正常DMPK基因CTG序列多態(tài)性初探及強直性肌營養(yǎng)不良1型microRNA表達譜的生物信息學分析
發(fā)布時間:2021-09-09 07:30
目的:1.初步分析正常DMPK等位基因CTG序列拷貝數的分布特點,豐富對中國漢族人CTG序列多態(tài)性的認識。2.基于芯片平臺篩選強直性肌營養(yǎng)不良1型患者肌肉組織中異常表達的microRNA和基因,通過生物信息學方法分析差異microRNA與差異基因間的相互作用關系,探索microRNA在DM1中參與的重要功能和通路,為闡明microRNA在DM1發(fā)病機制中的作用提供更直接的科學依據。方法:1.采用三重引物PCR(triplet primed PCR, TP-PCR)對53名臨床擬診為DM1的患者及8名無癥狀親屬行基因診斷,分析正常DMPK等位基因CTG拷貝數的分布趨勢。2.選取4例來自DM1患者的活檢肌肉標本為實驗組,4例來自骨科手術病人的正常肌肉標本為對照組,通過RNA提取、microRNA芯片和全轉錄本芯片檢測,篩選出兩組間的差異microRNA和差異基因;利用TargetScan6.2預測差異microRNA的靶基因,并對差異基因進行功能及信號通路的顯著性分析;將顯著性功能和信號通路所對應的差異基因與靶基因進行對比,找出交集基因,探索其與microRNA間的相互作用關系。結果:1....
【文章來源】:中國人民解放軍醫(yī)學院北京市
【文章頁數】:75 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
DM1的RNA毒性致病機制
推動 microRNA 研究的飛速發(fā)展做出了巨大的icroRNA 有 1600 個前體和 2042 個成熟體(m合成包括 microRNA 基因的轉錄、核內加工、程。首先,microRNA 基因在 RNA 聚合酶Ⅱ物(pri-microRNA),然后在 Drosha/DCGR8 作t、含有莖環(huán)結構的前體 microRNA(pre-microRP 轉運出細胞核,經過 Dicer 的第二次剪切產些成熟 microRNA 可與其他蛋白質一起組成 ilencing complex, RISC),通過核酸序列互補結 種機制負向調控基因表達:當 microRNA 和靶,靶基因 mRNA 降解;當不完全互補時,則RNA 的水平(圖 1-2)。
圖 2-1 反應二原理圖表 1-2 TP-PCR 反應程序[1, 2]應步驟 溫度(℃) 時間(秒) 循環(huán)變性 94 240 1變性 95 60退火 60 603延伸 72 120末延伸 72 600 1離檢測:PCR 產物使用 ABI 公司的 3100 測序儀進行后續(xù)處理。峰出現在 60-63 堿基處,最大片段長度峰不超過 160 堿基(圖 2
本文編號:3391687
【文章來源】:中國人民解放軍醫(yī)學院北京市
【文章頁數】:75 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
DM1的RNA毒性致病機制
推動 microRNA 研究的飛速發(fā)展做出了巨大的icroRNA 有 1600 個前體和 2042 個成熟體(m合成包括 microRNA 基因的轉錄、核內加工、程。首先,microRNA 基因在 RNA 聚合酶Ⅱ物(pri-microRNA),然后在 Drosha/DCGR8 作t、含有莖環(huán)結構的前體 microRNA(pre-microRP 轉運出細胞核,經過 Dicer 的第二次剪切產些成熟 microRNA 可與其他蛋白質一起組成 ilencing complex, RISC),通過核酸序列互補結 種機制負向調控基因表達:當 microRNA 和靶,靶基因 mRNA 降解;當不完全互補時,則RNA 的水平(圖 1-2)。
圖 2-1 反應二原理圖表 1-2 TP-PCR 反應程序[1, 2]應步驟 溫度(℃) 時間(秒) 循環(huán)變性 94 240 1變性 95 60退火 60 603延伸 72 120末延伸 72 600 1離檢測:PCR 產物使用 ABI 公司的 3100 測序儀進行后續(xù)處理。峰出現在 60-63 堿基處,最大片段長度峰不超過 160 堿基(圖 2
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