【摘要】：前列腺癌是一種常見的復(fù)雜疾病，同時(shí)伴有很高的致死率。因此識(shí)別前列腺癌關(guān)聯(lián)的基因和生物標(biāo)記物變得十分迫切和需要，它們可以用于研究疾病進(jìn)展的潛在發(fā)生機(jī)理和制定有效的早期診斷和治療辦法。 在本文中，我們推出了在系統(tǒng)層次上整合基因表達(dá)和蛋白質(zhì)交互網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)的分析流程，致力于獲得在前列腺癌癌變過程中的疾病關(guān)聯(lián)基因或生物標(biāo)記物。首先，我們創(chuàng)建人類前列腺癌蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)(HPC-PPIN)，之后我們將前列腺癌基因表達(dá)數(shù)據(jù)映射到網(wǎng)絡(luò)中的每個(gè)節(jié)點(diǎn)上,利用這種方法去識(shí)別前列腺癌癌變過程中的模塊標(biāo)記物。最后，我們驗(yàn)證了獲得的模塊生物標(biāo)記物。同時(shí)，我們獲得了不同前列腺癌癌癥階段的模塊。通過這些模塊，我們識(shí)別得到了通路transcriptionAndrogen Receptor (AR) nuclear signaling和Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR)signaling pathway，它們可以作為前列腺癌癌變的通路靶點(diǎn)。相比一些已報(bào)道的生物標(biāo)記物，通過我們提出的方法識(shí)別的疾病標(biāo)記物在前列腺癌癌變過程中具有更強(qiáng)的預(yù)測(cè)性。進(jìn)行功能富集分析后，我們還發(fā)現(xiàn)了模塊標(biāo)記物中的基因大多富集在真核功能區(qū)域并編碼成為轉(zhuǎn)錄因子，例如轉(zhuǎn)錄因子AR,Myc,ESR1和一個(gè)隱藏的Sp1轉(zhuǎn)錄因子，它們被考慮作為前列腺癌潛在的新的生物標(biāo)記物。另外，，高通量技術(shù)帶來了爆炸性的數(shù)據(jù)，由于癌癥的復(fù)雜性和不同組學(xué)數(shù)據(jù)之間的異質(zhì)性，使得多組學(xué)數(shù)據(jù)得到的結(jié)果往往不具有一致性。因此，我們開發(fā)了一款軟件IOA(Integrative Omicsdata)，它是基于在系統(tǒng)層次進(jìn)行基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)，microRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)，ChIP-Seq三類組學(xué)數(shù)據(jù)整合分析，最終在通路層次上尋找到它們的一致性。該軟件是基于良好圖形界面的Java程序，并且其中每一個(gè)分析模塊可以單獨(dú)使用。
【學(xué)位授予單位】：蘇州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號(hào)】：R737.25

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前2條

1 李鐵求;馮春瓊;鄒亞光;石嶸;梁爽;毛向明;;基于文獻(xiàn)挖掘的雄激素非依賴型前列腺癌特異表達(dá)基因的生物信息學(xué)分析[J];中華男科學(xué)雜志;2009年12期

2 謝超;郜盡;袁運(yùn)生;俞雁;;蛋白質(zhì)相互作用及互作網(wǎng)絡(luò)的生物信息學(xué)分析[J];上海交通大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版);2009年04期

本文編號(hào)：2546340