目的:煙霧病是以雙側頸內(nèi)動脈末端慢性狹窄或閉塞、繼發(fā)顱底異常血管網(wǎng)形成為特征的腦血管病。病因及發(fā)病機制尚不明確。為了解煙霧病微小RNA(microRNA,miRNA)表達譜特征,我們應用lllumina-Seq技術對煙霧病患者全血進行轉錄組深度測序。為了構建差異表達miRNA的可能調(diào)控網(wǎng)絡,我們對高通量測序結果得到的miRNA差異表達譜進行了進一步的篩選、驗證及生物信息學分析,并結合轉錄組測序數(shù)據(jù)進行關聯(lián)分析。為深入認識miRNA在煙霧病發(fā)生及發(fā)展中的分子生物學機制奠定基礎,從而為煙霧病的早期篩查,最大程度預防新病例的發(fā)生以及通過早期治療減緩疾病進程等提供可能的研究方向。方法:1、應用lllumina-Seq技術對5例煙霧病患者及5例正常對照者的全血樣本進行sRNA和轉錄組深度測序,對miRNA差異表達譜進行分析并篩選;2、應用RT-qPCR的方法對7條差異表達miRNA在用于高通量測序階段的5個病例及5個對照中進行結果一致性的驗證,同時進一步擴大樣本量在獨立的7例煙霧病患者及8例正常對照中檢測3條目的miRNA表達水平;3、應用生物信息學方法及相關分析軟件對差異表達的miRNA進行靶...

【文章頁數(shù)】：63 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
英文縮略語
1 前言
2 材料與方法
    2.1 研究對象
    2.2 煙霧病入選標準
    2.3 主要試劑與儀器
    2.4 實驗方法
        2.4.1 血樣制備
        2.4.2 全血總RNA提取及質(zhì)量監(jiān)控
        2.4.3 文庫構建及質(zhì)量檢測
        2.4.4 上機測序
    2.5 煙霧病高通量測序及miRNA差異表達譜分析
        2.5.1 miRNA原始數(shù)據(jù)測序質(zhì)量控制
        2.5.2 mRNA、lncRNA測序數(shù)據(jù)整理及數(shù)據(jù)量統(tǒng)計
        2.5.3 miRNA表達及差異分析
    2.6 差異表達miRNA的 RT-qPCR驗證
        2.6.1 全血Total-RNA提取
        2.6.2 RNA濃度及純度測定
        2.6.3 反轉錄合成c DNA
        2.6.4 PCR引物的合成
        2.6.5 熒光實時定量PCR
    2.7 差異表達miRNA靶基因預測和功能富集分析
        2.7.1 miRNA靶基因預測
        2.7.2 差異表達miRNA靶基因的GO和 KEGG富集分析
    2.8 差異表達miRNA與轉錄組測序數(shù)據(jù)聯(lián)合分析
    2.9 ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡分析
3 結果
    3.1 樣品總RNA質(zhì)量檢測
    3.2 高通量測序的結果及數(shù)據(jù)分析
    3.3 miRNA差異表達分析
    3.4 煙霧病及其對照組全血中miRNA實時定量PCR驗證結果
    3.5 擴大樣本量驗證差異miRNA在煙霧病患者與對照組中的表達水平
    3.6 差異表達miRNA靶基因的GO和 KEGG富集分析
    3.7 聯(lián)合分析
    3.8 lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA關系對分析結果和調(diào)控網(wǎng)絡圖
4 討論
5 結論
本研究創(chuàng)新性的自我評價
參考文獻
綜述 煙霧病的基因轉錄后調(diào)控研究進展
    參考文獻
攻讀學位期間獲取的研究成果
致謝
個人簡介



本文編號：3916315