【摘要】：目的應(yīng)用生物信息學(xué)技術(shù)分析缺血性腦卒中患者外周血中微小RNA(miRNA)的靶基因及其功能、在疾病中的作用。方法在GEO數(shù)據(jù)庫中檢索缺血性腦卒中基因芯片數(shù)據(jù),并利用生物信息學(xué)工具篩選差異表達(dá)的miRNA,對差異表達(dá)的miRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測分析,對miRNA靶基因進(jìn)行生物學(xué)功能分析及信號通路分析,最后構(gòu)建miRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和miRNA靶基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果檢索到芯片數(shù)據(jù)GSE55937,篩選得到50個(gè)差異表達(dá)的miRNA。篩選出的miRNA的靶基因的合集共7 557個(gè)。這些靶基因的功能主要為DNA依賴轉(zhuǎn)錄、DNA依賴轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)等,主要分布在絲裂原活化蛋白激酶信號通路、腫瘤信號通路等信號通路。miRNA功能的調(diào)控分析及miRNA靶基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖提示,人類miRNA(hsa-miR)-15a-5p、hsa-miR-106b-5p、hsa-let-7c-5p、hsa-let-7i-5p、hsa-let-7g-5p中心度最高。結(jié)論缺血性腦卒中患者外周血中存在差異性表達(dá)的miRNA,hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-106b-5p、hsa-let-7c-5p、hsa-let-7i-5p、hsa-let-7g-5p與缺血性腦卒中的發(fā)病密切相關(guān)。
[Abstract]:Objective to analyze the target gene and its function of micro-RNA (miRNA) in peripheral blood of patients with ischemic stroke by bioinformatics technique, and to explore the role of microgene in the disease. Methods the gene chip data of ischemic stroke were retrieved in GEO database, and the differentially expressed miRNA, was screened by bioinformatics tools to predict and analyze the target genes of the differentially expressed miRNA. The biological function and signal pathway of miRNA target gene were analyzed. Finally, miRNA regulatory network and miRNA target gene regulatory network were constructed. Results 50 differentially expressed miRNA. were obtained by GSE55937, screening of microarray data. A total of 7 557 miRNA target genes were screened. The functions of these target genes are mainly DNA-dependent transcription, DNA-dependent transcriptional regulation, and mainly distributed in mitogen-activated protein kinase signaling pathway. Analysis of the regulation of miRNA function and miRNA target gene regulatory network suggested that human miRNA (hsa-miR)-15a-5p, hsa-miR-106b-5p, hsa-let7c-5p, hsa-let-7i-5p, hsa-let-15a-5p, hsa-mir-106b-5p, hsa-let-7i-5p, The centrality of hsa-let-7g-5p was the highest. Conclusion there is a differential expression of miRNA,hsa-miR-15a-5p,hsa-miR-106b-5p,hsa-let-7c-5p,hsa-let-7i-5p, in peripheral blood of patients with ischemic stroke. Hsa-let-7g-5p is closely related to ischemic stroke.
【作者單位】： 廣西醫(yī)科大學(xué)附屬民族醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)二科;廣西醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科;
【基金】：國家自然科學(xué)基金(81360191) 廣西醫(yī)藥衛(wèi)生科研課題(Z2015105)
【分類號】：R743.3

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本文編號：2452507