目的分析2013年以來人H7N9流感病毒密碼子使用偏愛性及其影響因素,并基于此分析人H7N9流感病毒之間的進化關系。方法以人H7N9流感病毒的12條蛋白的編碼序列為材料,利用CUSP、CodonW、Sigma plot和SPSS等軟件對其密碼子偏愛性進行統(tǒng)計分析。結(jié)果人H7N9流感病毒的各蛋白編碼序列的ENC值在47.75-57.37之間,RSCU>1且以A/U結(jié)尾的密碼子占66.6%。中性繪圖、ENC繪圖及PR2奇偶繪圖分析表明,密碼子的偏愛性主要受自然選擇的影響。基于密碼子偏愛性的聚類分析顯示,人H7N9流感病毒的HA、NA、M、PB2、NP等密碼子的偏愛性在2016或2017年后發(fā)生了較大改變。結(jié)論人H7N9偏愛使用A/U結(jié)尾的密碼子,其偏愛性主要受自然選擇壓力的影響。2016年以來多種蛋白的密碼子偏愛性陸續(xù)發(fā)生變化,因此需進一步加強對人H7N9流感病毒的監(jiān)控。

【文章頁數(shù)】：7 頁

【文章目錄】：
材料與方法
    1目的基因序列
    2分析軟件及程序
    3分析指標與方法
        3.1有效密碼子數(shù)
        3.2同義密碼子相對使用頻率
        3.3 ENC繪圖分析
        3.4中性分析
        3.5 PR2奇偶偏好分析
        3.6聚類分析
結(jié) 果
    1 同義密碼子使用偏好性分析
        1.1 有效密碼子數(shù)
        1.2 同義密碼子相對使用頻率
    2 ENC繪圖分析
    3 中性繪圖分析
    4 PR2奇偶偏好分析
    5 聚類分析
討 論



本文編號：3871142