研究背景慢性缺氧普遍存在于心臟的生理或病理狀態(tài),如胚胎發(fā)育、冠心病、紫紺型先天性心臟病和動脈粥樣硬化等。尤其對于紫紺型先天性心臟病患者,長期處于慢性缺氧和異常血循環(huán)的雙重負(fù)擔(dān)下,其手術(shù)風(fēng)險增加,遠(yuǎn)期生存率下降。然而,在臨床上發(fā)現(xiàn)許多這類輕-中度紫紺的患兒在較長的時間內(nèi)能順利存活,同時在接受心臟外科手術(shù)時能夠較好地耐受手術(shù),且在圍手術(shù)期也少有進(jìn)展到心衰,提示在長期患病的過程中心臟對慢性缺氧產(chǎn)生了一定程度的保護(hù)性適應(yīng)。因此,深入研究心肌在慢性缺氧條件下的損傷與適應(yīng)機(jī)制對于改善缺氧心肌保護(hù)的策略將大有裨益。許多研究圍繞這些機(jī)制進(jìn)行了探討,其涉及到的基因數(shù)目眾多。為了能更加準(zhǔn)確地找到相關(guān)基因,生物信息學(xué)和高通量測序技術(shù)的結(jié)合能提供強(qiáng)大的幫助。因此,對紫紺型先天性心臟病心肌標(biāo)本的下一代測序（next-generation sequencing,NGS）數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,可以為找到心肌組織中與缺氧高度相關(guān)的基因提供有力的線索。c-Jun為原癌基因JUN（Jun proto-oncogene,JUN）編碼的蛋白,是活化蛋白-1（activator protein-1,AP-1）的重要組成部分之... 

【文章來源】：中國人民解放軍陸軍軍醫(yī)大學(xué)重慶市

【文章頁數(shù)】：113 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

HISAT2-HTSeq-DESeq2分析流程

聚類分析 A.對 29 個初始樣本進(jìn)行首次聚類分析；B.排除 5 個離散樣本后對其余 24 個進(jìn)行再次聚類分析。Control 為健康心肌組，TOF 為法洛氏四聯(lián)癥組。2.2.4 差異分析利用 DESeq2 進(jìn)行差異分析后，共篩選出 1260 個差異倍數(shù)>2 倍的基因。相較組織而言，TOF 心肌中上調(diào)基因 494 個，下調(diào)基因 766 個。利用 pheatmap 調(diào)前 25 個基因的熱圖，并用 ggplot2 繪制 1260 個 DEGs 的火山圖（圖 3，圖

前50個差異化表達(dá)基因熱圖*紅色：上調(diào)；綠色：下調(diào)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Role of JNK activation in apoptosis:Adouble-edged sword[J]. Jing LIU, Anning LIN* Ben May Institute for Cancer Research, The University of Chicago, 5841 S. Maryland Avenue, MC 6027, Chicago, IL 60637, USA.  Cell Research. 2005(01)
[2]MAPK signal pathways in the regulation of cell proliferation in mammalian cells[J]. WEI ZHANG, Hui Tu LIU The Key Laboratory of Cell Proliferation and Regulation Biology of Ministry of Education, College of Life Sciences, Beijing Normal University, Beijing 100875, China.  Cell Research. 2002(01)



本文編號：3580395