本文關(guān)鍵詞：高血壓相關(guān)基因生物數(shù)據(jù)庫平臺(tái)的構(gòu)建

  更多相關(guān)文章： 高血壓 生物數(shù)據(jù)庫 高血壓相關(guān)基因 MySQL perl

【摘要】：高血壓是一種復(fù)雜的疾病,隨著高血壓疾病發(fā)病率的增加,高血壓以及高血壓的并發(fā)癥嚴(yán)重威脅人類的健康。因此提高人們對(duì)高血壓疾病的重視,對(duì)高血壓疾病的早預(yù)防、早治療起到關(guān)鍵的作用。隨著生物學(xué)領(lǐng)域的不斷發(fā)展,生物數(shù)據(jù)的不斷增加,從而使大型數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)量不斷增長(zhǎng),增加了獲得數(shù)據(jù)難度。為了方便研究人員更快捷高效的獲得需要的數(shù)據(jù),就要建立本地二級(jí)數(shù)據(jù)庫,然后將整合相關(guān)的數(shù)據(jù)存放到本地?cái)?shù)據(jù)庫里。通過對(duì)高血壓的數(shù)據(jù)與生物數(shù)據(jù)庫的認(rèn)識(shí),關(guān)于高血壓的相關(guān)生物數(shù)據(jù)庫也比較少,內(nèi)容也不夠完整,為了能使高血壓的數(shù)據(jù)庫不斷的更新與完善,將相關(guān)基因的數(shù)據(jù)存放到數(shù)據(jù)庫中,可以通過搜索得到高血壓的相關(guān)數(shù)據(jù),所以設(shè)計(jì)高血壓相關(guān)基因的生物數(shù)據(jù)庫來存儲(chǔ)這些相關(guān)數(shù)據(jù),通過高血壓數(shù)據(jù)庫的平臺(tái),可以更好的獲得相關(guān)基因數(shù)據(jù),從而對(duì)高血壓數(shù)據(jù)進(jìn)行的相關(guān)分析研究提供方便。本文針對(duì)高血壓疾病的研究,建立了本地二級(jí)數(shù)據(jù)庫,高血壓相關(guān)數(shù)據(jù)主要來自于網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫NCBI和實(shí)驗(yàn)采集獲得的數(shù)據(jù),根據(jù)高血壓相關(guān)基因數(shù)據(jù)的屬性特征,設(shè)計(jì)數(shù)據(jù)庫模塊,主要分為基本生物信息庫和snp數(shù)據(jù)庫兩個(gè)模塊,為每個(gè)數(shù)據(jù)庫創(chuàng)建相關(guān)的數(shù)據(jù)表。高血壓相關(guān)基因的數(shù)據(jù)庫創(chuàng)建是在Linux操作系統(tǒng)下,搭建集成開發(fā)環(huán)境Xampp,該環(huán)境是Apache服務(wù)器,My SQL數(shù)據(jù)庫和PHP編程語言等的集成,基于CS技術(shù)上創(chuàng)建以My SQL為基礎(chǔ)的關(guān)系型數(shù)據(jù)庫,將相關(guān)數(shù)據(jù)導(dǎo)入到數(shù)據(jù)表中,通過用PHP等相關(guān)的編程語言來實(shí)現(xiàn)對(duì)數(shù)據(jù)庫的關(guān)鍵詞的檢索,而且該數(shù)據(jù)庫也整合了Blast的搜索方法進(jìn)行數(shù)據(jù)的相關(guān)檢索,使創(chuàng)建的高血壓相關(guān)數(shù)據(jù)庫得到更好的應(yīng)用。Bio Linux系統(tǒng)下搭建Bio Mart分析平臺(tái),配置Java環(huán)境,Cytoscape、JBrowse等分析軟件的研究與應(yīng)用。對(duì)樣本采集數(shù)據(jù)進(jìn)行了基因篩選、基因確定的分析操作和高血壓相關(guān)數(shù)據(jù)的分析,對(duì)HIF1a基因序列用perl語言編程來實(shí)現(xiàn)genbank內(nèi)容的可視化,對(duì)相關(guān)的基因序列進(jìn)行序列比對(duì)來分析序列之間的相似性,通過對(duì)基因利用相關(guān)軟件以及一些方法來進(jìn)行分析,使我們對(duì)生物信息學(xué)的相關(guān)知識(shí)有了更好的認(rèn)識(shí)。
【關(guān)鍵詞】：高血壓 生物數(shù)據(jù)庫 高血壓相關(guān)基因 MySQL perl
【學(xué)位授予單位】：青海師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R544.1;TP311.13
【目錄】：

• 中文摘要3-4
• Abstract4-8
• 第一章 緒論8-14
• 1.1 高血壓及其研究的重要性8
• 1.2 生物信息學(xué)的概要8-10
• 1.3 高血壓數(shù)據(jù)分析及生物信息學(xué)發(fā)展的國內(nèi)外研究10-12
• 1.3.1 高血壓數(shù)據(jù)分析的國內(nèi)外研究10-11
• 1.3.2 生物信息學(xué)發(fā)展的國內(nèi)外研究11-12
• 1.4 論文課題來源與主要內(nèi)容及章節(jié)安排12-14
• 1.4.1 論文的課題來源12
• 1.4.2 論文的主要內(nèi)容12-13
• 1.4.3 論文的章節(jié)安排13-14
• 第二章 數(shù)據(jù)挖掘與生物數(shù)據(jù)庫14-21
• 2.1 數(shù)據(jù)挖掘14-15
• 2.1.1 數(shù)據(jù)挖掘的概述14
• 2.1.2 數(shù)據(jù)挖掘的方法14-15
• 2.2 生物數(shù)據(jù)庫的概論15-20
• 2.2.1 生物數(shù)據(jù)庫15-16
• 2.2.2 生物數(shù)據(jù)庫的分類16-17
• 2.2.3 生物數(shù)據(jù)的格式17-19
• 2.2.4 生物數(shù)據(jù)庫的應(yīng)用19-20
• 2.3 本章小結(jié)20-21
• 第三章 高血壓相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫平臺(tái)構(gòu)建21-38
• 3.1 高血壓相關(guān)基因數(shù)據(jù)的來源21-25
• 3.1.1 實(shí)驗(yàn)樣本的采集21
• 3.1.2 相關(guān)數(shù)據(jù)的來源21-23
• 3.1.3 數(shù)據(jù)的獲取23
• 3.1.4 數(shù)據(jù)的處理23-25
• 3.2 數(shù)據(jù)庫的環(huán)境搭建及體系結(jié)構(gòu)25-29
• 3.2.1 數(shù)據(jù)庫建立的目標(biāo)25
• 3.2.2 開發(fā)環(huán)境25
• 3.2.3 環(huán)境搭建及編程語言25-28
• 3.2.4 數(shù)據(jù)庫的體系結(jié)構(gòu)28-29
• 3.3 數(shù)據(jù)庫的模塊設(shè)計(jì)29-33
• 3.4 數(shù)據(jù)集成的導(dǎo)入33-34
• 3.5 數(shù)據(jù)庫的檢索34-36
• 3.5.1 數(shù)據(jù)庫檢索方法34-36
• 3.5.2 數(shù)據(jù)庫檢索實(shí)現(xiàn)技術(shù)36
• 3.6 本章小結(jié)36-38
• 第四章 生物數(shù)據(jù)分析模塊38-53
• 4.1 分析平臺(tái)與相關(guān)技術(shù)38-43
• 4.1.1 biolinux平臺(tái)38
• 4.1.2 數(shù)據(jù)分析的編程語言38-39
• 4.1.3 數(shù)據(jù)的相關(guān)分析軟件39-41
• 4.1.4 數(shù)據(jù)的分析工具41-43
• 4.2 采樣數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)分析43-45
• 4.2.1 基因的篩選43
• 4.2.2 基因的確定43-44
• 4.2.3 RNA基因提取和cDNA的合成44-45
• 4.3 相關(guān)數(shù)據(jù)分析的可視化45-52
• 4.3.1 可視化的概述45-46
• 4.3.2 差異表達(dá)基因可視化分析46
• 4.3.3 HIF1A基因分析的可視化46-49
• 4.3.4 相關(guān)基因的序列比對(duì)49-52
• 4.4 本章小結(jié)52-53
• 第五章 總結(jié)與展望53-55
• 5.1 論文工作總結(jié)53
• 5.2 今后工作展望53-55
• 參考文獻(xiàn)55-58
• 附錄58-60
• 致謝60-61
• 個(gè)人簡(jiǎn)歷和在學(xué)期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文61

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本文編號(hào)：593790