地中海貧血在東南亞、地中海等沿海地區(qū)攜帶率高,是目前世界上發(fā)病率最高的遺傳性溶血疾病。其致病基理為α或β珠蛋白鏈單一或復(fù)合的結(jié)構(gòu)異�；蚝铣僧惓�(dǎo)致的遺傳性貧血。從對應(yīng)的基因?qū)用嫔现v,是由于α珠蛋白和β珠蛋白的編碼基因(HBA1、HBA2和HBB)序列發(fā)生突變或缺失等變異所致,該基因變異可以通過測序的方法來檢測并確診�；谶吅铣蛇厹y序的NGS法成本低,檢測通量高,是目前應(yīng)用最廣泛的方法。而市面上主流的NGS平臺如Hiseq、Miseq系列測序儀器及配套試劑,其供應(yīng)、技術(shù)及成本等均受限于國外,其臨床應(yīng)用不利于大規(guī)模地中海貧血的篩查。本文主要研究一款基于聯(lián)合探針錨定聚合測序技術(shù)的國產(chǎn)自主研發(fā)的第二代測序平臺MGISEQ-2000在地中海貧血基因檢測中的應(yīng)用。在一般的目的片段擴增及建庫方法的基礎(chǔ)上,使用329例已知結(jié)果的地中海貧血樣本進行研發(fā),優(yōu)化了引物及實驗檢測流程,建立了信息分析方法。最后使用該方法檢測了2000份經(jīng)Hiseq-2500平臺檢測過的樣本,分析該方法的性能。研究結(jié)果如下:1)通過對地中海貧血基因各類變異型序列的比對研究,重新設(shè)計了一系列用于擴增地中海貧血突變型與缺失型目的基因...

【文章頁數(shù)】：71 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 地中海貧血背景介紹
    1.2 地中海貧血基因檢測技術(shù)
        1.2.1 用于檢測α-地中海貧血大片段缺失型的主要方法
        1.2.2 用于檢測α-地中海貧血與β-點突變型的主要方法
        1.2.3 第二代高通量測序技術(shù)
    1.3 高通量測序技術(shù)發(fā)展
    1.4 聯(lián)合探針錨定聚合測序技術(shù)的應(yīng)用
    1.5 本研究目的
第二章 研究材料與方法
    2.1 實驗材料
        2.1.1 主要試劑
        2.1.2 主要耗材
        2.1.3 主要儀器
    2.2 實驗方法
        2.2.1 樣本收集
        2.2.2 檢測原理及流程
        2.2.3 引物設(shè)計
        2.2.4 引物稀釋
        2.2.5 基因組DNA提取
        2.2.6 PCR擴增
        2.2.7 文庫構(gòu)建
        2.2.8 片段分離
        2.2.9 上機測序
        2.2.10 信息分析
第三章 結(jié)果與分析
    3.1 地貧目標基因片段成功獲得
        3.1.1 地貧基因引物序列設(shè)計
        3.1.2 DNA成功提取
        3.1.3 擴增產(chǎn)物電泳結(jié)果
        3.1.4 地貧基因引物驗證
    3.2 地貧文庫大小片段的成功獲得
        3.2.1 文庫核酸片段分離
        3.2.2 測序下機數(shù)據(jù)分析
    3.3 地貧基因信息分析
        3.3.1 缺失型地貧信息分析
        3.3.2 非缺失型地貧信息分析
        3.3.3 地貧基因分型方法的驗證
第四章 討論
    4.1 技術(shù)的優(yōu)缺點
    4.2 本研究技術(shù)難點
    4.3 總結(jié)
參考文獻
附錄
攻讀碩士學(xué)位期間取得的研究成果
致謝
附件



本文編號：3852274