目的分析糖尿病大鼠腦部認知功能區(qū)域的基因表達譜。方法篩選公眾數(shù)據(jù)平臺下的基因芯片數(shù)據(jù)集GSE34451,將組間對比P<0.05,FC>2的基因定義為差異表達基因(DEGs),運用DAVID在線注釋平臺對差異表達基因進行功能注釋,運用medcalc統(tǒng)計軟件對基因進行ROC分析。結(jié)果在海馬、前額葉皮質(zhì)、紋狀體組織中,1型糖尿病(T1DM)及2型糖尿病(T2DM)大鼠均存在的DEGs分別為29個、21個、16個,這些差異基因分別參與了4、3、9個顯著性功能條目。與T1DM大鼠相比,T2DM大鼠海馬、前額葉皮質(zhì)、紋狀體組織均存在較多差異基因。基因Ftcd及Trim16作為診斷標志物鑒別糖尿病及對照組大鼠具有良好的敏感性及特異性。結(jié)論糖尿病大鼠腦部認知功能區(qū)域的基因表達譜異常,運用基因芯片能夠系統(tǒng)的篩選出疾病相關(guān)基因,為糖尿病影響認知功能的機制研究提供實驗依據(jù)。 

【文章來源】：腦與神經(jīng)疾病雜志. 2019年10期

【文章頁數(shù)】：5 頁

【部分圖文】：

T1DM、T2DM大鼠三個部位的差異表達基因結(jié)果匯總

圖1 T1DM、T2DM大鼠三個部位的差異表達基因結(jié)果匯總研究把組間對比P < 0.05,FC > 2的基因視為差異表達基因(DEGs),結(jié)果顯示:與對照組相比,?T1DM大鼠海馬組織存在著117個差異表達基因(97基因上調(diào),20基因下調(diào));T2DM大鼠海馬組織存在著237個差異表達基因(162基因上調(diào),75基因下調(diào))。?T1DM大鼠前額葉皮質(zhì)組織存在著89個差異表達基因(21基因上調(diào),68基因下調(diào));T2DM大鼠前額葉皮質(zhì)組織存在著331個差異表達基因(34基因上調(diào),297基因下調(diào));?T1DM大鼠紋狀體組織存在著106個差異表達基因(33基因上調(diào),73基因下調(diào));T2DM大鼠紋狀體組織存在著334個差異表達基因(26基因上調(diào),308基因下調(diào)),圖1A、B分別顯示了T1DM、T2DM大鼠三個部位的差異表達基因統(tǒng)計結(jié)果。由圖可見,在同一類型的糖尿病大鼠中,不同部位的DEGs表達趨勢不同:海馬組織DEGs大多數(shù)呈高表達,前額葉皮質(zhì)組織與紋狀體組織DEGs大多數(shù)呈低表達;與此相反,在同一組織部位中,不同糖尿病類型大鼠的DEGs表達趨勢相同:兩種類型糖尿病大鼠的海馬組織DEGs均為上調(diào)模式,前額葉皮質(zhì)組織與紋狀體組織DEGs均為下調(diào)模式。因此,研究進一步對不同類型糖尿病中表達趨勢一致的海馬組織DEGs、前額葉皮質(zhì)組織DEGs與紋狀體組織DEGs分別進行了整合,結(jié)果顯示:T1DM與T2DM大鼠海馬組織中存在著29個相同的DEGs(24上調(diào),5下調(diào));T1DM與T2DM大鼠前額葉皮質(zhì)組織中存在著21個相同的DEGs(1上調(diào),20下調(diào));T1D與T2D大鼠紋狀體組織中存在著16個相同的DEGs(5上調(diào),11下調(diào))。圖2顯示了差異表達基因的聚類分析圖。進一步統(tǒng)計顯示,差異表達基因Ftcd與Trim16同時存在于T1D與T2D大鼠海馬組織、前額葉皮質(zhì)組織與紋狀體組織中,提示Ftcd及Trim16可能在糖尿病大鼠的神經(jīng)系統(tǒng)病變中發(fā)揮了重要作用。

3.ROC分析(表2,圖3)運用基因Ftcd表達值鑒別糖尿病與對照組的敏感性、特異性、曲線下面積分別為100.0%、88.9%、0.988,基因Trim16表達值鑒別糖尿病與對照組的敏感性、特異性、曲線下面積分別為100.0%、100.0%、1.000。


本文編號：2919542