蛋白質(zhì)調(diào)節(jié)一Ｇｒｂ２和Ｐｌｃｙｌ，在缺乏??生長因子是，兩種蛋白質(zhì)將競爭相同的蛋白質(zhì)結(jié)合位點。ＦＧＦＲ２表達(dá)可被??ｍｉＲ－３３８－３ｐ?（—種鑒定的ｍｉＲＮＡ生物標(biāo)志物）抑制。其他方面，如在細(xì)胞質(zhì)（６４）、??膜界限的細(xì)胞器（６５）、代謝過程的正調(diào)控（６６）和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合（６７）等發(fā)面，已通過??生物學(xué)和臨床實驗證實其對肺腺癌的發(fā)生和轉(zhuǎn)移有影響。??Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ?ｐｒｏｃｅｓｓ??Ｐｏｓｉｔｉｖｅ?ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｃｅｌｌｕｌａｒ?ｐｒｏｃｅｓｓ?■■■■■■■■■■■■■■??Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ?ｕｆ?ｎｕｃｒｏｍｕｉｅｃｕｌｅ?ｍｅｔａｂｏｌｉｃ??Ｐｏｓｉｔｔｖｅ?ｒｅｇｕｌａｌｔｏｎ?ｏｆｌｎｏｌｏｇｉｃａｌ?ｐｒｏｃｅｓｓ??Ｋｃｇｕｌａｔｉｏｎ?ｎｌ?ｍｃｒｌａｈｏｌｉｃ?ｐｒｏｃｅｓｓ??Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｐｒｉｍａｒｙ?ｍｅｔａｂｏｌｉｃ?ｐｒｏ

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本文編號：3344039