目的:基于多重生物信息學(xué)分析方法探索腎細(xì)胞癌（renal cell carcinoma）新的預(yù)后標(biāo)志物和治療靶標(biāo)。方法:從Gene Expression Omnibus（GEO）數(shù)據(jù)庫(kù)下載GSE53757和GSE40435基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)集,使用Morpheus（https://software.broadinstitute.org/morpheus）構(gòu)建熱圖,設(shè)置信噪比,挑選相關(guān)基因,并利用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)此進(jìn)行基因本體論（GO）和途徑分析。STRING數(shù)據(jù)庫(kù)（基于GSE53757和GSE40435兩個(gè)數(shù)據(jù)集中確定的共同基因）用于構(gòu)建了由106個(gè)基因組成的便攜式網(wǎng)絡(luò),從中篩選RCC關(guān)鍵的中樞基因。使用視覺(jué)分子相互作用網(wǎng)絡(luò)（Cytoscape）版本3.6（http://www.cytoscape.org）構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)。基于cBioPortal中呈現(xiàn)的數(shù)據(jù)研究總體存活和復(fù)發(fā)的相關(guān)性,選擇了PPI網(wǎng)絡(luò)內(nèi)的COPS7B基因用于體外的進(jìn)一步研究。在RCC細(xì)胞系中利用合適的siRNA敲低COPS7B基因表達(dá),通過(guò)對(duì)比COPS7B基因敲低前后腎癌細(xì)胞增殖和侵襲的能力來(lái)預(yù)... 

【文章來(lái)源】：江蘇大學(xué)江蘇省

【文章頁(yè)數(shù)】：61 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

GSE53757/設(shè)定A類(lèi)和B類(lèi)分別為腫瘤和正常組/Morpheus（https://software.broadinstitute.org）構(gòu)建熱圖

15圖 2.2 GSE40435/設(shè)定 A 類(lèi)和 B 類(lèi)分別為腫瘤和正常組/Morpheus（https://software.broadinstitute.org）構(gòu)建熱圖Fig2.2 GSE40435/Setting category A and B are the tumor, normal group/Morpheus（https://software.broadinstitute.org）construct heat maps

基于多重生信分析對(duì)腎癌新標(biāo)志物 COPS7B 的初步探索2.1.2 Morpheus（https://software.broadinstitute.org）構(gòu)建新的熱圖從 GEO 獲取 GSE53757 和 GSE40435 這兩個(gè)數(shù)據(jù)集之后，通過(guò)兩者之間比較，選擇了兩個(gè)數(shù)據(jù)集所共有的 53 個(gè)基因。利用 Morpheus（https://software.broadinstitute.org）數(shù)據(jù)軟件，將挑選出來(lái)的 53 個(gè)基因所有的數(shù)據(jù)信息輸入軟件，據(jù)此構(gòu)建除了新的熱圖。GSE53757 和 GSE40435 兩組數(shù)據(jù)集共有基因的韋恩圖。（圖 2.3，2.4）A B

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]miR-429對(duì)腎透明細(xì)胞癌細(xì)胞侵襲能力的影響[J]. 郭啟振,司青樂(lè),張輝.  解剖科學(xué)進(jìn)展. 2015(06)

博士論文
[1]CASC2在腎細(xì)胞癌中的功能和調(diào)控機(jī)制研究[D]. 曹赟杰.蘇州大學(xué) 2016

碩士論文
[1]C1QBP在腎癌發(fā)展進(jìn)程中的作用[D]. 陳雅婧.天津醫(yī)科大學(xué) 2016



本文編號(hào)：3441822