【摘要】：以非結(jié)核分枝桿菌中的胞分枝桿菌、鳥分枝桿菌和恥垢分枝桿菌三個(gè)標(biāo)準(zhǔn)株為研究對(duì)象,對(duì)其Mmp L家族蛋白的同源序列進(jìn)行相似性分析和功能預(yù)測(cè)。根據(jù)NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中分枝桿菌Mmp L蛋白序列進(jìn)行多重序列比對(duì);用TMHMM Server 2.0在線軟件對(duì)Mmp L同源序列進(jìn)行拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)預(yù)測(cè);用Interproscan對(duì)Mmp L3同源序列進(jìn)行保守序列和結(jié)構(gòu)域分析。同源分析結(jié)果顯示:與H37Rv Mmp L家族比較,胞分枝桿菌中沒有發(fā)現(xiàn)Mmp L2、Mmp L6、Mmp L7、Mmp L8、Mmp L9、Mmp L12和Mmp L13的同源序列;鳥分枝桿菌沒有發(fā)現(xiàn)Mmp L6、Mmp L7、Mmp L8、Mmp L9、Mmp L12和Mmp L13的同源序列;恥垢分枝桿菌沒有發(fā)現(xiàn)Mmp L2、Mmp L7、Mmp L9、Mmp L10、Mmp L12和Mmp L13的同源序列,推測(cè)可能與菌種差異性有關(guān);拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn)大部分同源序列跨膜次數(shù)與H37Rv的對(duì)應(yīng)Mmp L蛋白保持一致,少數(shù)序列與H37Rv的對(duì)應(yīng)Mmp L蛋白有較小偏差;保守序列分析發(fā)現(xiàn):與H37Rv比較三個(gè)標(biāo)準(zhǔn)株的Mmp L3同源序列有兩個(gè)膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白結(jié)構(gòu)域(MMPL domain),沒有固醇敏感多肽區(qū)(SSD domain)說(shuō)明該同源序列有膜轉(zhuǎn)運(yùn)功能,無(wú)SSD介導(dǎo)的膽固醇自我平衡調(diào)節(jié)、物質(zhì)運(yùn)輸以及細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等功能。研究結(jié)果為進(jìn)一步闡明非結(jié)核分枝桿菌的毒力、致病機(jī)制和疾病趨勢(shì)提供基礎(chǔ)資料。
[Abstract]:The homologous sequences of Mmp L family proteins from three standard strains of Mycobacterium spp., Mycobacterium avium and Mycobacterium smeareus were analyzed and their functions were predicted. Multiple sequence alignment was performed according to Mmp L protein sequence of Mycobacterium in NCBI database, topological structure of Mmp L homology sequence was predicted by TMHMM Server 2.0 online software, and conserved sequence and domain of Mmp L3 homology sequence were analyzed by Interproscan. The results of homology analysis showed that the homologous sequences of MMP L12 and MMP L12 of MMP L9, MMP L9, MMP L12 and MMP L13 were not found in Mycobacterium Mmp L2, MMP L6, MMP L6, MMP L9, MMP L12 and MMP L13 in Mycobacterium, and the homology of MMP L9 MMP L12 and MMP L13 were not found in Mycobacterium. The homologous sequences of MMP L9 and MMP L10 MMP L12 and Mmp L13 were not found in Mycobacterium smeareus, and the topological structure prediction revealed that most of the homologous sequences were consistent with the corresponding Mmp L protein of H37Rv, and the homologous sequences of MMP L7, MMP L9, MMP L10, MMP L12, MMP L12 and MMP L13 of MMP L9 were not found. There was a small deviation between a few sequences and the corresponding Mmp L protein of H37Rv. Conserved sequence analysis showed that there were two membrane transporter domains in Mmp L3 homologous sequence of three standard strains compared with H37Rv. There was no steroid-sensitive polypeptide region (SSD domain) in (MMPL domain), domain, which indicated that the homologous sequence had membrane transport function. No SSD-mediated self-regulation of cholesterol, substance transport and cell signal transduction. The results provide basic data for further elucidating the virulence, pathogenicity and disease trend of non-tuberculosis mycobacterium.
【作者單位】： 武漢輕工大學(xué)生物與制藥工程學(xué)院;
【基金】：武漢輕工大學(xué)研究生創(chuàng)新基金項(xiàng)目(2014cx019)
【分類號(hào)】：R378.91

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本文編號(hào)：2169478