【摘要】： 第一章口腔粘膜下纖維性變相關(guān)基因差異表達(dá)譜的構(gòu)建及功能聚類分析 研究目的：(1)應(yīng)用人類全基因組寡核苷酸芯片建立口腔粘膜下纖維性變(oral submucous fibrosis，OSF)相關(guān)基因差異表達(dá)譜；(2)基因功能聚類(Gene Ontology，GO)分析，篩選OSF相關(guān)基因群，并探討其在OSF中的作用，為OSF相關(guān)基因篩選提供初步實(shí)驗(yàn)資料。 研究方法：對(duì)切取的OSF病變頰粘膜和正常對(duì)照頰粘膜進(jìn)行總RNA抽提，逆轉(zhuǎn)錄制備探針，純化后與含有21571條基因的人類全基因組寡核苷酸芯片雜交，雜交后信號(hào)經(jīng)掃描儀檢測(cè)和計(jì)算機(jī)分析、篩選，建立OSF相關(guān)基因差異表達(dá)譜；對(duì)OSF相關(guān)基因差異表達(dá)譜進(jìn)行GO分析，篩選OSF相關(guān)基因群。 研究結(jié)果：(1)在OSF中共篩選到2369條差異表達(dá)基因，涉及多個(gè)功能基因群；其中細(xì)胞骨架蛋白基因群、細(xì)胞外基質(zhì)及其代謝相關(guān)基因群、免疫反應(yīng)相關(guān)基因群等經(jīng)GO分析其P-value值相對(duì)較��；(2)膠原基因在OSF早期上調(diào)表達(dá)，其表達(dá)模式與轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子beta-1(transcription growing factor beta-1，TGFB1)基因在OSF早期組織高倍數(shù)上調(diào)表達(dá)模式相似；(3)在OSF中、晚期，基質(zhì)金屬蛋白酶抑制物(matrix metalloproteinase inhibitor，TIMP)TIMPl基因和TIMP3基因、纖溶酶原激活物抑制物-1(plasminogen activator inhibitor-1，PAI1／SERPINEl)基因上調(diào)表達(dá)，尿激酶型纖溶酶原激活物受體(plasminogen activator receptor，urokinase，uPAR／PLAUR)基因下調(diào)表達(dá)；(4)免疫反應(yīng)相關(guān)基因中，細(xì)胞免疫相關(guān)基因出現(xiàn)差異性表達(dá)者多。 結(jié)論：(1)許多功能基因群參與了OSF的發(fā)病過(guò)程，其中細(xì)胞骨架蛋白基因群、細(xì)胞外基質(zhì)及其代謝相關(guān)基因群、免疫相關(guān)基因群在OSF中起重要作用；(2)膠原合成能力增強(qiáng)是OSF早期分子事件，TGFB1基因是早期膠原基因表達(dá)上調(diào)的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子；(3)OSF中期、晚期存在ECM降解能力下降的分子基礎(chǔ)，ECM降解能力下降來(lái)自于TIMP1、TIMP3、PAI1等基因上調(diào)表達(dá)，以及uPAR基因下調(diào)表達(dá)對(duì)相關(guān)蛋白降解酶的抑制；(4)免疫因素在OSF中起重要作用，其中細(xì)胞免疫反應(yīng)相關(guān)基因的差異表達(dá)是OSF的重要機(jī)制之一。 第二章口腔粘膜下纖維性變相關(guān)基因差異表達(dá)譜的路徑(pathway)分析 研究目的：以BIOCARTA、GENMAPP、KEGG三大基因路徑分析數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)口腔粘膜下纖維性變(oral submucous fibrosis，OSF)相關(guān)基因差異表達(dá)譜進(jìn)行基因作用路徑(pathway)分析，探討OSF相關(guān)差異表達(dá)基因的可能路徑。 研究方法：以建立的OSF相關(guān)基因差異表達(dá)譜為基礎(chǔ)，按pathway分析要求完成數(shù)據(jù)整理和準(zhǔn)備，提交www.biorag.org網(wǎng)站，進(jìn)行BIOCARTA、GENMAPP、KEGG三大基因路徑分析數(shù)據(jù)庫(kù)的pathway分析。 研究結(jié)果：(1)OSF相關(guān)差異表達(dá)基因共命中27條具顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的基因相互作用路徑，其中BIOCARTA數(shù)據(jù)庫(kù)命中19條，KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)命中7條，而GENMAPP命中1條；(2)外源異生物經(jīng)細(xì)胞色素P450代謝途徑(Metabolism of xenobiotics by cytochrome P450)命中8條差異表達(dá)基因，其中7條基因在OSF各期均下調(diào)表達(dá)；(3)TGFB信號(hào)通路(TGF-beta signaling pathway)命中15條基因，其中TGFB1基因、Smad2、Smad3、ZFYVE9基因等正性調(diào)節(jié)因子在OSF早期上調(diào)表達(dá)，LTBP1基因等負(fù)性調(diào)節(jié)因子在OSF中、晚期為上調(diào)表達(dá)；(4)Erk1／Erk2 Mapk信號(hào)通路(Erk1／Erk2 Mapk Signaling pathway)共命中13條基因，其中關(guān)鍵信號(hào)調(diào)節(jié)因子ERK1／ERK2基因在OSF早期上調(diào)表達(dá)，中、晚期下調(diào)表達(dá)；(5)Wnt信號(hào)通路(Wnt signaling pathway)共命中14條基因，這些基因在OSF不同時(shí)期出現(xiàn)不同程度差異性表達(dá)。 結(jié)論(1)OSF相關(guān)基因的作用路徑復(fù)雜，是多條基因作用路徑共同作用的結(jié)果，其中外源異生物經(jīng)細(xì)胞色素P450代謝途徑、TGFB信號(hào)通路、Erk1／Erk2 Mapk信號(hào)通路、Wnt信號(hào)通路與OSF存在更密切關(guān)系；(3)外源異生物經(jīng)細(xì)胞色素P450代謝途徑對(duì)具有細(xì)胞毒性和基因毒性的檳榔成分代謝能力下降與與OSF密切相關(guān)；(3)TGFB信號(hào)通路和ERK信號(hào)通路在OSF早期激活，可能協(xié)同參與了OSF早期膠原基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控；(4)Wnt信號(hào)通路存在異常激活的分子基礎(chǔ)，可能與OSF的癌前性質(zhì)及惡性轉(zhuǎn)化相關(guān)。 第三章口腔粘膜下纖維性變相關(guān)基因的篩選與初步研究 研究目的：以前期口腔粘膜下纖維性變(oral submucous fibrosis，OSF)相關(guān)基因差異表達(dá)譜為基礎(chǔ)，篩選和驗(yàn)證候選基因，并對(duì)其在OSF中的作用進(jìn)行初步探討，為揭示OSF本質(zhì)提供實(shí)驗(yàn)依據(jù)。 研究方法：綜合應(yīng)用生物信息學(xué)方法，確定候選基因；抽提28例OSF頰粘膜和10例正常頰粘膜中的總RNA，通過(guò)RT-PCR檢測(cè)候選基因在正常對(duì)照和OSF頰粘膜中mRNA表達(dá)水平。 研究結(jié)果：共篩選到6條候選基因，包括轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子bata 1(transcription growing factor bata-1，TGFB1／TGF-β1)基因、S100鈣結(jié)合蛋白A7(S100 calcium binding protein A7，S100A7)基因、賴氨酰氧化酶樣-1(Lysyl Oxidase-Like 1，LOXL1)基因、白細(xì)胞介素-6(interleukin6{intorferon，beta-2})基因、r-干擾素誘生的單核細(xì)胞因子(Monokine indcued by gamma interferon，CXCL9)基因、趨化因子受體-2(chemokine{c-cmotif}receptor2，CCR_2)基因；所有候選基因在OSF各期中的mRNA表達(dá)模式，同前期人類全基因組寡核苷酸芯片的表達(dá)模式相似；6個(gè)候選基因在OSF不同時(shí)期存在高倍數(shù)差異表達(dá)。 研究結(jié)論：運(yùn)用人類全基因組寡核苷酸芯片建立OSF相關(guān)基因差異表達(dá)譜是可行的，結(jié)果可靠；TGFB1、IL6、CCR2、LOXL1、CXCL9、S100A7是OSF重要的候選基因。
【學(xué)位授予單位】：中南大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2007
【分類號(hào)】：R781.5
【圖文】：

數(shù)據(jù)點(diǎn)為灰色，代表Y值與X值的比值在0.5至2.0之間，為非差異表達(dá)基因;數(shù)據(jù)點(diǎn)為紅色，代表Y值與X值的比值大于2.0，為上調(diào)差異表達(dá)基因;數(shù)據(jù)點(diǎn)為綠色，代表Y值與X值的比值小于0.5，為下調(diào)差異表達(dá)基因(圖1一3)。 scatterPlot一

本文編號(hào)：2772214