目的:膠質(zhì)母細(xì)胞瘤(GBM)是一種高度惡化的彌漫性神經(jīng)膠質(zhì)瘤,具有極強(qiáng)的浸潤性。GBM的主要治療方法為手術(shù)切除聯(lián)合放化療,但術(shù)后易復(fù)發(fā),且預(yù)后不良,其中位生存期僅有14個月左右。因此,本文基于生物信息學(xué)分析,尋找與GBM不良預(yù)后相關(guān)的分子標(biāo)志物,將有助于篩選可靠生物分子標(biāo)志物,并對其進(jìn)行風(fēng)險評估,并具有關(guān)鍵意義。方法:從癌癥基因組圖譜(TCGA)中下載GBM相關(guān)數(shù)據(jù)集,利用R語言進(jìn)行差異基因分析,FDR<0.05,fold change>1,并繪制相關(guān)火山圖和熱圖。以P<0.05作為顯著性檢驗(yàn)判別標(biāo)準(zhǔn),對差異基因進(jìn)行生存分析。利用DAVID8.4對影響總生存率的差異基因進(jìn)行基因本體論(GO)和京都基因組百科全書(KEGG)富集分析,探究相關(guān)靶基因參與的生物過程、細(xì)胞組成、分子功能和信號通路;利用String數(shù)據(jù)庫獲取對總生存有影響的差異基因的蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò),聯(lián)合Cytoscape軟件中MCODE插件對前述基因進(jìn)行模塊分析。然后,利用Cytoscape中ClueGO插件將與GBM相關(guān)的基因簇進(jìn)行GO和KEGG基因富集分析,觀察通路之間的關(guān)系和基因在通路中的富集情...

【文章頁數(shù)】：39 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
英文縮略語
1 前言
2 材料與方法
    2.1 主要材料
    2.2 方法
        2.2.1 TCGA數(shù)據(jù)庫資料下載
        2.2.2 TCGA膠質(zhì)母細(xì)胞瘤數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化及差異表達(dá)分析
        2.2.3 差異基因的生存分析
        2.2.4 基因功能富集分析
        2.2.5 PPI相互作用網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        2.2.6 Cytoscape網(wǎng)絡(luò)可視化分析
        2.2.7 Cox比例風(fēng)險回歸模型的構(gòu)建
        2.2.8 ROC曲線分析
        2.2.9 風(fēng)險評分相關(guān)生存分析
3 結(jié)果
    3.1 GBM中差異表達(dá)基因的篩選
    3.2 對GBM差異基因的生存分析
    3.3 基因功能富集分析
    3.4 PPI網(wǎng)絡(luò)可視化分析
    3.5 Cox回歸模型分析靶基因?qū)BM患者預(yù)后總生存的影響
4 討論
5 結(jié)論
本研究創(chuàng)新性的自我評價
參考文獻(xiàn)
綜述
    參考文獻(xiàn)
致謝
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