【摘要】：該研究旨在運用生物信息學方法預測固有免疫信號分子hsa-mi R-146b與腦卒中關聯(lián)的分子調(diào)控網(wǎng)絡。實驗運用UCSC基因組瀏覽器、人類mi RNA疾病數(shù)據(jù)庫、TF-mi RNA調(diào)控數(shù)據(jù)庫、mi RNA靶基因預測驗證數(shù)據(jù)庫和Genecards數(shù)據(jù)庫研究hsa-mi R-146b的上游轉錄因子、下游靶基因及信號通路的多個調(diào)控途徑,繪制hsa-mi R-146b的核心調(diào)控網(wǎng)絡圖。采用脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)刺激慢病毒感染的小膠質(zhì)細胞BV2細胞,采用實時定量PCR檢測早期生長反應基因1(early growth response 1,EGR1)、Toll樣受體4(Toll-like receptor 4,TLR4)、mi R-146b、腦源性神經(jīng)營養(yǎng)因子(brain derived neurotrophic factor,BDNF)和基質(zhì)金屬蛋白酶9(matrix metalloproteinase 9,MMP9)的m RNA水平變化,對hsa-mi R-146b調(diào)控網(wǎng)絡進行驗證。UCSC數(shù)據(jù)庫中顯示,hsa-mi R-146b在多個物種中具有高度保守性。生物信息學分析顯示,hsa-mi R-146b受轉錄因子EGR1調(diào)控的同時,又調(diào)控下游TLR4、BDNF和MMP9等39個靶基因。所有基因構成一個以hsa-mi R-146b為核心的調(diào)控網(wǎng)絡,在腦卒中的發(fā)生與發(fā)展中起著重要作用。在LPS刺激的BV2細胞中,EGR1、TLR4、mi R-146b、BDNF和MMP9m RNA水平升高,而RNA慢病毒技術干擾小膠質(zhì)細胞中的EGR1的表達后,TLR4、mi R-146b和MMP9 m RNA水平降低,BDNF升高,表明EGR1是調(diào)節(jié)mi R-146b表達和下游信號分子TLR4、BDNF和MMP9的關鍵信號分子。綜上所述,生物信息學方法預測并初步驗證了hsa-mi R-146b分子在腦卒中疾病中的調(diào)控網(wǎng)絡,為深入闡明hsa-mi R-146b在腦卒中疾病中的機制奠定了實驗基礎。
[Abstract]:The aim of this study was to predict the molecular regulatory network associated with stroke by bioinformatics. UCSC genome browser, TF-mi RNA regulatory database and Genecards database were used to study the upstream transcription factor, downstream target gene and signal pathway of hsa-mi R-146b. Draw the core control network diagram of hsa-mi R-146b. Lipopolysaccharide (lipopolysaccharide,LPS) was used to stimulate BV2 cells infected with lentivirus. Real time quantitative PCR was used to detect the changes of m RNA levels of Toll-like receptor 4 (Toll-like receptor 4 TLR4), brain-derived neurotrophic factor (brain derived neurotrophic factor,BDNF) and matrix metalloproteinase 9 (MMP9) in the early growth response gene 1 (early growth response 1 / EGR1). The verification of hsa-mi R-146b regulatory network shows that hsa-mi R-146b is highly conservative in many species. Bioinformatics analysis showed that hsa-mi R-146b was regulated by transcription factor EGR1, but also regulated 39 target genes such as downstream TLR4,BDNF and MMP9. All genes constitute a regulatory network with hsa-mi R-146b as the core, which plays an important role in the occurrence and development of stroke. In BV2 cells stimulated by LPS, the levels of BDNF and MMP9m RNA increased in BV2 cells stimulated by LPS, while RNA lentivirus technology inhibited the expression of EGR1 in microglial cells and decreased the levels of MMP9 m RNA and TLR4mi R-146b. It is suggested that EGR1 is the key signal molecule to regulate the expression of mi R-146b and the downstream signal molecules TLR4,BDNF and MMP9. In conclusion, the bioinformatics method predicts and preliminarily verifies the regulatory network of hsa-mi R-146b molecule in stroke disease, which lays an experimental foundation for further elucidating the mechanism of hsa-mi R-146b in stroke disease.
【作者單位】： 南昌大學第一附屬醫(yī)院藥學部;南昌大學轉化醫(yī)學研究院心血管疾病研究中心;
【分類號】：R743.3

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本文編號：2202990