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G-蛋白偶聯(lián)受體65基因SNPs與中國(guó)漢族人群強(qiáng)直性脊柱炎的關(guān)聯(lián)性研究

發(fā)布時(shí)間:2020-04-28 01:45
【摘要】:目的:強(qiáng)直性脊柱炎(Ankyloaing Spondylitis,AS)是一種慢性炎癥性自身免疫疾病,可以累及患者多種組織,導(dǎo)致患者脊柱活動(dòng)度受限,甚至殘疾;蜓芯恳呀(jīng)證實(shí)AS與炎癥性腸病(Inflammatory bowel disease,IBD)存在風(fēng)險(xiǎn)致病基因重疊現(xiàn)象。越來(lái)越多的研究表明G-蛋白偶聯(lián)受體65(G protein coupled-receptor 65,GPR65)與IBD遺傳易感性有關(guān)聯(lián)。本研究旨在探究GPR65基因上兩個(gè)標(biāo)簽單核苷酸多態(tài)性(Tag single nucleotide polymorphisms,tag SNPs)(rs68177277、rs11624293)與中國(guó)漢族人群AS疾病易感性的關(guān)聯(lián);同時(shí)分析位點(diǎn)基因型分布與AS臨床表型(血沉,C-反應(yīng)蛋白等)之間的關(guān)聯(lián)。方法:采用病例—對(duì)照研究設(shè)計(jì),病例來(lái)自于安徽醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院風(fēng)濕免疫科門診,由具有副主任醫(yī)師及以上職稱的風(fēng)濕科醫(yī)生參照1984年修訂的紐約標(biāo)準(zhǔn)明確診斷為AS,共收集700例強(qiáng)直性脊柱炎患者;按照頻數(shù)匹配的方式,從合肥市血站收集700例年齡、性別匹配的健康個(gè)體作為對(duì)照納入本次研究。使用Haploview 4.2軟件,從GPR65基因上篩選出兩個(gè)tag SNP位點(diǎn)(rs68177277、rs1162429);采用SNPscan技術(shù)對(duì)rs68177277和rs11624293位點(diǎn)進(jìn)行基因分型。采用?~2檢驗(yàn)比較兩個(gè)位點(diǎn)的基因型和等位基因頻率在AS患者與健康對(duì)照之間的分布情況,并采用二分類Logistic回歸模型校正年齡、性別,分析兩個(gè)位點(diǎn)基因型和等位基因頻率與AS遺傳易感性的關(guān)聯(lián)。同時(shí),構(gòu)建基因位點(diǎn)的顯性遺傳模型,隱性遺傳模型和超顯性遺傳模型,分析兩個(gè)位點(diǎn)不同基因型在AS患者和健康對(duì)照之間的分布情況;贏S在不同性別間發(fā)病率存在差異,以性別為分層因素進(jìn)行分層分析。最后,采用Kruskal-Wallis H檢驗(yàn)分析位點(diǎn)基因型分布與AS疾病表型(血沉,C-反應(yīng)蛋白,BASDAI,BASFI,指地距和枕墻距)之間的關(guān)聯(lián)。此外,以BASDAI得分將患者劃分為疾病緩解期AS患者和疾病活動(dòng)期AS患者,并且分別比較不同疾病活動(dòng)度下位點(diǎn)基因型分布與BASFI和BASDAI得分的關(guān)聯(lián)性。定量資料如果符合正態(tài)分布采用均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差描述,反之,描述時(shí)則采用中位數(shù)(四分位數(shù)間距);定性資料采用頻數(shù)(n,%)描述。所有統(tǒng)計(jì)分析均在SPSS 17.0軟件中完成,檢驗(yàn)水準(zhǔn)設(shè)定為雙側(cè)0.05;SNP位點(diǎn)的多重比較使用Bonferroni法進(jìn)行檢驗(yàn)水準(zhǔn)校正。結(jié)果:在基因分型試驗(yàn)中,共有40份血樣分型失敗,分型成功率為97.1%,最終分別有673例AS患者和687例健康對(duì)照的數(shù)據(jù)納入本次分析。強(qiáng)直性脊柱炎患者和健康對(duì)照的平均年齡分別為28.62±7.76歲和28.58±9.31歲;性別比(男/女)分別為548/125和560/127。AS患者的中位病程為3.3(0.8,8.0)年;HLA-B27的陽(yáng)性率為61.4%;AS患者的BASFI得分為0.90(0.00,2.60),BASDAI得分為2.00(0.60,3.80);按照BASDAI≥4的標(biāo)準(zhǔn),僅發(fā)現(xiàn)23%的AS患者(152人)處于疾病活動(dòng)期。遺傳平衡檢驗(yàn)結(jié)果表明rs68177277和rs1162429位點(diǎn)在對(duì)照人群中均符合哈迪-溫伯格平衡(P=0.1822;P=0.9434);蚍中徒Y(jié)果顯示:在GPR65基因上的兩個(gè)SNPs中,僅rs11624293位點(diǎn)的基因型和等位基因頻率分布在AS患者和健康對(duì)照間存在統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P=0.004;P=0.002),經(jīng)Bonferroni法校正后差異仍具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義;按性別進(jìn)行分層分析,結(jié)果顯示:基因型和等位基因頻率分布僅在男性患者和男性健康對(duì)照之間具有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P=0.013;P=0.010),而在女性患者和女性健康對(duì)照之間未觀察到統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P=0.188;P=0.062)。進(jìn)一步校正年齡、性別后,Logistic回歸模型分析結(jié)果顯示:攜帶rs11624293-C/T基因型和rs11624293-C等位基因的個(gè)體患AS的危險(xiǎn)性分別是攜帶rs11624293-T/T基因型和rs11624293-T等位基因個(gè)體的1.527倍和1.515倍(OR=1.527,95%CIs:1.190-1.958;OR=1.515,95%CIs:1.183-1.942)。不同遺傳模型分析的結(jié)果表明:rs11624293位點(diǎn)在顯性和超顯性基因模型下的基因型分布在AS患者和健康對(duì)照之間的差異均具有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(顯性模型χ~2=11.169,P=0.001;超顯性模型:χ~2=10.793,P=0.001)。經(jīng)性別分層后,我們觀察到:僅在男性AS患者和男性健康對(duì)照之間rs11624293位點(diǎn)的顯性模型(P=0.004)和超顯性模型(P=0.003)分布具有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,而在女性AS患者和女性健康對(duì)照之間未觀察到統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。臨床表型分析結(jié)果顯示AS患者的ESR,CRP,BASDAI,BASFI等臨床指標(biāo)在rs11624293位點(diǎn)的三個(gè)基因型間不具有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P0.05)。此外,以BASDAI得分進(jìn)行分層分析,結(jié)果顯示:疾病緩解期AS患者的BASFI得分在rs11624293位點(diǎn)的三個(gè)基因型間具有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P=0.007)。結(jié)論:GPR65基因rs11624293位點(diǎn)的C等位基因以及C/T基因型可能是AS發(fā)病的危險(xiǎn)因素,并且該位點(diǎn)對(duì)疾病易感性的影響在男性人群中更為顯著。此外,該位點(diǎn)的基因型可能會(huì)影響AS患者的疾病嚴(yán)重程度。
【圖文】:

基因連鎖,不平衡,圖譜


基因分型 試驗(yàn)原理本次研究中基因分型方法采用的是由天昊公司研發(fā)的 SNPscanTM基因簡(jiǎn)潔地說(shuō),,SNPscan 分型的技術(shù)原理為:首先,采用連接酶連接反應(yīng)找上候選 SNP 位點(diǎn)的等位基因;然后在設(shè)計(jì)的探針末段加上由不同數(shù)構(gòu)成的非特異片段,同時(shí)通過(guò)連接酶加接反應(yīng),繼而獲得各個(gè)位點(diǎn)相片段;以熒光標(biāo)記的通用引物為基礎(chǔ)對(duì)連接產(chǎn)物進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增,通的 DNA 產(chǎn)物進(jìn)行分離;最后,根據(jù)電泳圖譜得到候選 SNP 的基因型第一次評(píng)估 修改后評(píng)估圖 1. GPR65 基因連鎖不平衡圖譜Fig1. Pair-wise LD plot for GPR65 gene variants

流程圖,分型,流程圖,試劑


20圖 2. SNPscanTMSNP 分型流程圖Fig2. Flow plot of SNPscanTM6.2 主要實(shí)驗(yàn)試劑本次研究中 DNA 提取所用到的試劑主要包括:由上海生化提供溴化乙啶試劑溴酚蘭試劑;Qiagen 公司研制的 Hotstar Taq 試劑盒; NEW ENGLAND 生物科公司銷售的 PCR Marker;SNaPshot Multiplex, 5X Sequencing Buffer, HI-DI,eneScanTM-120 (ABI);SAP (Promega);EXOI (Epicentre)等試劑。除此之外,上生化公司為我們提供了引物設(shè)計(jì)服務(wù)。6.3 主要試驗(yàn)儀器DNA 提取中用到的儀器主要包括:DK-8D 型電熱恒溫水槽、電熱恒溫鼓風(fēng)干
【學(xué)位授予單位】:安徽醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類號(hào)】:R593.23

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本文編號(hào):2642906

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