本文選題：先天性唇腭裂 + 染色體微陣列分析　； 參考：《廣州醫(yī)科大學》2014年碩士論文

【摘要】：目的 1、探討全基因組高分辨率染色體微陣列技術(chromosome microarrayanalysis, CMA)在先天性唇腭裂畸形患者中的應用價值。 2、探討CMA技術在單純性唇裂(isolated cleft lip, CL)、單純性腭裂(isolated cleftpalate, CP)以及唇腭裂（cleft lip with palate,CLP）患者之間其致病性拷貝數(shù)變異(copy number variants,CNVs)檢出率的差異性。 3、為建立先天性唇腭裂畸形的遺傳學診斷以及產(chǎn)前診斷的臨床操作流程提供理論依據(jù)。 4、為探討應用CMA技術在先天性唇腭裂畸形遺傳學診斷及咨詢中如何最大程度減少臨床意義不明確的CNVs（variants of unknown significance,VOUS）結(jié)果解釋困惑的策略提供實驗室支持。 方法 1、選取自2012年8月至2013年8月在廣州市婦女兒童醫(yī)療中心口腔科確診、并接受手術矯正治療的各種類型先天性唇腭裂畸形、伴或不伴發(fā)其他畸形的臨床患兒共計33例核心家系樣本：非綜合癥型唇腭裂患兒29例，包含了單純性CL患兒10例，單純性CP患兒8例，CLP患兒11例；綜合征型唇腭裂患兒4例，包含了唇腭裂畸形合并先天性心臟病患兒3例，Van der Woude’s綜合癥患兒1例。 2、所有病例均事先經(jīng)常規(guī)G顯帶染色體核型分析，只有染色體核型正常者才進一步行CMA分析。 3、分別使用Qiagen DNA提取試劑盒從患者外周血中提取基因組DNA，并使用NanoDrop分光光度計對DNA的濃度和純度進行測量。 4、根據(jù)美國Affymetrix公司的CytoScan HD芯片平臺（195萬拷貝數(shù)探針和75萬SNP探針）的標準實驗操作流程對樣本DNA進行處理。 5、使用相配套的CHAS軟件對掃描芯片產(chǎn)生的.CEL文件進行數(shù)據(jù)分析。 6、根據(jù)DGV（含正常人的CNVs）、DECIPHER（含患者的表型及致病性片段）、OMIM（含已知的致病基因）、CAGdb、ISCA（含良性與致病性的CNVs）、UCSCGenome Browser（顯示片段中基因的內(nèi)容及功能）及PUBMED等以及本實驗室的內(nèi)部數(shù)據(jù)庫對分析結(jié)果進行在線比對，判斷CNVs的性質(zhì)。 7、針對臨床意義不明確的CNVs結(jié)果，進一步行父母樣本檢測進行綜合家系分析，明確CNVs的性質(zhì)。 8、使用實時熒光定量PCR（real-time polymerase chain reaction, RT-PCR）對致病性CNVs進行驗證。 結(jié)果 1、全部33例患兒均成功進行了全基因組高分辨率CMA技術檢測，CMA結(jié)果提示6例患兒含有致病性CNVs，致病性CNVs檢出率為18.2%(6/33)；26例患兒含有良性CNVs，良性CVNs檢出率為78.8%（26/33）；1例患兒含有臨床意義不明確的CNVs（VOUS），VOUS檢出率為3.0%（1/33）。 2、CMA結(jié)果提示6例含致病性CNVs的患兒中，4例（13.8%，4/29）來源于非綜合癥型唇腭裂患兒，包含了3例單純性CP患兒（37.5%，3/8），1例CLP患兒（9.1%，1/11）；致病性CNVs分別為10q22.2-q22.3微缺失（1766kb）、20p12.1微缺失（184kb）、22q11.21-q11.23微缺失（3163kb）、8p23.1微重復（198kb）；此外，10q22.2-q22.3區(qū)域中的MYST4基因，20p12.1區(qū)域中的MACROD2基因是新發(fā)現(xiàn)的先天性唇腭裂可疑致病基因。2例（50%，2/4）來源于綜合癥型唇腭裂患兒，致病性CNVs分別為18q12.3微重復（638kb）、6q26微缺失（389kb）。 3、CMA結(jié)果提示26例含良性CNVs的患兒中，，19例患兒的CNVs存在于DGV數(shù)據(jù)庫/CHOP數(shù)據(jù)庫中，最常見的4種（P≥5%）分別為8p11.2微缺失/微重復（11.9%）、14q32.33微重復（18.1%）、14q11.2微缺失（5.8%）、22q11.22微重復（11.9%）；4例患兒的CNVs來源于正常父母一方，分別為9q31.1微重復、10p12.33微缺失、7q31.1微缺失、Xp22.33微重復，為國際上首次報道。 4、CMA結(jié)果提示1例患兒含有臨床意義仍然不明確CNVs，該VOUS為5q21.1微缺失（110kb）。 結(jié)論 1、全基因組高分辨率CMA技術在先天性唇腭裂畸形而染色體核型正常的患兒中具有重要的應用價值，該技術能夠?qū)⒅虏⌒訡NVs的總體檢出率額外提高18.2%，并且具有識別新的致病基因的能力。 2、CMA技術對唇腭裂畸形合并其他結(jié)構(gòu)異常的綜合征型患兒其致病性CNVs檢出率高于單一唇腭裂畸形的非綜合征型唇腭裂患兒（50%vs13.8%）。 3、在非綜合征性唇腭裂患兒中，致病性CNVs檢出率從高到低排列為單純性CP(37.5%)CLP(9.1%)單純性CL（0）。單純性CL患兒其基因組發(fā)生不平衡變異的風險較低。 4、在臨床遺傳學診斷和產(chǎn)前診斷中，對于常規(guī)染色體核型分析未見異常的單純性CP、CLP、以及先天性唇腭裂畸形合并其他結(jié)構(gòu)異常的臨床病例，建議進一步行全基因組高分辨率CMA技術分析。 5、實驗室數(shù)據(jù)分析人員和臨床遺傳咨詢醫(yī)生之間的充分交流、結(jié)合家系綜合分析以及內(nèi)外部數(shù)據(jù)庫之間的數(shù)據(jù)比對都能夠顯著降低臨床意義不明確的CNVs(VOUS)。
[Abstract]:objective
1, to explore the application value of chromosome microarrayanalysis (CMA) in patients with congenital cleft lip and palate.
2, to explore the difference in the prevalence of CMA in isolated cleft lip (CL), pure cleft palate (isolated cleftpalate, CP) and cleft lip and palate (cleft lip with palate).
3, to provide theoretical basis for establishing genetic diagnosis and prenatal diagnosis of congenital cleft lip and palate.
4, we provide laboratory support for exploring the strategy of using CMA technology to explain the puzzled strategies of CNVs (variants of unknown significance, VOUS) in the genetic diagnosis and consultation of congenital cleft lip and palate deformity.
Method
1, selected from August 2012 to August 2013 in the Department of Stomatology, Guangzhou women and children's Medical Center, all kinds of congenital cleft lip and palate deformity treated by surgical correction, 33 cases of children with or without other malformed clinical children: 29 cases of children with non syndrome cleft lip and palate, including 10 children with simple CL. 8 children with simple CP, 11 children with CLP, 4 children with cleft lip and palate, 3 cases of cleft lip and palate with congenital heart disease, and 1 children with Van der Woude 's syndrome.
2, all cases were analyzed regularly by G chromosome karyotype. Only CMA with normal karyotype was further analyzed.
3, genomic DNA was extracted from peripheral blood of patients by Qiagen DNA extraction kit, and the concentration and purity of DNA were measured by NanoDrop spectrophotometer.
4, the sample DNA is processed according to the standard experimental operation procedure of CytoScan HD chip platform (1 million 950 thousand copy number probe and 750 thousand SNP probe) of Affymetrix company.
5, use the matching CHAS software to analyze the.CEL files produced by the scanning chip.
6, according to DGV (including normal CNVs), DECIPHER (including the patient's phenotypic and pathogenetic fragments), OMIM (including known pathogenic genes), CAGdb, ISCA (benign and pathogenicity CNVs), UCSCGenome Browser (the contents and functions of the gene in the display segment) and PUBMED and so on, and the internal database of our laboratory to compare the analysis results online, judge the results. The nature of CNVs.
7, in view of the unclear clinical results of CNVs, parents were further tested for comprehensive family analysis to clarify the nature of CNVs.
8, real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) was used to verify the pathogenicity CNVs of PCR.
Result
1, all 33 cases had successful complete genome high resolution CMA test. CMA results showed that 6 cases had pathogenicity CNVs, pathogenetic CNVs detection rate was 18.2% (6/33), 26 cases with benign CNVs, benign CVNs detection rate of 78.8% (26/33), 1 children with clinically significant CNVs (VOUS), VOUS detection rate 3% (1 /33).
2, CMA results suggested that of the 6 children with pathogenic CNVs, 4 (13.8%, 4/29) were derived from children with non syndromic cleft lip and palate, including 3 children with simple CP (37.5%, 3/8), 1 cases of CLP (9.1%, 1/11); pathogenic CNVs were 10q22.2-q22.3 microdeletion (1766kb), 20p12.1 microdeletion (184kb), microsatellite microdeletion. (198kb); in addition, the MYST4 gene in the 10q22.2-q22.3 region and the MACROD2 gene in the 20p12.1 region are the newly discovered congenital lip and palate cleft suspected pathogenic gene.2 (50%, 2/4) from children with syndrome type lip and palate. The pathogenic CNVs is 18q12.3 microrepetition (638kb), 6q26 microdeletion (389kb).
3, CMA results showed that of the 26 children with benign CNVs, 19 cases were found in the DGV database /CHOP database, and the most common 4 species (P > 5%) were 8p11.2 microdeletion / micro repetition (11.9%), 14q32.33 microrepetition (18.1%), 14q11.2 microdeletion (5.8%), 22q11.22 microrepetition (11.9%), 4 cases of CNVs from the normal parents, respectively. It is the first report in the world for 9q31.1 duplication, 10p12.33 microdeletions, 7q31.1 microdeletions and Xp22.33 microduplication.
4, CMA results indicate that the clinical significance of 1 cases is still unclear, CNVs, and the VOUS is 5q21.1 microdeletion (110kb).
conclusion
1, the whole genome high resolution CMA technique is of great value in children with congenital cleft lip and palate with normal karyotype. This technique can increase the total physical examination rate of pathogenicity CNVs by an additional 18.2% and have the ability to identify new pathogenic genes.
2, the incidence of pathogenic CNVs in children with cleft lip and palate with other structural abnormalities is higher than that of non syndromic cleft lip and palate children with single cleft palate and cleft palate (50%vs13.8%).
3, in children with non syndromic cleft lip and palate, the incidence of pathogenicity CNVs was from high to low to simple CP (37.5%) CLP (9.1%) simple CL (0). The risk of unbalanced genomes in children with simple CL was low.
4. In clinical genetic diagnosis and prenatal diagnosis, there is no abnormal simple CP, CLP, and congenital cleft lip and Palate Malformation with other structural abnormalities in clinical genetics diagnosis and prenatal diagnosis. It is suggested that the whole genome high resolution CMA technique should be further analyzed.
5, full communication between laboratory data analysts and clinical genetic counselling doctors, combined with family analysis and data comparisons between internal and external databases, can significantly reduce the CNVs (VOUS) that is not clear in clinical significance.
【學位授予單位】：廣州醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2014
【分類號】：R782.2

【相似文獻】

相關期刊論文 前10條

1 劉宏,秦彥;小兒唇腭裂一次修補術52例體會[J];蘭州醫(yī)學院學報;2003年01期

2 毛小炎;唐世杰;;唇腭裂相關基因研究進展[J];國際病理科學與臨床雜志;2007年03期

3 馬艷春;;1997年～2006年山西省唇腭裂流行病學研究[J];中國優(yōu)生與遺傳雜志;2008年10期

4 謝新朵;樊桂蓮;齊少春;劉洪珍;徐泳;王桂珍;張新穎;李潔;;唇腭裂修補術8例圍術期護理[J];齊魯護理雜志;2009年06期

5 覃朝蓮;;2526例唇腭裂切口愈合相關因素及護理對策[J];護理實踐與研究;2009年21期

6 于君;楊柳;邵杰;李杰;王珂琦;馮秀坤;;2001～2006年沈陽市唇腭裂流行狀況分析[J];中國婦幼保健;2010年06期

7 徐秀清;陸英群;葉金海;;淺談唇腭裂�？谱o士培養(yǎng)的必要性與前景[J];黑龍江醫(yī)學;2011年06期

8 ;2011年第八次中國唇腭裂學術研討會征文及第一輪會議通知[J];中國口腔頜面外科雜志;2011年05期

9 安波;;唇腭裂畸形瑣談[J];赤腳醫(yī)生雜志;1980年04期

10 柳江太;高海拔地區(qū)唇腭裂一次性修復的探討[J];華西口腔醫(yī)學雜志;1999年04期

相關會議論文 前4條

1 楊家翔;董江華;項莉亞;周柳英;周業(yè)英;;產(chǎn)前超聲診斷唇腭裂畸形的價值[A];中華醫(yī)學會超聲醫(yī)學新進展學術會議論文匯編[C];2004年

2 朱保;;淺談唇腭裂序列治療[A];2013年全國激光醫(yī)學學術聯(lián)合會議暨2013年浙江省醫(yī)學會整形美容學術年會論文匯編[C];2013年

3 周艷芳;胡建新;;二維超聲配合三維表面成像診斷胎兒唇腭裂畸形[A];2003年全國醫(yī)學影像技術學術會議論文匯編[C];2003年

4 呂斌;張維;楊穎;;超聲產(chǎn)前診斷胎兒唇腭裂畸形的價值[A];第十次全國中西醫(yī)結(jié)合影像學術研討會暨全國中西醫(yī)結(jié)合影像學研究與診斷學習班資料匯編[C];2009年

相關重要報紙文章 前7條

1 南昌大學附屬口腔醫(yī)院口腔頜面外科 主任醫(yī)師 陳林林;把握時機治療唇腭裂[N];家庭醫(yī)生報;2009年

2 周潤健 房淑清;唇腭裂病因種種[N];中國醫(yī)藥報;2003年

3 記者 衣曉峰 靳萬慶　　通訊員　魏 然;早期唇腭裂同期修復術日臻完美[N];中國中醫(yī)藥報;2003年

4 譚軍;維生素缺乏可致胎兒唇腭裂[N];大眾衛(wèi)生報;2005年

5 陸裕良、朱薇、嚴昊;“幸福微笑”,是為了孩子的微笑[N];新華每日電訊;2006年

6 吳一福;B族維生素預防唇腭裂研究[N];中國醫(yī)藥報;2004年

7 蒲昭和;孕婦應盡量少接觸洗滌劑　[N];中國勞動保障報;2002年

相關博士學位論文 前1條

1 黃永清;中國西部人群IRF6、MSX1基因SNPs與非綜合癥唇腭裂相關性的研究[D];四川大學;2007年

相關碩士學位論文 前10條

1 趙雯;唇腭裂母源性心理高危因素的調(diào)查研究[D];第四軍醫(yī)大學;2011年

2 江國慶;新疆地區(qū)3400例唇腭裂的臨床統(tǒng)計和分析[D];新疆醫(yī)科大學;2009年

3 付楚慧;唇腭裂影響因素及判別分析預測模型研究[D];中南大學;2010年

4 韓越;MTHFR基因多態(tài)性與非綜合征型唇腭裂的關聯(lián)研究[D];南京醫(yī)科大學;2011年

5 周忠偉;寧夏回漢族人群五個易感區(qū)域單核苷酸多態(tài)性與非綜合征型唇腭裂的關聯(lián)研究[D];寧夏醫(yī)科大學;2013年

6 雷婷纓;染色體微陣列技術在先天性唇腭裂畸形患者中的應用[D];廣州醫(yī)科大學;2014年

7 居來提.吐爾遜;212例非綜合征性唇腭裂患者發(fā)生相關因素回顧性分析[D];新疆醫(yī)科大學;2009年

8 胡慧君;唇腭裂嬰幼兒氣質(zhì)及行為特性的研究[D];中南大學;2012年

9 楊欣;新生兒期單側(cè)唇腭裂術前矯治及發(fā)病情況的研究[D];第四軍醫(yī)大學;2009年

10 程鑫;二維超聲聯(lián)合四維超聲診斷胎兒唇腭裂畸形的應用價值研究[D];山西醫(yī)科大學;2014年

本文編號：1977498