本文選題：RNA-Seq + 肺癌　； 參考：《蘇州大學》2015年碩士論文

【摘要】：肺癌是發(fā)病率和死亡率增長速度最快的惡性腫瘤之一,當前關于肺癌的病理機制尚未完全清楚,分子生物學研究將有助于肺癌的早期診斷。RNA編輯是一種重要的轉錄后調控事件,對腫瘤的發(fā)生和發(fā)展、侵襲轉移、化療耐藥以及預后等有著重要的調節(jié)作用。目前關于肺癌內RNA編輯機制的研究尚不完善,本文將基于龐大的RNA-Seq數(shù)據(jù)集合挖掘肺癌中RNA編輯事件,分析特異性RNA編輯位點的生物學功能。研究基于一套RNA編輯識別算法以精確定位肺癌中的RNA編輯位點,該算法涵蓋模式識別中聚類分析算法、二項分布、T-test、BenjaminiHochberg多重校正等統(tǒng)計學方法。此外,算法通過排除單核苷酸多態(tài)性、癌突變、測序錯誤、簡單重復序列和旁系同源序列等干擾性因素以降低候選位點集合中的假陽性。根據(jù)RNA編輯位點在癌與癌旁組織中的編輯水平差異,研究最終識別149個特異性編輯位點,其中位于CDS區(qū)的位點有11個,位于3’UTR區(qū)的位點有97個。在特異性RNA編輯與肺癌機制的相關性的系統(tǒng)研究中,存在9個編輯位點改變氨基酸序列,其中IGFBP7和AZIN1的編輯事件潛在地影響肺癌的生物學進程,位于3’UTR區(qū)的78個編輯位點破壞、新建、削弱或增強mi RNA與m RNA的靶向結合,其中多個mi RNA與肺癌的病理機制相關。從RNA編輯角度分析肺癌的病理機制,為尋找潛在的藥物靶標作用點以及更好的肺癌診斷指標、預后指標以及治療方法提供理論基礎。
[Abstract]:Lung cancer is one of the most rapidly increasing morbidity and mortality of malignant tumors. The pathological mechanism of lung cancer is not fully understood. Molecular biology research will contribute to the early diagnosis of lung cancer. RNA editing is an important post-transcriptional regulation event. It plays an important role in tumorigenesis and development, invasion and metastasis, chemotherapeutic resistance and prognosis. At present, the research on the mechanism of RNA editing in lung cancer is not perfect. Based on the huge RNA-Seq data set, we will mine RNA editing events in lung cancer and analyze the biological functions of specific RNA editing sites. Based on a set of RNA editing and recognition algorithms to accurately locate RNA editing sites in lung cancer, this algorithm includes cluster analysis algorithm in pattern recognition, binomial distribution T-test Benjamini Hochberg multiple correction and other statistical methods. In addition, the algorithm reduces false positivity in candidate locus by excluding interference factors such as single nucleotide polymorphism, cancer mutation, sequencing error, simple repeat sequence and homologous sequence. According to the difference of editing level between cancer and paracancerous tissues, 149 specific editing sites were identified, of which 11 were located in the CDS region and 97 in the 3'UTR region. In the systematic study of the relationship between specific RNA editing and lung cancer mechanism, nine editing sites changed amino acid sequence. Among them, the editing events of IGFBP7 and AZIN1 potentially affected the biological process of lung cancer. 78 editing sites located in the 3'UTR region were destroyed, resulting in new, weakened or enhanced targeted binding of mi RNA to m RNA, many of which were related to the pathological mechanism of lung cancer. The pathological mechanism of lung cancer is analyzed from the point of view of RNA editing, which provides a theoretical basis for finding potential drug target sites and better diagnostic indicators, prognostic indicators and treatment methods for lung cancer.
【學位授予單位】：蘇州大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：R734.2

【相似文獻】

相關期刊論文 前10條

1 魯慧英;Detection of hepatitis C virus RNA sequences in cholangiocarcinomas in Chinese and American patients[J];Chinese Medical Journal;2000年12期

2 ;Detection the HCV RNA by PCR-microplate hybridization method from clinical specimens[J];中國輸血雜志;2001年S1期

3 付漢江,鄭曉飛;類mRNA RNA研究進展[J];國外醫(yī)學(分子生物學分冊);2002年04期

4 Verheyden B ,徐其武;口服脊髓灰質炎疫苗核殼和RNA的穩(wěn)定性[J];國外醫(yī)學.預防.診斷.治療用生物制品分冊;2002年01期

5 CMBE譯文組;探索小RNA的功能[J];現(xiàn)代臨床醫(yī)學生物工程學雜志;2004年03期

6 沈維干;RNA interference and its current application in mammals[J];Chinese Medical Journal;2004年07期

7 ;Potent and specific inhibition of SARS-CoV antigen expression by RNA interference[J];Chinese Medical Journal;2005年09期

8 孫娣;汪洋;張麗娟;閆玉清;;一種簡捷提取植物總RNA的方法[J];黑龍江醫(yī)藥;2005年06期

9 熊慧華;于世英;胡廣原;莊亮;;Effects of Survivin Expression Suppressed by Short Hairpin RNA on MCF-7 Cells[J];華中科技大學學報(醫(yī)學英德文版);2006年03期

10 楊益超;;RNA干擾及其在醫(yī)學中的應用[J];廣西醫(yī)學;2007年10期

相關會議論文 前10條

1 金由辛;;面向21世紀的RNA研究[A];面向21世紀的科技進步與社會經濟發(fā)展（下冊）[C];1999年

2 ;第四屆RNA全國研討會大會報告日程安排[A];第四屆全國RNA進展研討會論文集[C];2005年

3 ;Function of Transfer RNA Modifications in Plant Development[A];植物分子生物學與現(xiàn)代農業(yè)——全國植物生物學研討會論文摘要集[C];2010年

4 王峰;張秋平;陳金湘;;棉花總RNA的快速提取方法[A];中國棉花學會2011年年會論文匯編[C];2011年

5 關力;陳本iY;iJ云虹;郭培芝;魏重琴;邱蘇吾;苗健;;關于動物}D~T中RNAn,定方法的研究[A];中國生理科學會學術會議論文摘要匯編（生物化學）[C];1964年

6 夏海濱;;小RNA在免疫學領域中的應用研究進展[A];中國免疫學會第五屆全國代表大會暨學術會議論文摘要[C];2006年

7 ;The stability of hepatitis C virus RNA in various handling and storage conditions[A];中國輸血協(xié)會第四屆輸血大會論文集[C];2006年

8 郭德銀;;RNA干擾在病毒研究和控制中的應用[A];2006中國微生物學會第九次全國會員代表大會暨學術年會論文摘要集[C];2006年

9 甘儀梅;楊業(yè)華;王學奎;曹燕;楊特武;;棉花總RNA快速提取[A];中國棉花學會2007年年會論文匯編[C];2007年

10 ;Identification and characterization of novel interactive partner proteins for PCBP1 that is a RNA-binding protein[A];中國優(yōu)生優(yōu)育協(xié)會第四屆全國學術論文報告會暨基因科學高峰論壇論文專輯[C];2008年

相關重要報紙文章 前10條

1 記者 馮衛(wèi)東;研究人員發(fā)現(xiàn)可破壞腫瘤抑制基因的小RNA[N];科技日報;2009年

2 記者 儲笑抒 通訊員 盛偉;人體微小RNA有望提前發(fā)出癌癥預警[N];南京日報;2011年

3 瀘州醫(yī)學院副教授、科普作家 周志遠;“大頭兒子”與環(huán)狀RNA[N];第一財經日報;2014年

4 麥迪信;小分子RNA可能有大作用[N];醫(yī)藥經濟報;2003年

5 董映璧;美發(fā)現(xiàn)基因調控可回應“RNA世界”[N];科技日報;2006年

6 張忠霞;特制RNA輕推一下,就能“喚醒”基因[N];新華每日電訊;2007年

7 聶翠蓉;RNA：縱是配角也精彩[N];科技日報;2009年

8 馮衛(wèi)東;RNA干擾機制首次在人體中獲得證實[N];科技日報;2010年

9 馮衛(wèi)東　王小龍;英在地球早期環(huán)境模擬條件下合成類RNA[N];科技日報;2009年

10 記者 常麗君;新技術讓研究進入單細胞內RNA的世界[N];科技日報;2011年

相關博士學位論文 前10條

1 王趙瑋;昆蟲RNA病毒復制及昆蟲抗病毒天然免疫機制研究[D];武漢大學;2014年

2 包純;一類新非編碼RNA的發(fā)現(xiàn)以及產生和功能的初探[D];華中師范大學;2015年

3 李語麗;基于MeRIP-seq的水稻RNA m6A甲基化修飾的研究[D];中國科學院北京基因組研究所;2015年

4 熊瑜琳;miR-122靶位基因STAT3調控長鏈非編碼 RNA Lethe促進HCV復制的機制研究[D];第三軍醫(yī)大學;2015年

5 祝宇紅;離子條件下RNA折疊穩(wěn)定性的理論研究[D];浙江大學;2014年

6 劉立江;核盤菌新型RNA病毒研究[D];華中農業(yè)大學;2015年

7 劉雪梅;隨機RNA文庫技術的建立及其應用[D];中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院;2003年

8 付漢江;非編碼RNA克隆分析及其功能初步研究[D];中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院;2005年

9 侯偉;DNAzyme/LNAzyme切割RNA反應動力學實時分析體系的建立及在細胞內阻斷丙型肝炎病毒基因表達的實驗研究[D];浙江大學;2006年

10 劉長梅;細胞和動物水平穩(wěn)定整合的RNA干擾技術的建立及在小鼠珠蛋白表達調控研究中的運用[D];中國協(xié)和醫(yī)科大學;2004年

相關碩士學位論文 前10條

1 陸聰兒;條紋斑竹鯊再生肝臟中差異RNA的研究[D];浙江理工大學;2015年

2 張曉輝;小鼠幾種長鏈非編碼RNA基因功能的初步研究[D];昆明理工大學;2015年

3 全弘揚;長鏈非編碼RNA在細胞內質網應激反應中的相關作用及機制研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學院;2015年

4 胡亮;DDX19A識別PRRSV基因組RNA并激活NLRP3炎癥小體[D];中國農業(yè)科學院;2015年

5 張帥兵;應用RNA干擾技術對旋毛蟲Nudix水解酶基因功能的研究[D];鄭州大學;2015年

6 鄭芳芳;肺癌RNA-Seq數(shù)據(jù)中RNA編輯事件的識別算法和系統(tǒng)分析[D];蘇州大學;2015年

7 陳瑞東;長鏈非編碼RNA MEG3在胰腺癌發(fā)生發(fā)展中作用的實驗研究[D];蘇州大學;2015年

8 劉駿武;線蟲和水稻中環(huán)狀RNA的預測及分析[D];華中農業(yè)大學;2015年

9 李猷;利用RNA干擾技術提高番茄抗TMV侵染能力的研究[D];牡丹江師范學院;2015年

10 吳術盛;SVCV感染EPC細胞microRNA表達譜的初步研究[D];華中農業(yè)大學;2015年

，

本文編號：1853638