金葡的PJI體液適應性及小檗堿抗PJI的實驗研究
發(fā)布時間：2020-03-30 22:53
【摘要】：目的:假體關(guān)節(jié)感染(prosthetic joint infection,PJI)是關(guān)節(jié)置換手術(shù)后的災難性并發(fā)癥。金黃色葡萄球菌是主要致病菌,且具有毒力強,易于形成生物膜,體內(nèi)適應性強的特點。近年來耐甲氧西林金葡菌(MRSA)越來越常見,導致金葡菌所致PJI的防治難度更大。因此,亟需找到合適的金葡菌株作為工具菌,研究金葡PJI發(fā)病機制并探索新的抗菌物質(zhì),以實現(xiàn)臨床上對PJI更有效的防治。方法:從PJI患者假體上分離得到一株臨床金葡菌,確定MLST分型為ST1792,并進行了全基因組測序。從臨床采集關(guān)節(jié)滑液,引流液與血漿,檢測金葡菌ST1792在這三種體液中的生物膜成膜狀況,并進行轉(zhuǎn)錄組測序研究。此外,從臨床PJI病人分離18株金葡菌,檢測鹽酸小檗堿對這些菌株的抑菌效果,并對小檗堿處理下的ST1792進行轉(zhuǎn)錄組測序和生物信息學分析。結(jié)果:全基因組測序結(jié)果顯示ST1792是一株基因組結(jié)構(gòu)完整具有金葡菌主要基因特征的PJI來源工具菌。生物膜實驗結(jié)果表明ST1792在關(guān)節(jié)滑液和血漿中的成膜高于對照組和引流液。測序結(jié)果表明關(guān)節(jié)滑液與血漿性質(zhì)較接近,與引流液有明顯差異。小檗堿對18株P(guān)JI來源金葡菌具有顯著抑制作用,但對部分菌株低濃度小檗堿可促進生物膜形成。轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果提示小檗堿干擾了細菌DNA復制,細胞分裂與能量代謝過程。結(jié)論:ST1792在體外模擬PJI體液環(huán)境中具有明顯的環(huán)境適應性,是金葡菌相關(guān)PJI研究的良好工具菌。小檗堿對PJI來源金葡菌具有良好的抑制作用并與菌株MLST分型相關(guān),其作用可能是通過損傷DNA,干擾細胞分裂與能量代謝過程發(fā)揮抑菌作用。
【圖文】：
圖 1： 信息分析流程圖(1)數(shù)據(jù)過濾：原始下機數(shù)據(jù)過濾，得到高質(zhì)量的 CleanData；(2)組裝：使用: SOAPdenovo 軟件對 Clean Data 進行組裝，并依據(jù) kme 頻率、GC 含量、和基因組覆蓋深度的分布情況對組裝結(jié)果進行評價； (3)基因組功能元件預測，包括 a)重復序列分析，b)CRISPR 分析，c)Prophage, d）非編碼 RNA 分析：包括 rRNA、tRNA (d)基因島分析，，e)基因島預測，f)插入序列預測，g）編碼序列預測；(4) 編碼序列功能分析，包括 NR、COG、KEGG、GO、Swiss-prot 數(shù)據(jù)庫注釋；(5)比較基因組學分析，包括 a)尋找 SNP 和 Indel，b) 核心基因組泛基因組分析，c) Ka/Ks 選擇壓力分析，d) 共線性分析，e)共線性分析，f) 系統(tǒng)發(fā)育分析；g) 基因組信息可視化Figure1: Bioinformatic analysis flow. 1) data filtration. 2) installation.3) functionelements prediction: a) repeated sequences analysis b) CRISPER analysis c) Prophaged) non-coding sequences prediction e) gene island prediction f) insertion sequencesprediction g) coding sequences prediction 4) coding sequences functional analysis 5)
圖 2. 金葡菌 ST1792 基于（A）GO 和（B）KEGG 數(shù)據(jù)庫基因功能富集分析結(jié)果。Figure2. GO and KEGG enrichment analysis of S. aureus ST1792 genes.18
【學位授予單位】：上海交通大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2018
【分類號】：R687.4
本文編號：2608166
【圖文】：
圖 1： 信息分析流程圖(1)數(shù)據(jù)過濾：原始下機數(shù)據(jù)過濾，得到高質(zhì)量的 CleanData；(2)組裝：使用: SOAPdenovo 軟件對 Clean Data 進行組裝，并依據(jù) kme 頻率、GC 含量、和基因組覆蓋深度的分布情況對組裝結(jié)果進行評價； (3)基因組功能元件預測，包括 a)重復序列分析，b)CRISPR 分析，c)Prophage, d）非編碼 RNA 分析：包括 rRNA、tRNA (d)基因島分析，，e)基因島預測，f)插入序列預測，g）編碼序列預測；(4) 編碼序列功能分析，包括 NR、COG、KEGG、GO、Swiss-prot 數(shù)據(jù)庫注釋；(5)比較基因組學分析，包括 a)尋找 SNP 和 Indel，b) 核心基因組泛基因組分析，c) Ka/Ks 選擇壓力分析，d) 共線性分析，e)共線性分析，f) 系統(tǒng)發(fā)育分析；g) 基因組信息可視化Figure1: Bioinformatic analysis flow. 1) data filtration. 2) installation.3) functionelements prediction: a) repeated sequences analysis b) CRISPER analysis c) Prophaged) non-coding sequences prediction e) gene island prediction f) insertion sequencesprediction g) coding sequences prediction 4) coding sequences functional analysis 5)
圖 2. 金葡菌 ST1792 基于（A）GO 和（B）KEGG 數(shù)據(jù)庫基因功能富集分析結(jié)果。Figure2. GO and KEGG enrichment analysis of S. aureus ST1792 genes.18
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【分類號】：R687.4
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1 談佳琪;金葡的PJI體液適應性及小檗堿抗PJI的實驗研究[D];上海交通大學;2018年
本文編號：2608166
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