本文關(guān)鍵詞：大理地區(qū)結(jié)核分枝桿菌臨床分離株MLVA法基因分型研究

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【摘要】：目的 探討MLVA技術(shù)在云南大理地區(qū)結(jié)核分枝桿菌基因分型中的應(yīng)用，初步研究大理地區(qū)結(jié)核分枝桿菌DNA多態(tài)性及基因型特征。 方法 收集大理地區(qū)肺結(jié)核患者的痰標(biāo)本，分離培養(yǎng)和鑒定后利用MLVA基因分型技術(shù)，對其進(jìn)行研究。本研究選取21個數(shù)目可變串聯(lián)重復(fù)序列（VNTR）位點，采用聚合酶鏈反應(yīng)（PCR）和瓊脂糖凝膠電泳技術(shù)，建立檢測大理地區(qū)結(jié)核分枝桿菌DNA指紋多態(tài)性方法，并應(yīng)用Quantity one軟件和BioNumerics（6.6）軟件進(jìn)行數(shù)字化和聚類分析。用SPSS（13.0）統(tǒng)計軟件對120株結(jié)核分枝桿菌基因型成簇率、54株優(yōu)勢菌株結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計分析，家族結(jié)果與數(shù)據(jù)庫比對獲得。 結(jié)果 1對120株結(jié)核分枝桿菌臨床分離株和1株標(biāo)準(zhǔn)菌株H37Rv的21個位點進(jìn)行檢測，可分為6個基因型，呈現(xiàn)明顯的多態(tài)性，21位點的HGI指數(shù)最高為0.838，最低為0.301，其中分辨力較高的是：MIRU26、Mtub21、Mtub30、Mtub39、Mtub4、MIRU31、MIRU16、Mtub29、MIRU10、MIRU40；中等分辨力的位點是：MIRU27、MIRU39、MIRU2、ETR-B、ETR-A、MIRU26、MIRU23、MIRU4、Mtub34；分辨力較低的位點是MIRU24、ETR-C。 2采用UPGMA法對120株臨床分離株和1株標(biāo)準(zhǔn)菌株H37Rv聚類分析，121株菌株可分為6個基因群（Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型、Ⅳ型、Ⅴ型、Ⅵ型）。Ⅰ型占50.4%（61/121）；Ⅱ型占30.6%（37/121）；Ⅲ型占6.6%（8/121）；Ⅳ型占5%（6/121）；Ⅴ型占4.1%（5/121）；Ⅵ型占3.3%（4/121）。Ⅰ型為主要流行基因型，標(biāo)準(zhǔn)菌株在Ⅱ型。 3運用MST法對120株臨床分離株和1株標(biāo)準(zhǔn)菌株H37Rv聚類分析，結(jié)果分為6個基因群，a群占86.7%，為主要流行基因型，，標(biāo)準(zhǔn)菌株在a群。 4將120株臨床分離株和1株標(biāo)準(zhǔn)菌株與數(shù)據(jù)庫比對，顯示北京家族基因型占73%（88/121），非北京家族基因型占27%（33/121）。 5120株分離株中是否感染優(yōu)勢菌株與年齡（χ2=0.181，P=0.671）、性別（χ2=0.312，P=0.577）之間差異均無統(tǒng)計學(xué)意義。 6患者是否易感染雙感菌株與年齡（χ2=2.788，P=0.095）、性別（χ2=2.094，P=0.148）之間均無統(tǒng)計學(xué)意義。 結(jié)論 1MIRU26、Mtub21、Mtub30、Mtub39、Mtub4、MIRU31、MIRU16、Mtub29、MIRU10、MIRU40位點是分析大理地區(qū)120例肺結(jié)核患者結(jié)核分枝桿菌基因分型的首選位點，該10個位點分辨力較高。 2大理地區(qū)120例肺結(jié)核患者結(jié)核分枝桿菌有著較高的DNA基因多態(tài)性，MLVA基因分型至少分為六個基因群，主要流行菌型為Ⅰ型和a群。不同縣市其主要基因型存在差異，大部分縣市與總體的流行趨勢相符。 3大理地區(qū)120例肺結(jié)核患者感染成簇菌株基因型、優(yōu)勢菌株基因型、雙感菌株基因型與患者性別、年齡均無關(guān)。 4大理地區(qū)MLVA所選組合位點不同，分辨力不同，位點越多，HGI值越大，即分辨力越高。
【關(guān)鍵詞】：結(jié)核分枝桿菌 基因分型 多位點數(shù)目可變串聯(lián)重復(fù)序列 大理地區(qū) Hunter-Gaston指數(shù)
【學(xué)位授予單位】：大理學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號】：R378.91
【目錄】：

• 英漢縮略詞與英漢對照5-7
• 中文摘要7-9
• ABSTRACT9-12
• 前言12-18
• 材料與方法18-25
• 1 實驗材料18-20
• 1.1 標(biāo)本來源18
• 1.2 主要試劑18
• 1.3 實驗耗材18
• 1.4 實驗儀器18-19
• 1.5 主要試劑配制19-20
• 2 研究方法20-25
• 2.1 結(jié)核菌的鑒定20-21
• 2.2 結(jié)核菌株的培養(yǎng)21
• 2.3 DNA 制備21
• 2.4 MLVA 基因分型21-24
• 2.5 數(shù)據(jù)分析24-25
• 結(jié)果25-49
• 1 標(biāo)本基本資料25
• 2 VNTR 位點基因檢測25-37
• 2.1 DNA 結(jié)果的重復(fù)性25
• 2.2 VNTR 基因位點多態(tài)性檢測25-37
• 3 各位點的分辨能力37
• 4 MLVA 基因分型37-43
• 4.1 待測菌株各特異位點的重復(fù)次數(shù)37-38
• 4.2 采用 UPGMA 法 MLVA 基因分型38-40
• 4.3 采用 MST 法 MLVA 基因分型40-42
• 4.4 MLVA 基因分型結(jié)果比對42-43
• 5 大理地區(qū)基因成簇率的分布43
• 6 優(yōu)勢菌株基因型分布43-44
• 6.1 性別與菌株之間的差異43-44
• 6.2 年齡與菌株之間的差異44
• 7 單純感染菌株和雙感菌株之間的差異44-45
• 7.1 性別與菌株之間的差異44-45
• 7.2 年齡與菌株之間的差異45
• 8 不同 MLVA 位點組合的差異性45-49
• 討論49-53
• 結(jié)論53-54
• 參考文獻(xiàn)54-60
• 攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文60-61
• 課題資助情況61-62
• 綜述62-69
• 參考文獻(xiàn)67-69
• 致謝69

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前6條

1 李卓林;王璐璐;劉日輝;陳燕芬;陳澤良;于雅琴;;吉林省110株結(jié)核分枝桿菌臨床分離株MLVA基因分型[J];吉林大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版);2013年02期

2 趙于丁;馮欽;羅濤;楊志榮;孫群;;應(yīng)用多位點數(shù)目可變串聯(lián)重復(fù)序列對四川地區(qū)結(jié)核分支桿菌的基因分型[J];四川大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版);2012年04期

3 馬s

本文編號：852730