本文關鍵詞：單純皰疹病毒中簡單重復序列及其GC含量的研究

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【摘要】：人類單純皰疹病毒一型(Herpes simplex virus type1, HSV-1)和二型(Herpessimplex virus type2, HSV-2)的感染是普遍存在于全世界的，它們感染人后經常引發(fā)各種皰疹和許多并發(fā)性疾病，對人類身體健康產生了極大危害。皰疹病毒有種特殊的致病機制，它們能從潛伏期到激活期過渡，初期感染時可能不會造成人體任何的癥狀，但當人體免疫機能下降時，該病毒就會激活并引起相關的疾病，這也是無法對該病毒進行早期發(fā)現(xiàn)和治療的關鍵所在。近年來，隨著單純皰疹病毒感染率的提高，這種特異性的致病機制也越來越被人們所關注。本論文以人類單純皰疹病毒一型和二型的基因組序列為研究材料，，利用IMEx（ImperfectMicrosatellite Extractor）和MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）等軟件對病毒基因組序列進行了SSRs（Simple Sequence Repeats）的提取和定位，再結合相關的統(tǒng)計學方法對SSRs的分布特點及其堿基偏向性進行了全面的分析。分析結果顯示：在HSV-1中單核苷酸重復是最多的，而在HSV-2中單核苷酸重復和二核苷酸重復含量卻相差不大，并且二核苷酸重復稍多于單核苷酸重復。在比較高階SSRs時發(fā)現(xiàn)在HSV-2基因組中四核苷酸重復的相對頻率明顯高于HSV-1。值得注意的是在HSV-1和HSV-2基因組中C/G, CG/GC,(GGC)n分別以絕對的優(yōu)勢存在于一型、二型和三型SSRs中，并且在所有的SSRs中GC含量明顯高于整個基因組中GC含量。另外，隨著SSRs長度的增長，在兩病毒基因組中的含量呈現(xiàn)出減少的趨勢。通過分析結果可以得出：盡管HSV-1和HSV-2的基因組有很高的相似率，但是在兩病毒基因組中SSRs的含量和分布卻有著各自的特點。在兩病毒基因組中越長的SSRs含量越少，這可能與它的高突變率有關。在HSV-1和HSV-2病毒基因組中不管是在SSRs中還是在整個基因組中都呈現(xiàn)出了高GC的偏向性，這種高GC含量的SSRs在病毒基因組中可能起著重要的作用，特別是在翻譯區(qū)SSRs中GC含量的偏向性將直接影響蛋白質的結構和功能。另外，本文的分析結果可能為單純皰疹病毒的致病性、基因組結構和進化機制的研究提供一定的理論基礎。
【關鍵詞】：簡單重復序列 單純皰疹病毒 相對頻率 GC 含量
【學位授予單位】：湖南大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2013
【分類號】：R373;Q75
【目錄】：

• 摘要5-6
• Abstract6-9
• 第1章 緒論9-26
• 1.1 簡單重復序列的簡介10-18
• 1.1.1 簡單重復序列的篩選10-11
• 1.1.1.1 文庫篩選法10
• 1.1.1.2 序列標記微衛(wèi)星分布技術10
• 1.1.1.3 選擇性擴增微衛(wèi)星序列分析方法10-11
• 1.1.1.4 從表達序列標簽中篩選 SSRs11
• 1.1.2 簡單重復序列的功能11-13
• 1.1.2.1 構成基因組的重要組成部分11-12
• 1.1.2.2 影響基因的表達12-13
• 1.1.3 簡單重復序列在研究中的應用13-15
• 1.1.3.1 建立 DNA 指紋、品種鑒定及種子純度檢測13-14
• 1.1.3.2 種質資源保存、評價和利用14
• 1.1.3.3 基因定位和構建基因組圖譜14
• 1.1.3.4 系譜分析及分子標記輔助育種14
• 1.1.3.5 親子鑒定14-15
• 1.1.4 簡單重復序列的突變機制15-17
• 1.1.4.1 滑動復制15-16
• 1.1.4.2 DNA 重組16
• 1.1.4.3 滑動復制與 DNA 重組的相互作用16-17
• 1.1.5 簡單重復序列與人類疾病17-18
• 1.2 皰疹病毒簡介18-19
• 1.2.1 單純皰疹病毒 1 型18-19
• 1.2.2 單純皰疹病毒 2 型19
• 1.3 生物信息學數(shù)據(jù)庫19-21
• 1.3.1 GenBank20-21
• 1.3.2 EMBL（歐洲分子生物學實驗室）21
• 1.3.3 DDBJ（日本國家遺傳學研究所，NIG）21
• 1.4 SSR 常用的分析軟件21-24
• 1.4.1 MEGA21-22
• 1.4.2 FASTA22
• 1.4.3 IMEx22
• 1.4.4 SAS22-23
• 1.4.5 DNA Star23-24
• 1.4.6 SPSS24
• 1.5 研究意義和前景24-26
• 第2章 材料與方法26-30
• 2.1 實驗材料26
• 2.2 方法與步驟26-30
• 2.2.1 序列的處理26-28
• 2.2.2 相關軟件的選取28-29
• 2.2.3 分析方法的選取29
• 2.2.4 對分析結果進行處理29-30
• 第3章 結果分析與討論30-39
• 3.1 HSV-1 和 HSV-2 基因組中 SSRS的整體分布情況30-32
• 3.2 在 HSV-1 和 HSV-2 中不同長度 SSRS的分布特點32
• 3.3 在 HSV-1 和 HSV-2 中三核苷酸重復的特異性分布32-34
• 3.4 HSV-1 和 HSV-2 SSRS中 GC 含量的分析34-36
• 3.5 HSV-1 和 HSV-2 中 SSRS的保守性和突變性36-39
• 結論39-41
• 參考文獻41-53
• 附錄 A 攻讀學位期間所發(fā)表的學術論文目錄53-54
• 致謝54

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前6條

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本文編號：1059075