腸道菌群對嬰兒早期的營養(yǎng)吸收、新陳代謝、免疫和消化系統(tǒng)等起著重要作用。嬰兒階段是腸道菌群開始逐步定植的關(guān)鍵時(shí)期,腸道菌群紊亂可導(dǎo)致炎癥性腸炎、過敏性腸炎、壞死性小腸結(jié)腸炎等多種疾病。早期腸道菌群的多樣性及穩(wěn)態(tài)受多種環(huán)境因素的影響,如生產(chǎn)方式、喂養(yǎng)方式、抗生素介入、地域因素及飲食文化等。因此,對嬰兒腸道菌群的研究顯得尤為重要。目前,傳統(tǒng)培養(yǎng)與高通量測序技術(shù)相結(jié)合的研究方法被廣泛應(yīng)用于分析腸道菌群的多樣性研究中。本研究以嬰兒腸道菌群為研究對象,利用傳統(tǒng)培養(yǎng)方法與基于Pacbio平臺(tái)的單分子實(shí)時(shí)測序技術(shù)相結(jié)合的方式來探究嬰兒腸道菌群的多樣性,同時(shí)初步揭示不同環(huán)境因素對嬰兒腸道菌群多樣性的影響。一方面,提取傳統(tǒng)培養(yǎng)方法獲得的分離株的DNA,利用16S rDNA通用引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,將拼接好的序列提交至NCBI進(jìn)行BLAST比對以確定菌株分類學(xué)地位,初步探究不同環(huán)境因素對嬰兒腸道菌群多樣性的影響;另一方面,使用單分子實(shí)時(shí)測序技術(shù),對健康和使用阿莫西林或美羅培南抗生素治療的嬰兒糞便樣本中菌群的16S rDNA全長序列進(jìn)行測序,并對測序結(jié)果進(jìn)行生物學(xué)信息分析。通過alpha多樣性分析、分類組成分析... 

【文章來源】：東北農(nóng)業(yè)大學(xué)黑龍江省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：67 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
英文摘要
1 引言
    1.1 腸道菌群與人體健康
    1.2 早期腸道菌群建立重要性及影響因素
        1.2.1 早期腸道菌群建立重要性
        1.2.2 早期腸道菌群建立影響因素
    1.3 腸道菌群分布及多樣性的研究方法
        1.3.1 傳統(tǒng)培養(yǎng)方法
        1.3.2 分子生物學(xué)方法
    1.4 研究目的與意義
    1.5 研究內(nèi)容
2 材料與方法
    2.1 材料與儀器
        2.1.1 嬰兒腸道糞便樣本采集
        2.1.2 主要生化試劑
        2.1.3 主要儀器與設(shè)備
        2.1.4 常用培養(yǎng)基及溶液配制
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 嬰兒腸道糞便樣本的采集與保存
        2.2.2 腸道細(xì)菌的培養(yǎng)和分離
        2.2.3 DNA提取及PCR擴(kuò)增
        2.2.4 生物信息學(xué)分析
3 結(jié)果與分析
    3.1 基于傳統(tǒng)培養(yǎng)方法的腸道菌群多樣性
        3.1.1 菌株的分離純化
        3.1.2 基因組DNA提取
        3.1.3 PCR擴(kuò)增
        3.1.4 16SrDNA序列的鑒定
    3.2 腸道糞便基因組提取及16SrDNA序列全長擴(kuò)增
    3.3 各分類水平的分類學(xué)組成分析
        3.3.1 各分類水平的微生物類群數(shù)統(tǒng)計(jì)
        3.3.2 分類學(xué)組成分析
        3.3.3 樣本組間分類學(xué)組成的差異分析
        3.3.4 系統(tǒng)發(fā)育分析
        3.3.5 Alpha多樣性分析
        3.3.6 Beta多樣性分析
        3.3.7 PICRUSt菌群功能預(yù)測
4 討論
    4.1 基于傳統(tǒng)培養(yǎng)方法的菌群多樣性研究
        4.1.1 培養(yǎng)基及培養(yǎng)條件的選擇
        4.1.2 基于培養(yǎng)方法的嬰兒腸道菌群多樣性
        4.1.3 不同環(huán)境因素對腸道菌群的影響
    4.2 基于單分子實(shí)時(shí)測序的菌群多樣性研究
        4.2.1 菌群結(jié)構(gòu)與分類學(xué)分析
        4.2.2 腸道菌群多樣性分析
        4.2.3 PICRUSt功能預(yù)測
5 結(jié)論
致謝
參考文獻(xiàn)
附錄
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]T-RFLP技術(shù)檢測結(jié)直腸癌患者腸道黏膜相關(guān)菌群改變[J]. 薛林云,周旋光,黃中華,陳偉.  中國微生態(tài)學(xué)雜志. 2017(10)
[2]單分子實(shí)時(shí)測序技術(shù)的原理與應(yīng)用[J]. 柳延虎,王璐,于黎.  遺傳. 2015(03)
[3]適用于分離人腸道中雙歧桿菌的選擇性培養(yǎng)基[J]. 霍冬雪,張家超,白娜,黃衛(wèi)強(qiáng),張和平.  微生物學(xué)報(bào). 2014(04)
[4]嬰幼兒配方奶粉中克雷伯菌的最低檢出限與回收實(shí)驗(yàn)研究[J]. 魏琳琳,胡萍,王新華,許小紅.  中國衛(wèi)生檢驗(yàn)雜志. 2013(04)
[5]宏轉(zhuǎn)錄組技術(shù)及其研究進(jìn)展[J]. 馬述,劉虎虎,田云,盧向陽.  生物技術(shù)通報(bào). 2012(12)
[6]PCR-DGGE對新生兒壞死性小腸結(jié)腸炎腸道菌落結(jié)構(gòu)及其動(dòng)態(tài)性研究[J]. 鄭樹芳,徐艷珍,艾青,余加林.  重慶醫(yī)學(xué). 2012(29)
[7]Illumina技術(shù)研究不同喂養(yǎng)方式嬰兒腸道菌群差異[J]. 李曉敏,楊麗杰,霍貴成.  食品科技. 2012(09)
[8]嬰兒腸道菌群的建立及其與健康的關(guān)系[J]. 高秀芬,蔭士安,計(jì)融.  中華預(yù)防醫(yī)學(xué)雜志. 2011 (08)
[9]蛋白組學(xué)及其在食品科學(xué)研究中的應(yīng)用[J]. 李學(xué)鵬,勵(lì)建榮,于平,朱軍莉,王彥波,傅玲琳.  中國糧油學(xué)報(bào). 2010(02)
[10]益生菌和酸奶對乳糖不耐受者結(jié)腸菌群作用研究[J]. 鐘燕,黃承鈺,何濤,Harmsen HMJ,Vonk RJ.  衛(wèi)生研究. 2006(05)



本文編號(hào)：3187065