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骨髓增生異常綜合征新分子遺傳學(xué)標志的發(fā)現(xiàn)及臨床應(yīng)用研究

發(fā)布時間:2020-11-11 15:28
   一、MDS新預(yù)后分層體系(IPSS-Rm)的建立及驗證目的:回顧性分析于本中心初診的2215例MDS患者,應(yīng)用最新WHO(2016)分型重新定義患者亞型,系統(tǒng)分析其臨床及細胞遺傳學(xué)特點;并通過高通量測序揭示分子生物學(xué)對MDS患者預(yù)后影響。方法:1.完善于本中心診斷的MDS患者基本信息的采集,系統(tǒng)分析所有患者臨床及細胞遺傳學(xué)特征,并采用最新WHO(2016)標準對其進行再分型,比較與WHO(2008)標準的異同。2.應(yīng)用高通量測序技術(shù)檢測169例MDS患者初診骨髓樣品,探索本中心MDS患者基因突變特征并評估其對預(yù)后的影響。經(jīng)統(tǒng)計學(xué)分析,建立基因突變與IPSS-R相結(jié)合的預(yù)后模型體系。結(jié)果:1.2215例MDS患者中,男性1304例,女性911例,男/女比例為1.43:1,中位年齡55歲(6-93歲)。外周血細胞三系不定程度減少或增加。正常核型患者1237例,占55.8%(1237/2215),異常核型941例,占42.5%(941/2215),其中復(fù)雜核型271例,占所有MDS患者的12.2%(271/2215)。IPSS-R分層:極低危組32例(1.9%)、低危組405例(24.3%)、中危組596例(35.7%),高危組385例(23.1%)、極高危組252例(15.1%)。細胞遺傳學(xué):2215例MDS患者中941例含克隆性染色體異常,染色體畸變類型主要以不平衡異常為主,三體或單體最為常見。最常見的克隆性異常是+8,占染色體異;颊叩31.6%(297/941);其次為del(5q)、-7/del(7q)、del(20q)等。2.經(jīng)WHO(2016)再分型后,大部分患者僅命名方式的改變,小部分患者發(fā)生疾病分型的轉(zhuǎn)變。MDS-RS-SLD 99例、MDS-RS-MLD 52例、MDS-SLD 253例、MDS-MLD 620例、MDS-EB-1 421例、MDS-EB-2 458例、5q-28例、MDS-U 284例。3.169例患者中有130例(76.9%)患者檢測到至少存在一種以上的突變,每例患者的中位基因突變個數(shù)為1個(0-6個)。突變頻率依次為:U2AF1(25.4%)、ASXL1(15.4%)、TP53(10.1%)、RUNX1(10.1%)、DNMT3A(9.5%)、BCOR/BCORL1(7.7%)、TET2(7.7%)、KRAS/NRAS(7.7%)等。通過單因素及多因素分析后,我們確定了三個具有獨立預(yù)后意義的基因突變(TP53、KRAS/NRAS、GATA2),結(jié)合年齡、IPSS-R評分,建立了新的模型公式:TP53×1+KRAS/NRAS×1+GATA2×2+age×0.04+IPSS-R×0.2,其C-index要優(yōu)于單純的IPSS-R(0.73 vs.0.68)。結(jié)論:1.我中心MDS患者具有獨特的臨床及生物學(xué)特性,與西方國家相比,發(fā)病年齡更為年輕,最常見染色體核型異常為+8,較低的5q-檢出率及較高的20q-檢出率等細胞遺傳學(xué)特點異于西方報道。2.通過高通量測序技術(shù)的應(yīng)用,將基因突變數(shù)據(jù)與IPSS-R評分系統(tǒng)相結(jié)合建立新的預(yù)后模型可能會增強預(yù)測MDS患者預(yù)后的能力。二、單體核型骨髓增生異常綜合征的臨床和實驗室研究目的:探討單體核型骨髓增生異常綜合征(Monosomal karyotype myelodysplastic syndrome,MK~+MDS)患者的臨床和實驗室特征。方法:回顧性分析于我中心診斷的MDS患者的細胞遺傳學(xué)數(shù)據(jù),篩選單體核型患者,以非單體核型患者作為對照組,闡述MK~+MDS患者的臨床和實驗室特征。結(jié)果:8.1%(168/2080)的MDS患者具有單體核型,且5號和7號常染色體單體是最為常見的。與MK~-患者(n=491)相比,MK~+MDS患者(n=59)年齡較大(P=0.001),骨髓原始細胞比例較高(P0.001),預(yù)后明顯較差(P0.001,中位生存期6個月和33個月)。在109例相對較差核型組(IPSS-R poor and very poor)中,MK~+(n=56)和MK~-(n=53)組的總體生存亦差異明顯(P=0.0025,中位生存期6個月15個月)。另外,多因素分析結(jié)果顯示5號和7號常染色體單體對MDS患者具有獨立的預(yù)后意義(HR=2.709,P0.001)。結(jié)論:8.1%的MDS患者具有單體核型,MK的發(fā)生與細胞遺傳學(xué)異常數(shù)量成正相關(guān)。5號和7號染色體單體累及頻率最高,是MDS患者的獨立不良預(yù)后因素。三、伴有der(1;7)(q10;p10)異常的MDS患者的臨床和實驗室研究目的:回顧性分析于本中心診斷的伴有der(1;7)(q10;p10)異常的MDS患者的臨床和預(yù)后特征,通過基因芯片及高通量測序技術(shù)進一步揭示其分子生物學(xué)異常,并初步探討其可能的致病機制。方法:1.從本中心染色體數(shù)據(jù)庫中篩查伴der(1;7)(q10;p10)異常患者納入研究,以50例MDS患者為主要研究對象,回顧性分析其臨床和預(yù)后特征。2.采用包含390個血液腫瘤相關(guān)基因的靶向測序技術(shù)對22例伴der(1;7)(q10;p10)異常MDS患者和32例-7/del(7q)MDS患者進行基因突變檢測,揭示分子異常特征。3.通過蛋白模型預(yù)測RUNX1突變體對蛋白功能的影響;采用免疫熒光的方法觀察Hela瞬轉(zhuǎn)細胞株中野生型RUNX1及其各突變體在細胞中的亞定位。4.隨機選取7例伴der(1;7)(q10;p10)異常MDS患者的RNA樣本送檢基因表達譜芯片,尋找高頻RUNX1突變可能的協(xié)同致病基因。結(jié)果:1.伴der(1;7)(q10;p10)異常髓系腫瘤以男性患者居多(84.3%,59/70)。中位年齡56歲(16-82歲)。其中,MDS患者50(71.4%)例,AML患者15(21.4%)例,MM患者3(4.3%)例,CML患者1例及HES患者1例。Der(1;7)(q10;p10)在MDS中的發(fā)生率為2.6%(50/1934)。與-7/del(7q)相比,der(1;7)(q10;p10)MDS患者具有較低原始細胞比例及較高的血紅蛋白水平;IPSS-R分層后,der(1;7)(q10;p10)患者相對低危組多見(46%vs.6.9%,P0.001),其整體預(yù)后也要優(yōu)于-7/del(7q),(P=0.0182,2年OS 50%vs.15%)。此外,超過一半(60%)的患者僅具有der(1;7)(q10;p10)的異常,伴隨的附加染色體異常數(shù)量有限,以+8、20q-常見。2.應(yīng)用高通量測序技術(shù)對22例der(1;7)(q10;p10)患者骨髓樣品進行了檢測,同時以32例-7/del(7q)患者作為對照。54例測序患者中,53例(98%)檢測出不同突變,其中9例(16.7%)含1個突變,14例(25.9%)含2個突變,11例(20.4%)含3個突變,19例(35.2%)包含至少4個突變。Der(1;7)(q10;p10)患者中最頻繁的突變基因為RUNX1(9/22,40.9%)、ASXL1(5/22,22.9%)、EZH2(4/22,18.2%)和DNMT3A(4/22,18.2%);而在-7/del(7q)患者中TP53(9/32,28.1%)、ASXL1(9/32,28.1%)、SETBP1(7/32,21.9%)、和TET2(6/32,18.8%)則為最常見突變。值得一提的是,RUNX1在der(1;7)(q10;p10)的突變頻率要顯著高于-7/del(7q)(40.9%vs.12.5%,P=0.016)。3.通過蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測,發(fā)現(xiàn)RUNX1相應(yīng)的突變導(dǎo)致了其DNA結(jié)合功能以及反式激活功能的喪失。目的蛋白亞細胞定位結(jié)果顯示:RUNX1蛋白野生型定位于細胞核;N136K的蛋白亞細胞定位和野生型一樣,定位于細胞核,S141X、R201X和R204X的目的蛋白胞漿內(nèi)質(zhì)網(wǎng)與胞核內(nèi)均有高表達。4.Der(1;7)(q10;p10)與-7/del(7q)基因表達譜差異顯著,其中在1號染色體長臂上有151個異常表達基因,既往報道這些基因的大多數(shù)可直接或間接參與疾病的發(fā)生發(fā)展。例如:NUF2基因的過表達可導(dǎo)致紡錘體的缺陷、染色體偏離及紡錘體裝配檢驗點的激活,從而抑制染色體的分離和分裂中后期的轉(zhuǎn)換。而且基因芯片檢測的熒光信號值提示der(1;7)(q10;p10)與-7/del(7q)的NUF2基因表達水平具有顯著差異(P=0.0005)。結(jié)論:1.Der(1;7)(q10;p10)患者中男性多見,具有較高的Hb水平,MDS患者中以較低危亞型為主,預(yù)后明顯優(yōu)于-7/7q-。核型以單純異常為主,常見的附加異常為+8、20q-,而-7/7q-以復(fù)雜異常多見,常伴隨-5/5q-。2.高通量測序發(fā)現(xiàn)der(1;7)(p10;q10)患者存在40.9%的RUNX1突變,是其特異性的分子遺傳學(xué)異常。S141X、R201X和R204X突變可導(dǎo)致RUNX1蛋白的亞細胞定位改變。
【學(xué)位單位】:蘇州大學(xué)
【學(xué)位級別】:博士
【學(xué)位年份】:2018
【中圖分類】:R551.3
【部分圖文】:

患者,異常核型,細胞遺傳學(xué),中位值


圖 1 2215 例 MDS 患者的 WHO 分型2215 例 MDS 患者中,男性 1304 例,女性 911 例,男/女比例為 1.43:1,中55 歲(6-93 歲),原始細胞比例中位值為 3.5%。就細胞遺傳學(xué)而言,正常核型7 例,占 55.8%(1237/2215),異常核型 941 例,占 42.5%(941/2215),其型 271 例,占所有 MDS 患者的 12.2%(271/2215)。此外,對 1670 例各項

分型,染色體異常,核型,患者


圖 2 WHO(2008)與 WHO(2016)分型聯(lián)系、941 例核型異常 MDS 患者的細胞遺傳學(xué)分析 )各條染色體中核型異常的分布215 例患者的核型按照 IPSS-R 標準分層,極好組僅 25 例,占 1.1%;半數(shù)以良好核型組,1361 例,占 61.4%;中等核型 461 例,占 20.8%;較差核型 4.3%;極差核型 235 例,占 10.6%。患者總體核型異常率為 42.5%(941/2215異;颊咧,我們對其涉及到的各條染色體進行統(tǒng)計分類。結(jié)果如圖 3 所8 號染色體的異常最為多見,共 330 例,占所有克隆性染色體異常的 35/941);涉及 5 號染色體異;颊 232 例,占 24.7%;7 號染色體的異常僅稍染色體,228 例,占克隆性染色體異;颊叩 24.2%;20 號染色體異常也較12 例(22.5%,212/941);其后涉及的染色體為 1 號、9 號、11 號、17 號和占比率為 17.1%、12.0%、11.7%、11.5%、10.5%,占 10%以下的染色體有

基因突變,圖表,名稱,基因


22圖 6 基因突變總體生存圖表 7 169 例 MDS 患者高頻基因突變及總體生存統(tǒng)計基因名稱 突變例數(shù) % P(OS)U2AF1 43 25.44% 0.7747ASXL1 26 15.38% 0.6381TP53 17 10.06% 0.0001RUNX1 17 10.06% 0.2027
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