【摘要】：近年來(lái)的研究表明,長(zhǎng)非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和mRNA可以競(jìng)爭(zhēng)性的與特定 microRNA(miRNA)識(shí)別元件(microRNA recognition element,MRE)結(jié)合,從而作為內(nèi)源性競(jìng)爭(zhēng)RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)在腫瘤發(fā)生和發(fā)展過(guò)程中發(fā)揮特定的生物學(xué)功能。腫瘤抑制基因TP53是癌癥相關(guān)生物進(jìn)程中的主要調(diào)節(jié)子之一,其蛋白產(chǎn)物p53蛋白作為轉(zhuǎn)錄因子(transcription factor,TF)調(diào)控包括miRNA和lncRNA在內(nèi)的靶基因。然而,p53在肝癌中發(fā)揮作用的機(jī)制以及p53調(diào)控的RNA能否構(gòu)成ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)尚未闡明。因此,利用高通量的RNA測(cè)序技術(shù)(小RNA測(cè)序,RNA測(cè)序)鑒定出了 HepG2細(xì)胞中受p53調(diào)控的差異表達(dá)的miRNA、lncRNA和mRNA。隨后,基因組特征比較分析結(jié)果展示了 mRNA和lncRNA之間在轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度、外顯子數(shù)量、亞型數(shù)量和開(kāi)放閱讀框長(zhǎng)度等方面的差異。通過(guò)進(jìn)一步整合實(shí)驗(yàn)證實(shí)的Ago2數(shù)據(jù)和p53結(jié)合位點(diǎn)數(shù)據(jù),找出受p53調(diào)控的miRNA與mRNA和lncRNA之間的調(diào)控關(guān)系,進(jìn)而利用超幾何檢驗(yàn)構(gòu)建出高度可信的p53調(diào)控ceRNA網(wǎng)絡(luò)。而對(duì)p53調(diào)控的mRNA的KEGG通路注釋的結(jié)果表明,該ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)與癌癥發(fā)生過(guò)程以及p53信號(hào)通路都高度相關(guān)。最后,利用中介中心性分析方法(Betweeness Centrality,BC)進(jìn)行分析,識(shí)別了調(diào)控多數(shù)RNA的五個(gè)主要miRNA(包括:hsa-miR-3620-5p、hsa-miR-3613-3p、hsa-miR-6881-3p、hsa-miR-6087 以及hsa-miR-18a-3p),該結(jié)果表明這五個(gè)miRNA在該p53調(diào)控的ceRNA網(wǎng)絡(luò)中發(fā)揮著重要作用。綜上所述,該研究結(jié)果為未來(lái)的癌癥治療研究提供了一種全新的p53網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機(jī)制。增強(qiáng)子是一種增加特定基因表達(dá)頻率的DNA元件。隨著增強(qiáng)子相關(guān)研究的深入,闡明增強(qiáng)子在細(xì)胞調(diào)控中的潛在作用的需求日益增加。因此,專門開(kāi)發(fā)了一個(gè)交互式的數(shù)據(jù)庫(kù) EnhancerDB(http://lcbb.swjtu.edu.cn/EnhancerDB),以探索展示其中的規(guī)律。EnhancerDB主要關(guān)注于融合TF,miRNA,mRNA和SNP在內(nèi)的不同元件,以更好地了解增強(qiáng)子周圍的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及增強(qiáng)子在其中的作用。目前數(shù)據(jù)庫(kù)包含41個(gè)組織或細(xì)胞系,共鑒定出68,592種不同的增強(qiáng)子,并收集整合了 406個(gè)TF,1,727個(gè)microRNA,20,343個(gè)基因和6,920,105個(gè)SNP。除此之外,EnhancerDB提供了一套簡(jiǎn)單易用的工具來(lái)幫助用戶查詢感興趣的元素,并揭示與其相關(guān)的調(diào)控與被調(diào)控的其他元件。
【圖文】：

邐－５邐０邐５邐１０邐－５邐０邐５邐１０逡逑ｌｏｇ２（Ｆｏｌｄ邋Ｃｈａｎｇｅ）逡逑圖２－２差異表達(dá)的ｍＲＮＡ邋（左）、ＩｎｃＲＮＡ邋（中）和ｍｉＲＮＡ邋（右）的火山圖。ｍＲＮＡ、逡逑ＩｎｃＲＮＡ和ｍｉＲＮＡ中具有－ｌｏｇｌ０（ｑ值）＞１．３０１以及ｌｏｇ２（Ｆｏｌｄ邋Ｃｈａｎｇｅ）絕對(duì)值＞邋１的才是差異逡逑表達(dá)的ＲＮＡ。逡逑為了驗(yàn)證ＲＮＡ測(cè)序的準(zhǔn)確性，選擇了部分功能與癌癥相關(guān)的ＲＮＡ進(jìn)行驗(yàn)逡逑證，包括四個(gè)基因（ＰＴＥＮ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ和ＴＰ５３）以及五個(gè)ＩｎｃＲＮＡ逡逑（ＴＧＦＢ２－ＡＳ１、ＡＣ１３２２１７．４、ＲＰ１１－２１１Ｇ３．２、ＲＰ１１－６２Ｆ２４．２邋和邋ＲＰ４－５３３Ｄ７．５）。逡逑結(jié)果與預(yù)期一致，證實(shí)ＲＮＡ測(cè)序結(jié)果的可靠（圖２－３ｂ，圖２－３ｃ）。逡逑Ｑ，邋￣邐ｌ＞－ＳＩＥ－４邐￣邋．邋ｓ邋￣邋￣邋Ｐ＜ＩＦ，Ｈ邋￣邋￣Ｉ邋２０ｊ￣邐Ｐ＜邋ＩＫ－６邐￣邋一．逡逑１０邋；邋：邋：邋！逡逑１０＇邐：邐Ｊ逡逑｜邋ａ邋■■邐５邋ｒ￣＾邐｜，０邋邐邋ＪＣＯＴｔｒｏ，逡逑一 邋＇邋＾■了逡逑－１０．邋：邋５逡逑？邋－１０邋？邋？逡逑Ｃｏｎｔｒｏｌ邋Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ邐Ｃｏｎｔｒｏｌ邐Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ邐Ｃｏｎｔｒｏｌ邐Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ逡逑＾邐ｍＲＮＡ邐ＩｎｃＲＮＡ邐ｍｉｃｒｏＲＮＡ逡逑ｂ

包括四個(gè)基因（ＰＴＥＮ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ和ＴＰ５３）以及五個(gè)ＩｎｃＲＮＡ逡逑（ＴＧＦＢ２－ＡＳ１、ＡＣ１３２２１７．４、ＲＰ１１－２１１Ｇ３．２、ＲＰ１１－６２Ｆ２４．２邋和邋ＲＰ４－５３３Ｄ７．５）。逡逑結(jié)果與預(yù)期一致，證實(shí)ＲＮＡ測(cè)序結(jié)果的可靠（圖２－３ｂ，圖２－３ｃ）。逡逑Ｑ，邋￣邐ｌ＞－ＳＩＥ－４邐￣邋．邋ｓ邋￣邋￣邋Ｐ＜ＩＦ，Ｈ邋￣邋￣Ｉ邋２０ｊ￣邐Ｐ＜邋ＩＫ－６邐￣邋一．逡逑１０邋；邋：邋：邋！逡逑１０＇邐：邐Ｊ逡逑｜邋ａ邋■■邐５邋ｒ￣＾邐｜，，０邋邐邋ＪＣＯＴｔｒｏ，逡逑一 邋＇邋＾■了逡逑－１０．邋：邋５逡逑？邋－１０邋？邋？逡逑Ｃｏｎｔｒｏｌ邋Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ邐Ｃｏｎｔｒｏｌ邐Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ邐Ｃｏｎｔｒｏｌ邐Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ逡逑＾邐ｍＲＮＡ邐ＩｎｃＲＮＡ邐ｍｉｃｒｏＲＮＡ逡逑ｂ
【學(xué)位授予單位】：西南交通大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號(hào)】：R735.7

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本文編號(hào)：2649735