本文關(guān)鍵詞：細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴mRNA測(cè)序及表達(dá)譜分析

  更多相關(guān)文章： 原頭蚴 轉(zhuǎn)錄組學(xué) 生物信息分析 表達(dá)譜

【摘要】：目的通過(guò)對(duì)細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴的mRNA的測(cè)序及表達(dá)譜分析,初步建立起細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴的表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(kù),了解細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴基因表達(dá)及蛋白構(gòu)成情況,為全面了解細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴生物學(xué)特征及寄生蟲(chóng)與宿主之間的關(guān)系奠定基礎(chǔ)并為新的診斷方法、篩選新的藥物靶點(diǎn)和疫苗候選分子選擇提供理論依據(jù)。方法用TRIZOL法提取人源細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴的總RNA,構(gòu)建細(xì)粒棘球蚴的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文庫(kù),Illumina的solexa測(cè)序平臺(tái)對(duì)RNA進(jìn)行測(cè)序并進(jìn)行生物信息學(xué)分析。結(jié)果測(cè)序結(jié)果去雜后得到2G數(shù)據(jù),通過(guò)從頭拼接我們得到18 569個(gè)contig,這些contig的總長(zhǎng)度為71 329bp,contig平均長(zhǎng)度為384bp,最小的contig長(zhǎng)度為201bp,最大contig長(zhǎng)度為4 618bp,N50(覆蓋50%所有核苷酸的最大序列重疊群的長(zhǎng)度)為384bp。預(yù)測(cè)得到unigene為9 029條,將這9 029條基因與NCBI的nr數(shù)據(jù)庫(kù)做blast比對(duì),最終有7 441條unigene具有同源比對(duì)信息。結(jié)論根據(jù)GO分析可以發(fā)現(xiàn),共有10 550條unigene與數(shù)據(jù)庫(kù)中的基因有較高同源性,且較多的unigene可以與多條基因相對(duì)應(yīng),一共建立了10 550條對(duì)應(yīng)關(guān)系。通過(guò)與KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)分析,細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴的轉(zhuǎn)錄組中有4 731條unigene得到注釋,這4 731個(gè)得到注釋的基因位于241條代謝通路中,這些代謝通路分別與代謝過(guò)程,基因信息過(guò)程,環(huán)境相關(guān)過(guò)程,細(xì)胞過(guò)程及與人類(lèi)疾病相關(guān)。
【作者單位】： 寧夏醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)科學(xué)技術(shù)研究中心;寧夏疾病預(yù)防控制中心;寧夏醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與細(xì)胞生物學(xué)系;
【關(guān)鍵詞】： 原頭蚴 轉(zhuǎn)錄組學(xué) 生物信息分析 表達(dá)譜
【基金】：寧夏教育廳基金(NGY2010041)資助~~
【分類(lèi)號(hào)】：R383.3
【正文快照】： 寧夏教育廳基金(NGY2010041)資助細(xì)粒棘球蚴病(echinococcosis)也被稱(chēng)為囊性包蟲(chóng)病(hydatid disease)是一種人獸共患的寄生蟲(chóng)病。包蟲(chóng)病影響范圍廣泛,具有全球性分布趨勢(shì),在各個(gè)大陸基本都有包蟲(chóng)病被發(fā)現(xiàn),有報(bào)道顯示100個(gè)國(guó)家都存在包蟲(chóng)病患者[1]。包蟲(chóng)病嚴(yán)重危害人畜健康,該

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10 王曉s，

本文編號(hào)：809370