目的:利用生物信息學(xué)方法在尖端細(xì)胞中篩選與血管生成(angiogenesis)相關(guān)的上調(diào)基因,將該基因的蛋白表達(dá)產(chǎn)物作為候選分子,探究該蛋白在HAPC患者血漿中的表達(dá)水平,為HAPC的發(fā)病機(jī)制的研究和診療提供科學(xué)依據(jù)。方法:在GEO(the Gene Expression Omnibus)數(shù)據(jù)庫(kù)中下載編號(hào)為GSE19284基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)集,利用limma包篩選出尖端細(xì)胞與莖細(xì)胞之間的差異表達(dá)基因,表達(dá)差異用差異倍數(shù)(fold change,FC)表示,篩選標(biāo)準(zhǔn)為P<0.05,|log2FC|≥1。利用GO功能分析,對(duì)明顯上調(diào)基因進(jìn)行功能注釋,選擇和血管生成過(guò)程高度相關(guān)的基因作為候選分子。選取收治于青海大學(xué)附屬醫(yī)院明確診斷為HAPC的男性患者22例(HAPC組);選取青海大學(xué)附屬醫(yī)院體檢中心健康男性22例(HC組)。酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)法檢測(cè)所有研究對(duì)象血漿中候選分子蛋白表達(dá)水平并進(jìn)行比較分析,同時(shí)收集HAPC患者臨床相關(guān)資料。數(shù)據(jù)采用SPSS20.0軟件分析,P<0.05說(shuō)明差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。結(jié)果...

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖1GSE19284數(shù)據(jù)集箱線圖

92.3實(shí)驗(yàn)結(jié)果2.3.1數(shù)據(jù)預(yù)處理基因芯片原始數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)預(yù)處理后，利用箱線圖可以方便快捷的形象化展示數(shù)據(jù)組的分布。獲取數(shù)據(jù)預(yù)處理結(jié)果的方式有兩種，第一種獲取方法是采用R語(yǔ)言對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理，本文數(shù)據(jù)集GSE19284采用Aligent公司出品的基因芯片，應(yīng)該用limma進(jìn)行數(shù)....

圖2GSE19284基因表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)熱圖

10圖2GSE19284基因表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)熱圖2.3.2差異基因表達(dá)分析結(jié)果在數(shù)據(jù)集GSE19284中比較4例莖細(xì)胞樣本和6例尖端細(xì)胞樣本基因表達(dá)譜差異，采用R語(yǔ)言的limma包進(jìn)行基因差異表達(dá)分析，|log2FC|≥大于1，P<0.05為篩選標(biāo)準(zhǔn)，去除未確定名稱的基因，總共篩選....

圖3GSE19284差異基因火山圖

10圖2GSE19284基因表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)熱圖2.3.2差異基因表達(dá)分析結(jié)果在數(shù)據(jù)集GSE19284中比較4例莖細(xì)胞樣本和6例尖端細(xì)胞樣本基因表達(dá)譜差異，采用R語(yǔ)言的limma包進(jìn)行基因差異表達(dá)分析，|log2FC|≥大于1，P<0.05為篩選標(biāo)準(zhǔn)，去除未確定名稱的基因，總共篩選....

圖4尖端細(xì)胞上調(diào)基因和下調(diào)基因

13圖4尖端細(xì)胞上調(diào)基因和下調(diào)基因2.3.3差異基因涉及的生物過(guò)程采用GO分析對(duì)尖端細(xì)胞和莖細(xì)胞中上調(diào)的基因進(jìn)行生物過(guò)程注釋，選擇有意義的GO類別（P值<0.05；FDR<0.05）（表4，圖5）。本研究主要篩選在血管生成過(guò)程中尖端細(xì)胞上調(diào)的基因。挑選出涉及血管生成的生物過(guò)程，分....

本文編號(hào)：3942552