【摘要】：目的利用目標序列捕獲(Targeted sequence capture)、生物編碼(Barcode)及大規(guī)模平行測序(Massivelyparallel sequencing,MPS)技術,對遺傳性耳聾患者進行分子病因學研究,探索低成本、多基因、多樣本的耳聾基因檢測在臨床應用的可行性。方法利用Illumina測序平臺對來自解放軍總醫(yī)院聾病分子診斷中心88例(來自61個家系)具有明確家族史且常見耳聾基因檢測陰性的耳聾患者,以及8例陽性對照患者進行42種基因的目標序列捕獲、Barcode和MPS,并對測序結果進行生物信息學分析。結果利用上述方法在88個個體中大于一人入組家系中發(fā)現(xiàn)了10個家系8個基因(TECTA、DFNA5、CDH23、USH1C、MYO7A、POU3F4、SLC26A4、EYA4)14個位點的致病性突變。準確驗證了8個陽性對照。大于一人入組家系的致病基因檢出率明顯高于單人入組家系。結論高通量測序的發(fā)展為遺傳性耳聾的診斷帶來了巨大的機遇。目標序列捕獲、Barcode、MPS的結合進一步提高了測序的準確性、降低了測序成本,同時生物信息學的進步,將促進低成本、多基因、多樣本的臨床耳聾基因檢測成為可能。
[Abstract]:Objective to study the molecular etiology of hereditary deafness patients by using target sequence capture (Targeted sequence capture), biocoding (Barcode) and large-scale parallel sequencing (Massivelyparallel sequencing,MPS) to explore low cost and multiple genes. The feasibility of multisample deafness gene detection in clinical application. Methods 88 deafness patients from the molecular diagnosis center of deafness in PLA General Hospital (61 families) with a clear family history and negative detection of common deafness genes were studied by Illumina sequencing platform. The target sequences of 42 genes were captured, Barcode and MPS, were analyzed by bioinformatics. Results the pathogenicity mutations at 14 loci of 8 genes (TECTA,DFNA5,CDH23,USH1C,MYO7A,POU3F4,SLC26A4,EYA4) in 10 families were found in more than one of 88 individuals. Eight positive controls were accurately verified. The detection rate of pathogenicity genes was significantly higher in families with more than one person. Conclusion the development of high-throughput sequencing presents great opportunities for the diagnosis of hereditary deafness. The combination of target sequence acquisition and Barcode,MPS further improves the accuracy of sequencing and reduces the cost of sequencing. At the same time, advances in bioinformatics will promote the detection of low cost, multi-gene and multi-sample clinical deafness genes.
【作者單位】： 解放軍總醫(yī)院耳鼻咽喉頭頸外科;解放軍總醫(yī)院海南分院耳鼻咽喉頭頸外科;美國Emory大學耳鼻咽喉科;解放軍總醫(yī)院第一附屬醫(yī)院耳鼻咽喉頭頸外科;解放軍二炮總醫(yī)院耳鼻咽喉科;
【基金】：十二五國家科技支撐計劃重點項目(No.2012BAI12B00/2012BAI12B01) 中國博士后基金及特別資助(No.20120481482&201104779) 北京市自然科學基金(No.7122172)
【分類號】：R764.43

【參考文獻】

相關期刊論文 前1條

1 劉學忠;歐陽小梅;Denise Yan;袁永一;袁慧軍;;中國人群遺傳性耳聾研究進展[J];中華耳科學雜志;2006年02期

【共引文獻】

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1 要跟東;李守霞;張小芳;劉永杰;孫彩霞;陳丁莉;;河北邯鄲地區(qū)非綜合征性耳聾患者GJB2基因突變分析[J];國際檢驗醫(yī)學雜志;2013年05期

2 于莉;劉偉萍;李愛軍;;重度感音聾患兒人工耳蝸植入術前心電圖檢查失敗原因分析及護理對策[J];中國醫(yī)藥導刊;2013年11期

3 馮彩紅;朱慶文;韓冰;韓海霞;段乃超;戴樸;;前庭水管擴大綜合征耳聾家庭的產前診斷[J];河北醫(yī)藥;2010年22期

4 嚴旭坤;戴樸;薛希均;韓東一;王國建;袁永一;陳良飛;鐘玲;楊曉東;;軍事噪聲性聽力損失的線粒體基因變異分析[J];解放軍醫(yī)學雜志;2008年03期

5 余詠梅;焦揚;顧娟;張瀛;;云南省白族、彝族遺傳性非綜合癥性耳聾人群GJB2基因突變研究[J];昆明醫(yī)學院學報;2010年06期

6 郝劍萍;師天祥;王海燕;;甘肅省66例聾兒病因調查分析[J];臨床耳鼻咽喉頭頸外科雜志;2009年13期

7 曲莉;薛希均;戴樸;韓東一;曹現(xiàn)寶;楊曉東;邵付印;張波;馬濤;于睿利;鐘鈴;;軍事噪聲性聽力損失群體中線粒體DNA T1095C基因變異研究[J];臨床耳鼻咽喉頭頸外科雜志;2010年10期

8 彭新;李霞;徐麗;關兵;張俊中;于愛民;;揚州市特教學校耳聾學生常見耳聾突變基因調查報告[J];臨床耳鼻咽喉頭頸外科雜志;2012年13期

9 卜云飛;呂曉光;汪洋;魯雅潔;陳智斌;魏欽俊;;22例非綜合征型耳聾患者的致病基因突變位點分析[J];南京醫(yī)科大學學報(自然科學版);2010年03期

10 朱曉燕;魏欽俊;魯雅潔;王荷溪;陳智斌;曹新;邢光前;;耳聾分子病因學檢測與臨床應用研究[J];南京醫(yī)科大學學報(自然科學版);2013年02期

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1 王國建;耳聾基因診斷的臨床實踐[D];中國人民解放軍軍醫(yī)進修學院;2008年

2 李祿全;先天性巨細胞病毒感染致耳聾與誘導GJB2基因突變的關系[D];重慶醫(yī)科大學;2013年

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1 孫學芬;新疆維吾爾族耳聾腎虛血瘀型與mtDNA12S rRNA基因突變相關性的研究[D];新疆醫(yī)科大學;2011年

2 嚴旭坤;軍事噪聲性聽力損失流行病學調查及線粒體基因變異分析[D];昆明醫(yī)學院;2008年

3 張艷;軍事噪聲性聽力損失群體中mtDNA和GJB2基因變異研究[D];昆明醫(yī)學院;2008年

4 曲莉;軍事噪聲性聽力損失群體中線粒體DNA T1095C基因變異研究[D];昆明醫(yī)學院;2009年

5 杜瑞莉;新疆維漢兩民族NSHI患者GJB2、GJB3及12S rRNA基因突變研究[D];新疆醫(yī)科大學;2009年

6 張東紅;新生兒聾病基因（GJB2、SLC26A4、線粒體12SrRNA）的分子流行病學研究[D];中國醫(yī)科大學;2010年

7 左路杰;北京地區(qū)耳聾殘疾人群大前庭水管相關SLC26A4基因熱點突變分子流行病學調查[D];河北醫(yī)科大學;2012年

8 孔艷慧;DFNA5生物學功能和致聾機制初探[D];山東大學;2013年

9 彭新;北京揚州兩地區(qū)聽力障礙殘疾人群GJB2基因熱點突變分子流行病學調查[D];揚州大學;2013年

10 徐丹;基于GJB2 235de1C單雜合突變致聾的GJB2基因上游調控區(qū)的序列分析[D];南京醫(yī)科大學;2013年

【二級參考文獻】

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1 王秋菊,楊偉炎,吳子明,李慶忠,郭維維,仇春燕;X連鎖隱性遺傳聾啞(deaf-mute)家系的遺傳學特征分析[J];遺傳;2004年05期

2 戴樸,于飛,康東洋,張昕,劉新,米文宗,曹菊陽,袁慧軍,楊偉炎,吳柏林,韓東一;線粒體DNA1555位點和GJB2基因及SLC26A4基因的診斷方法及臨床應用[J];中華耳鼻咽喉頭頸外科雜志;2005年10期

3 項坤三，陸惠娟，吳松華，鄭泰山，，孫多奇，王延慶，賈偉平，錢榮立，翁青，沈衛(wèi)平，何進衛(wèi)，嚴錢勤，浦鎏，何海屏;線粒體tRNA~（Leu（UUR））基因突變糖尿病的基因診斷[J];中華醫(yī)學雜志;1995年04期

【相似文獻】

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1 吳晶;近親婚配致常染色體隱性遺傳性耳聾二例[J];中國生育健康雜志;1996年04期

2 馮永,賀楚峰,肖健云,方儉生,趙素萍,田湘娥,梅凌云,夏昆,湯熙翔;一個遺傳性耳聾大家系的基因突變檢測[J];臨床耳鼻咽喉科雜志;2002年07期

3 張靖華 ,許政敏;遺傳性耳聾基因突變引起的聽覺功能改變[J];中國聽力語言康復科學;2004年06期

4 倪合一;;耳聾的原因及對策 9月第4周日國際聾人節(jié)[J];現(xiàn)代養(yǎng)生;2009年09期

5 曹新,邢光前,魏欽俊,陳智斌,朱義寶,潘梅,卜行寬;中國遺傳性耳聾大家系永生細胞系的建立與保存[J];中國優(yōu)生與遺傳雜志;2005年08期

6 徐聰;陸家海;;連接蛋白與遺傳性耳聾研究現(xiàn)狀和基因治療的研究展望[J];熱帶醫(yī)學雜志;2007年04期

7 戴樸;;遺傳性耳聾的預防和阻斷[J];中華醫(yī)學雜志;2007年40期

8 戴樸;;重視中國聾人群體中遺傳性耳聾篩查和預防工作[J];中國聽力語言康復科學雜志;2008年03期

9 趙鋼濤;楊凡;許茜;丁媛媛;姜楠;許景峰;;基因芯片法檢測遺傳性耳聾相關基因[J];中國臨床藥理學與治療學;2010年03期

10 吳晶，莊惠學，梁樹新;延遲型遺傳性耳聾一家系28例[J];中華醫(yī)學遺傳學雜志;1994年05期

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1 陳學東;孫虹;;慢性鼻竇炎、鼻息肉黏膜組織差異表達蛋白相關信號調節(jié)通路的生物信息學分析[A];中華醫(yī)學會第十次全國耳鼻咽喉-頭頸外科學術會議論文匯編（上）[C];2007年

2 黃衛(wèi)國;肖志強;;14-3-3σ相互作用蛋白的生物信息學分析[A];中華醫(yī)學會病理學分會2010年學術年會日程及論文匯編[C];2010年

3 金占國;程靜;李洪波;龔維熙;袁慧軍;韓東一;;非綜合征型遺傳性耳聾家系致病基因的定位研究[A];中國的遺傳學研究——遺傳學進步推動中國西部經濟與社會發(fā)展——2011年中國遺傳學會大會論文摘要匯編[C];2011年

4 郝津生;張亞梅;戴樸;張杰;;GJB2基因診斷在遺傳性耳聾中的臨床應用[A];中華醫(yī)學會第十次全國耳鼻咽喉-頭頸外科學術會議論文匯編（下）[C];2007年

5 李慶忠;王秋菊;遲放魯;李麗娜;趙亞麗;袁虎;韓東一;;散發(fā)耳聾人群中連接蛋白基因突變分析[A];中華醫(yī)學會第十次全國耳鼻咽喉-頭頸外科學術會議論文匯編（下）[C];2007年

6 袁虎;韓東一;王秋菊;趙亞麗;蘭蘭;;遺傳性傳導性聾家系的遺傳學特征分析[A];中華醫(yī)學會第十次全國耳鼻咽喉-頭頸外科學術會議論文匯編（下）[C];2007年

7 金占國;程靜;盧宇;龔維熙;袁慧軍;韓東一;;遺傳性耳聾胚胎植入前基因診斷技術的建立和初步臨床應用[A];中國的遺傳學研究——遺傳學進步推動中國西部經濟與社會發(fā)展——2011年中國遺傳學會大會論文摘要匯編[C];2011年

8 韓冰;;遺傳性耳聾家庭的產前診斷[A];中華醫(yī)學會第十次全國耳鼻咽喉-頭頸外科學術會議論文匯編（上）[C];2007年

9 孫虹;陳學東;吳敏曼;;慢性鼻竇炎、鼻息肉黏膜組織差異表達蛋白相關信號調節(jié)通路的生物信息學分析[A];中華醫(yī)學會第十次全國耳鼻咽喉-頭頸外科學術會議論文匯編（下）[C];2007年

10 謝小兵;周新;田艷麗;曲喜英;匡多秀;朱惠斌;喻京生;寧興旺;;原發(fā)性開角型青光眼家系的MYOC基因突變研究[A];中華醫(yī)學會第七次全國檢驗醫(yī)學學術會議資料匯編[C];2008年

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1 濟南市第一人民醫(yī)院 主任醫(yī)師 王有國;淺釋遺傳性耳聾[N];醫(yī)藥經濟報;2010年

2 記者 何德功;遺傳性耳聾 基因被發(fā)現(xiàn)[N];新華每日電訊;2003年

3 解放軍總醫(yī)院耳鼻咽喉頭頸外科博士 王國建 王繼榮 王佳斌 整理;遺傳性耳聾有的能避免[N];健康報;2009年

4 記者 趙雪;我市啟動生物芯片遺傳性耳聾基因診斷項目[N];長春日報;2010年

5 本報記者 任意;基因檢測：預防和避免遺傳性耳聾發(fā)生的有效手段[N];經濟日報;2009年

6 主任醫(yī)師 王均容;耳聾會不會遺傳[N];衛(wèi)生與生活報;2004年

7 記者 李天舒;先天性失聰失明機制部分找到[N];健康報;2011年

8 通訊員 宋建華 特約記者 王波;成都市對高危人群免費實施聽力檢測[N];中國人口報;2010年

9 解放軍總醫(yī)院耳鼻喉科主任醫(yī)師 戴樸;防控耳聾 從基因篩查開始[N];健康報;2011年

10 記者 劉肖勇;基因芯片檢測可預防“一針致聾”[N];廣東科技報;2010年

相關博士學位論文 前10條

1 韓明昱;基于基因診斷的遺傳性耳聾預防與干預研究[D];中國人民解放軍軍醫(yī)進修學院;2011年

2 王秋菊;遺傳性耳聾家系的收集、保存及基因定位研究[D];中國人民解放軍軍醫(yī)進修學院;2002年

3 蔣璐;遺傳性耳聾家系的基因定位及基因診斷研究[D];中南大學;2011年

4 白燕;線粒體遺傳性耳聾核修飾因子的臨床及分子研究[D];復旦大學;2011年

5 李慶忠;遺傳性耳聾致病基因定位克隆與縫隙連接蛋白分子流行病學研究[D];中國人民解放軍軍醫(yī)進修學院;2005年

6 袁愛花;糖尿病大鼠視網膜神經病變的研究[D];四川大學;2007年

7 姚志斌;人正常晶狀體蛋白質表達譜的構建和生物信息學分析[D];中國醫(yī)科大學;2009年

8 王鴻涵;非綜合征型遺傳性耳聾家系致病基因定位及鑒定研究[D];中南大學;2013年

9 劉尚清;糖尿病大鼠視網膜病變的比較蛋白質組學研究[D];四川大學;2007年

10 門美超;遺傳性耳聾基因診斷新技術的研究和應用與非綜合征性耳聾家系的分子遺傳學研究[D];中南大學;2011年

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1 陳睿春;常染色體顯性遺傳性耳聾大家系表型特征及分子遺傳學機制研究[D];南京醫(yī)科大學;2012年

2 聶宇航;吉林省遺傳性耳聾家系庫的建立[D];吉林大學;2011年

3 王海濤;遺傳性耳聾家系的基因定位研究[D];吉林大學;2005年

4 徐紅霞;新疆維漢NSHL GJB2基因突變及其與腎虛血瘀型的相關性研究[D];新疆醫(yī)科大學;2010年

5 李麗娜;高頻聽力下降人群中KCNQ4和GJB3基因的突變篩查[D];中國人民解放軍軍醫(yī)進修學院;2005年

6 胡暢;基于iMLDR技術的耳聾基因突變熱點的新型快速檢測方法研究[D];中南大學;2013年

7 趙卉;生物信息學篩選的合成小肽抑制VEGF誘導小鼠角膜新生血管實驗研究[D];浙江大學;2007年

8 程靜;常染色體顯性遺傳非綜合癥型耳聾基因的定位與突變篩查[D];四川大學;2007年

9 陳艷;SOX10基因新突變導致Waardenburg綜合征Ⅱ型家系的分析[D];中南大學;2009年

10 韓冰;基于基因診斷的耳聾遺傳咨詢與產前診斷[D];中國人民解放軍軍醫(yī)進修學院;2007年

本文編號：2276958