本文關(guān)鍵詞：多位點(diǎn)序列分型技術(shù)在揭示隱孢子蟲(chóng)和賈第蟲(chóng)傳播特征中的應(yīng)用

  更多相關(guān)文章： 隱孢子蟲(chóng) 賈第蟲(chóng) 多位點(diǎn)序列分型 易感人群

【摘要】：隱孢子蟲(chóng)(Cryptosporidium)和賈第蟲(chóng)(Giardia)是能夠在人類(lèi)和多種脊椎動(dòng)物中進(jìn)行共患傳播的重要寄生蟲(chóng),常常導(dǎo)致腹瀉癥狀,嚴(yán)重危害著人類(lèi)和動(dòng)物的健康。由這兩種寄生蟲(chóng)引發(fā)的寄生蟲(chóng)病曾在世界的多個(gè)國(guó)家和地區(qū)暴發(fā)流行,因此隱孢子蟲(chóng)病和賈第蟲(chóng)病已然成為重要的世界性公共衛(wèi)生安全問(wèn)題。多位點(diǎn)序列分型技術(shù)(MLST)由于可從多個(gè)位點(diǎn)分析亞型的遺傳特征,因此被廣泛用于群體遺傳結(jié)構(gòu)和亞型傳播動(dòng)態(tài)的分析。然而,目前采用MLST技術(shù)對(duì)這兩種寄生蟲(chóng)在易感兒童,尤其是福利機(jī)構(gòu)中的流行傳播情況卻報(bào)道較少,并且人們對(duì)于重要的人獸共患蟲(chóng)種-火雞隱孢子蟲(chóng)(C meleagridis)的研究也相對(duì)較少,對(duì)于它的群體遺傳結(jié)構(gòu)類(lèi)型以及能否跨種傳播的信息了解不多。 本課題采集了62份來(lái)自?xún)和�、艾滋病病人和鳥(niǎo)類(lèi)的C. meleagridis樣本用于進(jìn)行群體遺傳學(xué)分析。首先基于SSU rRNA基因使用PCR-RFLP結(jié)合測(cè)序確定這些樣本的蟲(chóng)種,并采用MLST技術(shù)對(duì)gp60、 CP47、 MSC6-5、RPGR、 TSP8等5個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)進(jìn)行遺傳多樣性及群體遺傳結(jié)構(gòu)的研究。在gp60、 RPGR、 MSC6-5、 TSP8、 CP47這5個(gè)基因位點(diǎn)分別發(fā)現(xiàn)了8個(gè)、3個(gè)、3個(gè)、2個(gè)和1個(gè)獨(dú)特的基因亞型,并且所有基因位點(diǎn)間呈現(xiàn)完全的連鎖不平衡。所得到的亞型被分為兩個(gè)組,大多數(shù)位于組1,并且在組1內(nèi)的亞型無(wú)明顯的群體分化,屬于組1的14個(gè)MLST基因型中有2個(gè)在艾滋病病人和鳥(niǎo)類(lèi)中均被發(fā)現(xiàn)。這些實(shí)驗(yàn)結(jié)果首次闡釋了C. meleagridis為克隆性群體遺傳結(jié)構(gòu)類(lèi)型,并提供了C. meleagridis可以在人類(lèi)和鳥(niǎo)類(lèi)之間發(fā)生跨種傳播的證據(jù)。 本課題還采集了396份福利院兒童的樣本,對(duì)樣品中隱孢子蟲(chóng)和賈第蟲(chóng)進(jìn)行檢測(cè),基于SSU rRNA基因?qū)﹄[孢子蟲(chóng)的陽(yáng)性率進(jìn)行判斷,進(jìn)一步采用MLST技術(shù)在gp60、CP47、 CP56、 MSC6-7、 RPGR、 hsp70和DZ-HRGP這7個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)進(jìn)行隱孢子蟲(chóng)的亞型多樣性分析�；趖pi、 bg和gdh三個(gè)基因位點(diǎn),采用MLST技術(shù)對(duì)賈第蟲(chóng)的陽(yáng)性率和亞型多樣性進(jìn)行分析。發(fā)現(xiàn)這兩種寄生蟲(chóng)的陽(yáng)性率分別為9.85%(39/396)和30.30%(120/396)。通過(guò)對(duì)蟲(chóng)種/基因型的分析發(fā)現(xiàn),隱孢子蟲(chóng)和賈第蟲(chóng)均為單一亞型,其中隱孢子蟲(chóng)為人隱孢子蟲(chóng)(C. hominis)蟲(chóng)種的IaA14R4亞型,賈第蟲(chóng)為藍(lán)氏賈第蟲(chóng)(G. duodenalis)的A2基因型。進(jìn)一步采用MLST技術(shù)進(jìn)行亞型分析,發(fā)現(xiàn)有16個(gè)C. hominis樣本被分成了2個(gè)亞型,其中有15個(gè)樣本的亞型信息完全一致,只有1個(gè)樣本在hsp70基因位點(diǎn)中發(fā)生了1個(gè)點(diǎn)突變；120個(gè)賈第蟲(chóng)樣本被分成了3個(gè)亞型,其中屬于AII-1基因型的有83個(gè),AII-8基因型的有33個(gè),AII-13基因型的有4個(gè)。AII-1基因型在3批樣本中均為優(yōu)勢(shì)亞型,AII-8基因型僅在第1批和第3批樣本中被發(fā)現(xiàn),而AII-13基因型僅在第1批樣本中被發(fā)現(xiàn)。這些基因型的分布特點(diǎn)說(shuō)明了在該福利院中存在著多個(gè)賈第蟲(chóng)的來(lái)源,并且AlI-1基因型在該福利院中呈現(xiàn)出較為穩(wěn)定的傳播態(tài)勢(shì)。結(jié)合兩種寄生蟲(chóng)較高的感染率、感染蟲(chóng)種/基因型單一以及被感染兒童年齡分布等特點(diǎn),推斷在該福利院中存在隱孢子蟲(chóng)和賈第蟲(chóng)暴發(fā)的情況。 以上研究結(jié)果對(duì)于闡明C. meleagridis的人獸共患性以及兒童感染隱孢子蟲(chóng)和賈第蟲(chóng)的流行特征具有重要意義,對(duì)于推動(dòng)多位點(diǎn)序列分型技術(shù)在隱孢子蟲(chóng)和賈第蟲(chóng)傳播研究中的應(yīng)用具有積極作用。
【關(guān)鍵詞】：隱孢子蟲(chóng) 賈第蟲(chóng) 多位點(diǎn)序列分型 易感人群
【學(xué)位授予單位】：華東理工大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類(lèi)號(hào)】：R38
【目錄】：

• 摘要5-7
• Abstract7-12
• 第1章 緒論12-29
• 1.1 前言12
• 1.2 隱孢子蟲(chóng)和賈第蟲(chóng)概述12-21
• 1.2.1 隱孢子蟲(chóng)概述12-17
• 1.2.2 賈第蟲(chóng)概述17-21
• 1.3 隱孢子蟲(chóng)和賈第蟲(chóng)的致病特點(diǎn)及流行分布21-22
• 1.3.1 隱孢子蟲(chóng)的致病特點(diǎn)21
• 1.3.2 隱孢子蟲(chóng)的流行分布21-22
• 1.3.3 賈第蟲(chóng)的致病特點(diǎn)22
• 1.3.4 賈第蟲(chóng)的流行分布22
• 1.4 隱孢子蟲(chóng)和賈第蟲(chóng)的傳播途徑22-24
• 1.4.1 隱孢子蟲(chóng)的傳播途徑22-23
• 1.4.2 賈第蟲(chóng)的傳播途徑23-24
• 1.5 常用基因分型技術(shù)在隱孢子蟲(chóng)和賈第蟲(chóng)基因分型中的應(yīng)用24-27
• 1.5.1 PCR限制性酶切分型技術(shù)(PCR-RFLP)24-25
• 1.5.2 PCR-DNA測(cè)序分析技術(shù)25
• 1.5.3 Real-time PCR分析技術(shù)25-26
• 1.5.4 多位點(diǎn)分型技術(shù)(MLT)26
• 1.5.5 多位點(diǎn)序列分型技術(shù)(MLST)26-27
• 1.6 本研究的主要內(nèi)容及意義27-29
• 第2章 火雞隱孢子蟲(chóng)群體遺傳結(jié)構(gòu)的調(diào)查分析29-52
• 2.1 引言29-30
• 2.2 實(shí)驗(yàn)材料30-31
• 2.2.1 實(shí)驗(yàn)樣品來(lái)源及采集方法30
• 2.2.2 實(shí)驗(yàn)儀器30
• 2.2.3 實(shí)驗(yàn)試劑30-31
• 2.3 實(shí)驗(yàn)方法31-37
• 2.3.1 實(shí)驗(yàn)樣本DNA的提取31-32
• 2.3.2 隱孢子蟲(chóng)蟲(chóng)種/基因型的鑒定32-35
• 2.3.3 PCR產(chǎn)物的DNA測(cè)序及分析35
• 2.3.4 C.meleagridis的群體結(jié)構(gòu)分析35-37
• 2.4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果37-49
• 2.4.1 隱孢子蟲(chóng)的蟲(chóng)種鑒定37-38
• 2.4.2 MLST PCR結(jié)果分析38
• 2.4.3 C.meleagridis的gp60亞型及多態(tài)性分析38-41
• 2.4.4 基因內(nèi)的遺傳多樣性分析41-43
• 2.4.5 基于等位基因型分布的多位點(diǎn)分析43-47
• 2.4.6 群體亞結(jié)構(gòu)分析47-49
• 2.5 討論49-51
• 2.6 本章小結(jié)51-52
• 第3章 福利院兒童中隱孢子蟲(chóng)和賈第蟲(chóng)的流行分布調(diào)查52-66
• 3.1 引言52
• 3.2 實(shí)驗(yàn)材料52-53
• 3.2.1 實(shí)驗(yàn)樣品來(lái)源及采集方法52-53
• 3.2.2 實(shí)驗(yàn)儀器53
• 3.2.3 實(shí)驗(yàn)試劑53
• 3.3 實(shí)驗(yàn)方法53-56
• 3.3.1 實(shí)驗(yàn)樣本DNA的提取53
• 3.3.2 隱孢子蟲(chóng)蟲(chóng)種/基因型和基因亞型的鑒定53-54
• 3.3.3 隱孢子蟲(chóng)的多位點(diǎn)序列分析54-55
• 3.3.4 賈第蟲(chóng)的檢測(cè)及分型55-56
• 3.3.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析56
• 3.4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果56-62
• 3.4.1 隱孢子蟲(chóng)感染率的檢測(cè)結(jié)果56
• 3.4.2 隱孢子蟲(chóng)蟲(chóng)種和基因亞型的分布56-57
• 3.4.3 隱孢子蟲(chóng)感染的年齡、性別分布57-58
• 3.4.4 隱孢子蟲(chóng)感染與腹瀉分析58
• 3.4.5 福利院兒童隱孢子蟲(chóng)的MLST分析58-59
• 3.4.6 賈第蟲(chóng)感染率的檢測(cè)結(jié)果59-60
• 3.4.7 賈第蟲(chóng)基因型及多位點(diǎn)基因型(MLG)分析60-61
• 3.4.8 賈第蟲(chóng)感染的年齡、性別分布61-62
• 3.4.9 賈第蟲(chóng)感染與腹瀉分析62
• 3.4.10 福利院兒童隱孢子蟲(chóng)與賈第蟲(chóng)混合感染的情況分析62
• 3.5 討論62-65
• 3.6 本章小結(jié)65-66
• 第4章 結(jié)論與展望66-68
• 4.1 結(jié)論66
• 4.2 展望66-68
• 參考文獻(xiàn)68-81
• 攻讀碩士學(xué)位期間的研究成果81-82
• 致謝82

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前8條

1 吳亮;陳盛霞;曹建平;;隱孢子蟲(chóng)病的流行與診斷研究進(jìn)展[J];國(guó)際醫(yī)學(xué)寄生蟲(chóng)病雜志;2006年05期

2 趙杰;張龍現(xiàn);李逐波;;隱孢子蟲(chóng)病研究進(jìn)展[J];河南畜牧獸醫(yī)(綜合版);2008年05期

3 朱名勝;宋明華;;十堰市部分中小學(xué)生隱孢子蟲(chóng)感染情況[J];中國(guó)學(xué)校衛(wèi)生;2007年06期

4 張龍現(xiàn),蔣金書(shū),劉群,寧長(zhǎng)申,趙金鳳,劉紅英;PCR-RFLP鑒定隱孢子蟲(chóng)種類(lèi)研究[J];畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào);2004年05期

5 張光明;馬興敏;趙長(zhǎng)生;;賈第蟲(chóng)病的防治現(xiàn)狀[J];預(yù)防醫(yī)學(xué)情報(bào)雜志;1989年03期

6 祖述憲;隱孢子蟲(chóng)病研究現(xiàn)狀[J];安徽醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào);2000年02期

7 齊萌;張小三;張素梅;寧長(zhǎng)申;張龍現(xiàn);;賈第蟲(chóng)種類(lèi)、基因型及其分子流行病學(xué)研究進(jìn)展[J];中國(guó)病原生物學(xué)雜志;2009年06期

8 黃俠;徐梅倩;馮耀宇;何國(guó)聲;;分子生物學(xué)技術(shù)在隱孢子蟲(chóng)研究中的應(yīng)用[J];中國(guó)獸醫(yī)寄生蟲(chóng)病;2006年03期

，

本文編號(hào)：1119276