本文選題：前列腺癌　切入點(diǎn)：染色體　出處：《復(fù)旦大學(xué)》2014年博士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：第一部分：染色體10q11區(qū)域與中國(guó)人群前列腺癌易感性的“精細(xì)定位”研究[背景]：目前已有20多個(gè)GWAS (Genome-wide association studies,全基因組相關(guān)聯(lián)研究)在16條染色體上發(fā)現(xiàn)了70多個(gè)與前列腺癌遺傳易感性相關(guān)的SNPs (Single nucleotide polymorphisms,單核苷酸多態(tài)性),這其中包括由三項(xiàng)GWAS在10q11區(qū)域發(fā)現(xiàn)的rs10993994位點(diǎn)。由于目前大多數(shù)GWAS發(fā)現(xiàn)的易感SNPs與前列腺癌發(fā)病的真正機(jī)制尚不清楚,導(dǎo)致GWAS的研究成果向臨床獲益轉(zhuǎn)化時(shí)遇到諸多困難。一般而言,要研究GWAS發(fā)現(xiàn)的某一SNP在前列腺癌發(fā)生發(fā)展中的機(jī)制需要兩步,第一步是對(duì)該SNP所在區(qū)域進(jìn)行“精細(xì)定位(fine mapping)"研究,目的是為了排除連鎖不平衡的干擾,找出目標(biāo)區(qū)域真正影響前列腺癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的SNP；第二步是依據(jù)SNPs所在基因組的位置信息和前后背景進(jìn)行功能分析。[目的]：本部分在中國(guó)人群中對(duì)染色體10q11區(qū)域進(jìn)行“精細(xì)定位”研究,找出該區(qū)域中真正影響到前列腺癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的位點(diǎn)。[方法]：我們利用ChinaPCa (Chinese Consortium for Prostate Cancer Genetics,中國(guó)前列腺癌遺傳學(xué)協(xié)作組)從多個(gè)中心收集到的1755例前列腺癌患者和1523例健康對(duì)照個(gè)體的血液樣本進(jìn)行此項(xiàng)研究。從HapMap II期中國(guó)人群的數(shù)據(jù)庫(kù)中,在chr10:51194000-51259000的65kb范圍內(nèi),按照r2≥0.8,最小等位基因頻率≥0.05的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行SNPs篩選,共選取12個(gè)SNPs位點(diǎn)：在dbSNPs數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行補(bǔ)充,通過(guò)對(duì)MSMB (Microseminoprotein beta,微精液蛋白p)基因和NCOA4 (Nuclear receptor coactivator 4,細(xì)胞核受體輔激活物4)基因(10q11區(qū)域的兩個(gè)基因)潛在功能區(qū)域的SNPs分析后,再選出3個(gè)SNPs(其中2個(gè)與上述12個(gè)重復(fù),總共13個(gè))。利用Sequenom基因分型技術(shù)平臺(tái)對(duì)樣本的DNA中的13個(gè)SNPs進(jìn)行基因分型。最后用卡方檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)分析各位點(diǎn)與前列腺癌遺傳易感性的關(guān)系。[結(jié)果]13個(gè)SNPs中有一個(gè)位點(diǎn)(rs4630240)在基因分型中應(yīng)答失敗,其余的12個(gè)SNPs的應(yīng)答率在98.3%-99.5%之間,應(yīng)答反應(yīng)良好。在P0.01的水平上,健康對(duì)照組所有的12個(gè)SNPs的基因型頻率都符合哈代-溫伯格平衡。12個(gè)SNPs中有3個(gè)與前列腺癌的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)(P0.05),分別是rs10993994(風(fēng)險(xiǎn)等位基因?yàn)門(mén),P=0.012,OR=1.14)、rs10821609(風(fēng)險(xiǎn)等位基因?yàn)門(mén),P=0.030,OR=1.15)、rs10821610(風(fēng)險(xiǎn)等位基因?yàn)镚, P=0.008, OR=1.16);經(jīng)過(guò)年齡校正后仍是上述三個(gè)SNPs與前列腺癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)(P值分別為0.011、0.028、0.009)。計(jì)算三者之間的r2值分別為：0.18 (rs10993994 vs rs10821609)、0.05 (rs10993994 vs rs10821610)和0.44 (rs10821609 vs rs10821610)。通過(guò)條件logistic回歸模型,調(diào)整去除其中一個(gè)SNP對(duì)另外兩個(gè)SNPs的影響后發(fā)現(xiàn),在P0.05的水平上,只有rs10821610在去除rs10993994的影響后仍然與前列腺癌的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)(P=O.03)。[結(jié)論]染色體10q11區(qū)域中的rs10993994、rs10821609和rs10821610與中國(guó)人群前列腺癌的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān),其中rs10821610最為顯著；rs10993994和rs10821610之間不存在連鎖不平衡,而rs10993994和rs10821609以及rs10821609和rs10821610之間存在著連鎖不平衡,但連鎖的程度較輕；這三個(gè)SNPs可能并非獨(dú)立參與到前列腺癌的發(fā)病,而是相互影響共同參與到前列腺癌的發(fā)病,相互影響的原因可能是連鎖不平衡,也可能是其他原因。第二部分 rs10993994對(duì)前列腺癌細(xì)胞MSMB基因啟動(dòng)子活性的影響[背景]：染色體10q11區(qū)域的SNP:rs10993994能影響中國(guó)及歐美人群前列腺癌的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn),該位點(diǎn)位于MSMB (microseminoprotein beta,微精液蛋白β)基因的啟動(dòng)子區(qū)域,而MSMB基因及其編碼表達(dá)的PSP94 (Prostatic secretary protein 94,前列腺分泌蛋白94)異常與前列腺癌的發(fā)生發(fā)展相關(guān)。[目的]：本部分將探討rs10993994對(duì)前列腺癌細(xì)胞MSMB基因啟動(dòng)子活性的影響。[方法]：化學(xué)合成MSMB基因的啟動(dòng)子序列(MSMB轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)上游299bp至下游36bp),根據(jù)位于序列中間的SNP rs10993994有兩種等位基因(T/C)可能,合成兩條啟動(dòng)子MSMB promoter-T和MSMB promoter-Co將兩條啟動(dòng)子通過(guò)酶切的方法導(dǎo)入熒光素酶報(bào)告基因載體(pGL3-basic vectors)中,篩選陽(yáng)性克隆后,將攜帶啟動(dòng)子的質(zhì)粒轉(zhuǎn)染入前列腺癌細(xì)胞PC-3和LNCaP中,培養(yǎng)48小時(shí)后通過(guò)熒光檢測(cè)儀來(lái)檢測(cè)重組質(zhì)粒中啟動(dòng)子啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄的活性。[結(jié)果]：成功合成兩條啟動(dòng)子MSMB promoter-T和MSMB promoter-C,并分別將其與熒光素酶報(bào)告基因載體重組,形成重組質(zhì)粒pGL3-MSMB promoter-T和pGL3-MSMB promoter-C。在前列腺癌細(xì)胞PC-3中,重組質(zhì)粒MSMB promoter-C組的相對(duì)熒光度為2.27±0.39,顯著高于重組質(zhì)粒MSMB promoter-T組(0.57±0.13)(P0.05)；在前列腺癌細(xì)胞LNCaP中,重組質(zhì)粒MSMB promoter-C組的相對(duì)熒光度為1.70±0.32,顯著高于重組質(zhì)粒MSMB promoter-T組(0.37±0.09)(P0.05)。[結(jié)論]：在前列腺細(xì)胞中重組質(zhì)粒pGL3-MSMB promoter-C的轉(zhuǎn)錄活性要強(qiáng)于重組質(zhì)粒pGL3-MSMB promoter-T的轉(zhuǎn)錄活性。Rs10993994可以影響到MSMB啟動(dòng)子啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄的活性,rs10993994位點(diǎn)上的等位基因胞嘧啶(C)較胸腺嘧啶(T)更能促使MSMB基因轉(zhuǎn)錄。
[Abstract]:......
【學(xué)位授予單位】：復(fù)旦大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號(hào)】：R737.25

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本文編號(hào)：1640387