目的:篩選前列腺癌的差異表達(dá)基因及其上下游的調(diào)控分子。方法:通過(guò)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)和GEO數(shù)據(jù)庫(kù),經(jīng)RSudio軟件分析得到差異基因(DEGenes);采用STRING工具構(gòu)建差異基因的相互作用網(wǎng)絡(luò)、CYTOSCAPE軟件篩選核心模塊,并對(duì)差異基因進(jìn)行GO和KEGG分析,運(yùn)用mirDIP數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)核心基因的miRNA,登錄STARBASE對(duì)miRNA進(jìn)行生存分析并預(yù)測(cè)其lncRNA。結(jié)果:篩選出前列腺癌的差異表達(dá)基因共137個(gè),GO分析結(jié)果顯示有23個(gè)富集結(jié)果,KEGG分析有20個(gè)通路被富集;對(duì)7個(gè)核心差異基因進(jìn)行分析,預(yù)測(cè)出2個(gè)與總體生存率相關(guān)的miRNA,這些miRNA有4個(gè)對(duì)應(yīng)的lncRNA;最后構(gòu)建lncRNA-mRNA互作網(wǎng)絡(luò)。結(jié)論:從生物信息學(xué)角度對(duì)前列腺癌的差異基因進(jìn)行篩選和分析,篩選出前列腺癌發(fā)生過(guò)程中的關(guān)鍵基因及其上下游的調(diào)控分子。

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【文章目錄】：
1 資料與方法
    1.1 基因芯片數(shù)據(jù)的獲取
    1.2 差異基因的分析
        1.2.1 差異基因的分析
        1.2.2 DEGenes的GO和KEGG富集分析和蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        1.2.3 核心基因相應(yīng)miRNA的預(yù)測(cè)
        1.2.4 miRNA的生存分析及l(fā)ncRNA的預(yù)測(cè)
        1.2.5 基因mRNA-pathwang網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
2 結(jié)果
    2.1 由RStudio軟件獲得DEGenes
    2.2 GO和KEGG富集分析DEGenes
    2.3 構(gòu)建DEGenes的PPI和核心基因相應(yīng)miR-NA的預(yù)測(cè)
    2.4 miRNA的生存分析及l(fā)ncRNA的預(yù)測(cè)
    2.5 構(gòu)建lncRNA-mRNA pathway網(wǎng)絡(luò)
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