目的:基于已發(fā)表的芯片數(shù)據(jù)通過生物信息學(xué)方法篩選差異表達(dá)基因,以發(fā)現(xiàn)前列腺癌診斷/預(yù)后和耐藥相關(guān)分子標(biāo)志物。方法:篩選GEO數(shù)據(jù)庫中已發(fā)表的前列腺癌m RNA芯片數(shù)據(jù)GSE6956和前列腺癌細(xì)胞多烯紫杉醇耐藥m RNA芯片數(shù)據(jù)GSE33455進(jìn)行差異表達(dá)分析;通過生物學(xué)功能注釋、基因通路富集分析、蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)（protein-protein interaction,PPI）分析等生物信息學(xué)方法發(fā)現(xiàn)和識別與差異表達(dá)基因相關(guān)的生物學(xué)功能和信號通路;比對TCGA數(shù)據(jù)庫,驗證差異表達(dá)基因在前列腺癌組織及癌旁組織中的表達(dá),并通過Kaplan-Meier分析差異表達(dá)基因?qū)η傲邢侔┗颊呱媛实挠绊?用q PCR方法驗證差異表達(dá)基因在前列腺癌細(xì)胞株P(guān)C3及多烯紫杉醇耐藥細(xì)胞PC3-DTX中的表達(dá)情況。結(jié)果:共篩選出227個在前列腺癌和前列腺癌多烯紫杉醇耐藥細(xì)胞芯片數(shù)據(jù)中共同差異表達(dá)基因。差異表達(dá)基因主要富集到了癌癥相關(guān)通路（Lysosome、Sphingolipid、Fox O、Acute myeloid leukemia）,并主要參與細(xì)胞黏附、自噬和胞內(nèi)蛋白轉(zhuǎn)運等生物學(xué)過程。構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)選取... 

【文章來源】：中國腫瘤生物治療雜志. 2020,27(11)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：9 頁

【部分圖文】：

在前列腺癌多烯紫杉醇耐藥細(xì)胞PC3-DTX中驗證CITED2表達(dá)水平

經(jīng)過初步篩選后在GSE33455數(shù)據(jù)庫（包括前列腺癌親本細(xì)胞DU145、PC3和多烯紫杉醇耐藥細(xì)胞DU145-DTX、PC3-DTX）中一共得到1 596個在前列腺癌多烯紫杉醇耐藥細(xì)胞DU145-DTX和PC3-DTX中差異表達(dá)的基因，其中與親本細(xì)胞相比，在耐藥細(xì)胞中高表達(dá)的基因634個，低表達(dá)基因962個。在GSE6956數(shù)據(jù)庫（包括18例前列腺癌旁正常組織和69例前列腺癌組織）中共篩選得到3 793個差異表達(dá)基因，其中前列腺癌組織中高表達(dá)的基因2 614個，低表達(dá)的基因1 179個（圖1A）。對GSE6956和GSE33455中獲得的差異表達(dá)基因取交集，共有173個基因在前列腺癌組織和耐藥細(xì)胞中共同高表達(dá)，54個基因在前列腺癌組織和耐藥細(xì)胞中共同低表達(dá)（圖1B）。采用Cluster3.0和Tree View進(jìn)行聚類分析和可視化處理，結(jié)果（圖1C）顯示，這些差異表達(dá)基因分別在這兩個數(shù)據(jù)庫中呈現(xiàn)顯著特異性。選取這227個基因作為前列腺癌組織和多烯紫杉醇耐藥細(xì)胞共同差異表達(dá)基因進(jìn)行下一步的分析。2.2 共同差異表達(dá)基因的GO分析和KEGG信號通路分析

通過DAVID網(wǎng)站進(jìn)行GO和KEGG的富集分析。GO分析信號通路分析結(jié)果顯示，前列腺癌組織和多烯紫杉醇耐藥細(xì)胞中共同差異表達(dá)基因，主要參與轉(zhuǎn)錄的負(fù)調(diào)控，DNA模板（negative regulation of transcription,DNA-templated,P=0.004 3），轉(zhuǎn)錄的正調(diào)控，DNA模板（positive regulation of transcription,DNA-templated,P=0.032），細(xì)胞間黏附（cell-cell adhesion,P=0.012），自噬（autophagy,P=0.000 77），胞內(nèi)蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)運（intracellular protein transport,P=0.018）等生物學(xué)進(jìn)程；其主要分子功能為蛋白質(zhì)結(jié)合（protein binding,P=0.000 033),ATP結(jié)合（ATP binding,P=0.005 5），相同蛋白結(jié)合（identical protein binding,P=0.023），轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合（transcription factor binding,P=0.001 5），蛋白質(zhì)異源二聚體活性（protein heterodimerization activity,P=0.039）；主要與細(xì)胞質(zhì)（cytoplasm,P=0.000 83），胞液（cytosol,P=0.000 19），胞外外泌體（extracellular exosome,P=0.000 46），核質(zhì)（nucleoplasm,P=0.0038），細(xì)胞膜（membrane,P=0.000 20）等細(xì)胞組分相關(guān)（圖2A）。KEGG結(jié)果顯示差異表達(dá)基因主要和溶酶體（Lysosome,P=0.005 7），鞘脂類信號通路（Sphingolipid signaling pathway,P=0.023),Fox O信號通路（Fox O signaling pathway,P=0.035），急性髓系白血病（Acute myeloid leukemia,P=0.040）相關(guān)（圖2B）。2.3 差異表達(dá)基因的PPI構(gòu)建及Hub基因篩選


本文編號：3529469