目的:骨肉瘤目前主要治療手段為化療和手術治療,沒有突破性的改進,其5年生存率在過去的數十年中,沒有得到顯著的提高。骨肉瘤具有極其復雜的多基因組學異質性并且缺乏普遍適用的信號阻斷靶點,越來越多研究者關注腫瘤免疫微環(huán)境與腫瘤治療的關系。我們利用數據庫的數據,結合計算機算法來尋找骨肉瘤免疫微環(huán)境基因庫中具有預后價值的基因,為骨肉瘤免疫微環(huán)境相關治療打下基礎,以便針對這些基因開展進一步的探索。方法:在本研究中,我們采用TARGET數據庫的骨肉瘤相關預后數據,通過ESTIMATE算法獲得了每一個樣本的免疫評分,從而進行樣本免疫成分的定量。基于骨肉瘤免疫評分中位數,TARGET數據庫中的骨肉瘤患者樣本被分成兩組,即相對的高免疫浸潤組和低免疫浸潤組。通過差異比較和臨床數據統(tǒng)計學分析,兩組之間差異性表達的并且有預后價值的基因被識別。同時對這些基因進行了功能富集和蛋白質互作網絡分析。最后通過獨立的GEO數據庫對這些基因再次進行驗證。結果:TARGET數據庫中,45個基因被識別為免疫微環(huán)境中與預后相關的關鍵基因,這些基因主要涉及炎癥反應,鈣離子穩(wěn)態(tài)調節(jié),免疫反應,趨化因子信號途徑和破骨細胞分化。結合GEO... 

【文章來源】：浙江大學浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數】：65 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

免疫評分與骨肉瘤患者的性別有關

浙江大學碩士學位論文正文結果15圖3.2（A）關于TARGET數據庫中免疫評分高低分組的Kaplan-Meier生存分析。（B）關于TARGET數據庫中免疫評分的差異表達預后基因的表達概況。3.3蛋白質-蛋白質相互作用網絡分析及關鍵基因探索為了進一步深入研究免疫微環(huán)境差異表達的有預后價值的基因譜，我們利用STRING網站門戶（SearchToolfortheRetrievalofInteractingGenes;https://string‐db.org/）構建了蛋白質-蛋白質相互作用網絡[5]（圖3.3）。之后，利用Cytoscape軟件（version3.7.1）及其MCODE插件（MolecularComplexDetection），

浙江大學碩士學位論文正文結果16結合拓撲學原理，我們對上述得到的蛋白質相互作用網絡進行提煉，最終獲得了8個核心子網絡及其構成網絡的45個基因，并且將這45個基因作為骨肉瘤免疫微環(huán)境預后核心基因[6]（圖3.4；表3.2）。在這45個關鍵基因中，40個基因都在高免疫評分組中上調，5個基因下調。結合之前的原理背景以及免疫評分和骨肉瘤預后的關系，我們認為，上調的這40個基因往往是出現在有利于骨肉瘤的免疫微環(huán)境中，而下調的5個基因往往預示著預后不良。圖3.3使用STRING網站門戶（SearchToolfortheRetrievalofInteractingGenes;https://string‐db.org/）構建了蛋白質-蛋白質相互作用網絡。


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