本文選題：原發(fā)性干燥綜合征 + 全外顯子測(cè)序�。� 參考：《北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院》2017年碩士論文

【摘要】：第一部分 全外顯子測(cè)序探究原發(fā)性干燥綜合征易感基因的研究研究背景:干燥綜合征(Sjogren's syndrome,SS)是一種常見(jiàn)的自身免疫性疾病,臨床上典型表現(xiàn)為淋巴細(xì)胞浸潤(rùn)外分泌腺,尤其是唾液腺及淚腺,造成腺體破壞,分泌功能受損。患者除表現(xiàn)為口眼干燥外,隨病情進(jìn)展常累及全身各個(gè)系統(tǒng)器官。干燥綜合征如果單獨(dú)發(fā)生,即為原發(fā)性干燥綜合征(Primary Sjogren's syndrome,pSS),若伴隨其它免疫性疾病如系統(tǒng)性紅斑狼瘡、風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎等發(fā)生時(shí),則為繼發(fā)性干燥綜合征(Secondary Sjogren's syndrome,sSS)。原發(fā)性干燥綜合征為常見(jiàn)病,在系統(tǒng)性自身免疫疾病中發(fā)病率僅次于風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎。目前,干燥綜合征的發(fā)病機(jī)制尚不明確,疾病的發(fā)生發(fā)展過(guò)程涉及環(huán)境因素與遺傳因素的共同作用。pSS易感基因的研究是當(dāng)前對(duì)該病的研究熱點(diǎn)之一,以往的研究多采用候選基因法,近年有兩篇分別在白種人和中國(guó)漢族人群中開(kāi)展的GWAS,發(fā)現(xiàn)了新的與pSS相關(guān)的基因。研究目的:以往的研究發(fā)現(xiàn)的位點(diǎn)多為常見(jiàn)變異且多數(shù)位于基因的內(nèi)含子或基因間區(qū)域,對(duì)其功能的研究較為欠缺,本研究擬采用全外顯子測(cè)序技術(shù)(Whole exome sequence,WES)研究pSS,嘗試尋找與中國(guó)漢族人群pSS相關(guān)的外顯子區(qū)變異。研究方法:收集診斷明確的pSS患者共91例,健康對(duì)照152例,采集患者及對(duì)照的基本信息及外周血樣本,并提取基因組DNA,保存?zhèn)溆?對(duì)11例pSS患者及6例健康對(duì)照采用Ion Proton測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序;得到的序列信息經(jīng)TS系統(tǒng)完成比對(duì)和變異讀出等常規(guī)分析,IR系統(tǒng)內(nèi)置的分析模塊完成變異位點(diǎn)的生物學(xué)功能注釋及報(bào)告生成等重要步驟。對(duì)變異位點(diǎn)的注釋信息包括基因名稱、染色體位置、氨基酸變化、GO注釋、人群頻率及SIFT、Polyphen預(yù)測(cè)結(jié)果等,綜合考慮以上信息篩選變異位點(diǎn)并進(jìn)行驗(yàn)證,以探索可能與pSS相關(guān)變異位點(diǎn)及基因。研究結(jié)果:1.通過(guò)NCBI-Gene數(shù)據(jù)庫(kù)檢索到可能與pSS相關(guān)的基因共171個(gè),從WES結(jié)果中整理出位于這些基因區(qū)域內(nèi)的變異,經(jīng)篩選后對(duì)其中驗(yàn)證無(wú)誤的5個(gè)變異位點(diǎn),包括E7S1 c.*3297GA、DARCc.205CT、DARCc.131GA、KIR2DL1 g.55295367GA和KIR2DL3 c.686CT在80例散發(fā)病例及146例健康對(duì)照中直接測(cè)序,這五個(gè)位點(diǎn)的分型結(jié)果顯示等位基因頻率及基因型分布差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P0.05).2、通過(guò)對(duì)WES數(shù)據(jù)的分析,篩選到25個(gè)罕見(jiàn)變異位點(diǎn)(MAF0.01),這些位點(diǎn)在6例對(duì)照中均未發(fā)現(xiàn)。對(duì)這25個(gè)位點(diǎn)所在基因進(jìn)行功能富集分析發(fā)現(xiàn)IFIH1、CREBBP,OAS1 富集到 Influenza A(P0.05)、Herpes simplex infection(P0.05)及 Hepatitis B(P0.05)信號(hào)通路。結(jié)論:1、在中國(guó)漢族人群中位點(diǎn)ETS1 c.*3297GA、DARC c.205CT、DARC c.131GA、KIR2DL1g.55295367GA和KIR2D 3 c.686CT 可能與 pSS 不相關(guān)。2、通過(guò)對(duì)本研究中發(fā)現(xiàn)的25個(gè)罕見(jiàn)變異所在基因進(jìn)行功能分析發(fā)現(xiàn)IFIH1、CREBBP、OAS1可能是pSS易感基因,但仍需驗(yàn)證進(jìn)行確認(rèn)。第二部分中國(guó)漢族婦女子癇前期的候選基因關(guān)聯(lián)研究目的:子癇前期(Preeclampsia,PE)是發(fā)生于妊娠期20周以后,以新發(fā)高血壓和蛋白尿?yàn)榘l(fā)病特征的妊娠期高血壓疾病。PE被認(rèn)為是一種胎盤源性疾病,患者在胎盤娩出后常很快緩解或可自愈。發(fā)病機(jī)制目前尚不清楚,其病理過(guò)程主要涉及遺傳因素、免疫因素、胎盤缺血、內(nèi)皮細(xì)胞損傷及氧化應(yīng)激。本研究以181例PE患者(病例組)及203例健康孕婦(對(duì)照組)作為研究對(duì)象,對(duì)2q14.2區(qū)域的三個(gè) SNP 位點(diǎn) rs12711941、rs7576192、rs7579169,分別位于基因ANG-1、SOD2、SOD3 的 SNP 位點(diǎn) rs2507800、rs4880、rs1799895及TIP3 基因的 9 個(gè)tagSNP位點(diǎn)與中國(guó)漢族婦女PE的相關(guān)性進(jìn)行了分析,以期發(fā)現(xiàn)與中國(guó)漢族婦女PE相關(guān)的位點(diǎn)及基因。方法:抽取181例PE患者及203例健康孕婦的外周血,提取基因組DNA,采用飛行時(shí)間質(zhì)譜法對(duì)以上15個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行基因分型。采用SPSS12.0對(duì)分型結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,計(jì)算每個(gè)位點(diǎn)的等位基因頻率及基因型頻率在PE患者及健康孕婦中是否存在差異。結(jié)果:rs7579169位點(diǎn)等位基因頻率在兩組間有差異(P=0.02,OR=1.44,95%CI 1.05-1.98),在顯隱性及加性模型下分別對(duì)該位點(diǎn)進(jìn)行分析,結(jié)果顯示在顯性模型下PE組與對(duì)照組存在差異(P=0.040,OR=2.278)。SNP位點(diǎn)rs7576192、rs12711941等位基因頻率及基因型頻率在病例組及對(duì)照組間均無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P=0.12,P=0.37),分別在顯性、隱性及加性模型下對(duì)這兩個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行分析,兩組間均無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。對(duì)位點(diǎn)rs12711941、rs7576192和rs7579169組成的單體型進(jìn)行分析,結(jié)果顯示單體型GGC和GGT在PE患者及對(duì)照組間均存在差異(P=0.030,P=0.046)。多態(tài)位點(diǎn) rs2507800、rs4880、rs1799895 等位基因頻率和基因型頻率在兩組間無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。對(duì)位點(diǎn)rs2507800、rs4880分別在顯隱性模型下進(jìn)行分析,仍無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。對(duì)TIMP3基因9個(gè)tagSNP的分析顯示,這些位點(diǎn)的等位基因頻率在兩組間無(wú)差異,但多次分娩(3次)的PE患者亞組與對(duì)照組相比,rs135025位點(diǎn)基因型分布在加性模型及顯性模型下差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.018,P=0.008)。位點(diǎn)rs80272基因型分布在加性模型及顯性模型下,重度子癇前期組與對(duì)照組相比有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P=0.014,P=0.041)。對(duì)這9個(gè)tagSNP(rs135025、rs135029、rs137487、rs241890、rs242078、rs5754312、rs715572、rs80272和rs9609643)位點(diǎn)進(jìn)行單體型分析,發(fā)現(xiàn)單體型ACGTAAGCG在PE組與對(duì)照組間差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.035)。結(jié)論:rs7579169 與 PE 相關(guān),rs7576192 及 rs12711941 與 PE 不相關(guān);rs12711941、rs7576192和rs7579169組成的單體型GGC和GGT與PE相關(guān)�；騎IMP3的9 個(gè) tagSNP 位點(diǎn)均與 PE 不相關(guān),但由 rs135025、rs135029、rs137487、rs241890、rs242078、rs5754312、rs715572、rs80272 和 rs9609643 組成的單體型 ACGTAAG CG 與 PE 相關(guān)�；� ANG-1、SOD2和SOD3上的 SNP 位點(diǎn) rs2507800、rs4880和rs1799895均與PE不相關(guān)。
[Abstract]:Sjogren ' s syndrome ( SS ) is a common autoimmune disease . The results of this study were as follows : 1 . A total of 171 patients with pSS related to pSS were collected from WES . The results were as follows : 1 . The results were as follows : 1 . The results were as follows : 1 . The results showed that there were 171 patients with pSS related to pSS . The results were as follows : 1 . The results showed that there were no significant differences in the gene name , chromosome position , amino acid change , GO annotation , population frequency and the results of the study . In the second part , the genetic factors , immune factors , placenta ischemia , endothelial cell injury and oxidative stress were identified . Results : The allele frequency of rs7579169 locus was different between the two groups ( P = 0.02 , OR = 1.44 , 95 % CI 1.05 - 1.98 ) . The results showed that there was a difference between the PE group and the control group ( P = 0 . 040 , OR = 2.278 ) . There was no statistical difference between the two groups ( P = 0.12 , P = 0.37 ) . There was no statistical difference between the two groups . The results showed that the haplotype GGC and GGT were different in PE patients and control groups ( P = 0.030 , P = 0.046 ) . The frequencies of rs2507800 , rs4880 , rs1799895 , rs4880 and rs1799895 were not significantly different between the two groups . The genotype distribution of rs80272 genotype was statistically different from the control group ( P = 0.014 , P = 0.041 ) . Conclusion : rs7579169 is related to PE , rs7576192 and rs1211941 are not related to PE . Conclusion : The single type of GGC and GGT are not related to PE . rs135025 , rs7576192 and rs7579169 are not related to PE . The rs135025 , rs135029 , rs137487 , rs24915572 , rs242078 , rs5754312 , rs715572 , rs80272 and rs96,4343 are not related to PE . The SNP loci rs2507800 , rs4880 and rs1799895 on the gene ANG - 1 , SOD2 and SOD3 are not related to PE .

【學(xué)位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號(hào)】：R593.2;R714.244

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1755460