發(fā)布時間：2020-08-09 12:37

【摘要】：目的:本研究旨在從胃癌差異表達(dá)的mi RNA中挑選與生存密切相關(guān)的特定mi RNA作為預(yù)后生物標(biāo)志物。方法:首先從癌癥基因組圖譜數(shù)據(jù)庫(The Cancer Genome Altas database,TCGA)獲取394例胃癌患者的mi RNA-seq數(shù)據(jù)及相應(yīng)的臨床信息數(shù)據(jù),使用R語言的edg R包篩選癌和癌旁組織之間差異表達(dá)的mi RNA,并使用q PCR驗證分析的可靠性。隨后使用Cox比例風(fēng)險模型和有監(jiān)督主成分分析方法,基于自我驗證(隨機(jī)分為兩個亞組:訓(xùn)練集197例,測試集197例)的方法構(gòu)建mi RNA的線性預(yù)后模型,根據(jù)計算出的預(yù)后得分將患者分為高風(fēng)險組和低風(fēng)險組,并使用時間依賴性ROC曲線來評估該模型的性能。最后,還預(yù)測了預(yù)后模型中mi RNA的靶基因并分析其生物學(xué)功能。結(jié)果:本研究共篩選出299個差異表達(dá)的mi RNA,包括219個上調(diào)的mi RNA和80個下調(diào)的mi RNA,對隨機(jī)挑選的3個mi RNA(mi R-335-5p、has-mi R-21-5p、has-mi R-139-5p)進(jìn)行q PCR驗證的結(jié)果與差異表達(dá)分析結(jié)果具有一致性。構(gòu)建了一個9-mi RNA(mi R-145、mi R-30a、mi R-549a、mi R-4746、mi R-708、mi R-5586、mi R-373、mi R-187、mi R-422a)組成的線性預(yù)后模型,Kaplan-Meier分析顯示,與低風(fēng)險組患者相比,高危組患者的總生存期(Overall Survival,OS)更差。該預(yù)后模型顯示出對早期胃癌患者和化療患者的良好預(yù)后價值,最重要的是這9-mi RNA是胃癌的獨立預(yù)后因子。共預(yù)測到8856個靶基因,靶基因主要在MAPK信號通路、Wnt信號通路、Erb B信號通路、Adherens junction信號通路、TGF-β信號通路和m TOR信號通路等上富集。結(jié)論:1.9-mi RNA(mi R-145、mi R-30a、mi R-549a、mi R-4746、mi R-708、mi R-5586、mi R-373、mi R-187、mi R-422a)是胃癌潛在的預(yù)后生物標(biāo)志物和獨立預(yù)后因子。2.胃癌的發(fā)病機(jī)制可能與MAPK信號通路、Wnt信號通路、Erb B信號通路、Adherens junction信號通路、TGF-β信號通路和m TOR信號通路等相關(guān)。
【學(xué)位授予單位】：南華大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：R735.2
【圖文】：

圖 2.1 TCGA 數(shù)據(jù)庫主頁2.1.1.2 基因本體數(shù)據(jù)庫（Gene ontology，GO）近年來生物信息學(xué)的迅猛發(fā)展，各種數(shù)據(jù)庫應(yīng)運而生，而每一個數(shù)據(jù)庫都有自己的定義、分類，導(dǎo)致同一類的事物在不同的數(shù)據(jù)庫中被定義為不同的名字

其不僅界面友好、操作簡單，而且預(yù)測結(jié)果相對可靠。2.1.3.3 功能富集分析工具一個生物學(xué)過程通常是由一組基因共同參與的，基因調(diào)控的功能具有概念上的交疊，如果研究者們將多個基因直接導(dǎo)入已經(jīng)建立的基因及其產(chǎn)物數(shù)據(jù)庫進(jìn)行注釋，將導(dǎo)致分析結(jié)果冗余，影響后續(xù)分析和最終研究結(jié)果。富集分析（Enrichment Analysis）方法是分析一組基因在某個功能節(jié)點上是否過出現(xiàn)（over-presentation），這往往能識別出與生物現(xiàn)象最相關(guān)的生物過程，節(jié)約時間成本的同時也增加了研究的可靠程度。目前最常用的是基于 GO 和 KEGG 的富集分析方法，統(tǒng)計方法有 Fisher 精確檢驗、Z-score 和累積超幾何分布等，有許多富集分析工具都是基于此開發(fā)的，而應(yīng)用最為廣泛的要數(shù) DAVID（https://david.ncifcrf.gov/），目前已更新到 6.8 版本，它是一個綜合工具，集成了基因富集分析、Gene ID 轉(zhuǎn)換、基因功能分類等多種實用功能，為科研工作者提供了極大的便利。

篩選差異表達(dá)的 miRNA主成分分析直觀地顯示出胃癌樣本（Tumor，紅色圓點）聚集在左樣本（Normal，藍(lán)色圓點）聚集在右前上方，且沒有重疊，表明量在兩組中存在著差異，可以進(jìn)行差異表達(dá)分析。

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前2條

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本文編號：2787126