目的:在全基因組水平觀察骨髓間充質(zhì)干細胞（MSCs）成骨分化早期染色質(zhì)開放區(qū)域的動態(tài)變化。方法:原代培養(yǎng)人骨髓MSCs至第6代,成骨誘導劑分別刺激0、3、5和7 d。收集各組細胞,運用ATAC-seq技術（基于高通量測序的轉座酶可接近染色質(zhì)分析）檢測染色質(zhì)開放區(qū)域,并對各組間染色質(zhì)開放區(qū)域數(shù)量、開放區(qū)域的DNA基序以及鄰近基因功能進行生物信息學分析。結果:在MSCs成骨定向分化早期的不同時點,細胞染色質(zhì)開放區(qū)域數(shù)量發(fā)生顯著動態(tài)變化;各組功能性區(qū)域peak分布主要富集在轉錄起始點附近;motif分析顯示各組細胞間參與轉錄調(diào)控的活化DNA發(fā)生細微改變;新增染色質(zhì)開放區(qū)域的生物學過程主要集中在各種GTP酶活性的調(diào)節(jié)、細胞外基質(zhì)組成、Wnt信號通路等;而新增的基因顯著性富集信號通路主要集中在Rap1信號通路、黏著斑、黏著連接等。結論:在骨髓MSCs成骨定向分化早期,各時段的染色質(zhì)開放區(qū)域發(fā)生了顯著的特征性改變。 

【文章來源】：中國病理生理雜志. 2020,36(11)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

MSCs分化不同時點的茜素紅染色

細胞染色質(zhì)開放區(qū)域的鑒定

隨后我們對各分化組與MSC-0d組之間的差異motif進行分析，顯示在OB-3d組與MSC-0d組之間上調(diào)數(shù)量變化最顯著的motif是Runt基因家族、TEAD3基因家族和CEBP等；在OB-5d組與MSC-0d組之間新增數(shù)量變化最為顯著的motif是TEAD3基因家族、Runt基因家族和CEBP等；在OB-7d組與MSC-0d組之間，motif則發(fā)生了更為顯著的變化，數(shù)量增加最為明顯的是CEBP、EBF2、NFIL3、NF1、GRE等（圖3 A）。RUNX2作為調(diào)控成骨早期分化的關鍵轉錄因子，我們重點追蹤了其結合序列開放性的動態(tài)變化。結果顯示，在成骨誘導的第3天和第5天，RUNX2結合motif的開放數(shù)量在整個細胞中的排序中前移，但在第7天顯著下降（圖3B），表明RUNX2的轉錄活性在第5天后逐漸弱化。3 peak鄰近基因功能GO富集分析

【參考文獻】：
期刊論文
[1]骨髓間充質(zhì)干細胞在小鼠早衰性骨質(zhì)疏松中的細胞生物學功能研究[J]. 杲麗,胡成虎,金巖.  中國病理生理雜志. 2013(04)



本文編號：3533295