目的:阿爾茲海默病（Alzheimer disease,AD）是最常見的神經(jīng)系統(tǒng)退行性疾病,是全世界老年癡呆的主要病因。本研究意在使用加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析的方法獲得與AD臨床特征有顯著關(guān)系的基因模塊,并對模塊基因進行進一步挖掘發(fā)現(xiàn)AD中特異表達的生物標(biāo)記物。方法:利用基因表達數(shù)據(jù)庫GEO（Gene Expression Omnibus）的101個腦組織的芯片數(shù)據(jù)為對象,用加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析（Weighted Gene Co-Expression Network Analysis,WGCNA）的方法進行網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建尋找與AD相關(guān)的模塊,利用R語言的limma包進行正常組和AD組兩組間差異基因表達分析,將差異基因和應(yīng)用WGCNA得到的與AD相關(guān)的模塊內(nèi)基因取交集得到的非編碼RNA作為研究對象,用SPSS繪制受試者工作特性（ROC）曲線評價其診斷價值,用DAVID功能注釋工具進行基因功能注釋。結(jié)果:1、共表達網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建結(jié)果:用GSE84422全基因組表達數(shù)據(jù)利用WGCNA分析結(jié)果顯示與確診的AD顯著相關(guān)的有兩個基因模塊,計算模塊內(nèi)連通性和基因重要性的相關(guān)性,其P值均<0.05,表明模塊... 

【文章來源】：南昌大學(xué)江西省211工程院校

【文章頁數(shù)】：42 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

樣本聚類樹

圖 2 樣本中軟閾值確定3.3 基因模塊識別按照 WGCNA 構(gòu)建共表達網(wǎng)絡(luò)的相應(yīng)步驟，構(gòu)建分層聚類樹后識別基因共表達網(wǎng)絡(luò)，在該實驗中我們利用動態(tài)剪切樹法識別基因模塊，設(shè)定模塊內(nèi)最低基因的個數(shù)是 30 個，最終得到 17 個相應(yīng)的模塊。詳見圖 3.

圖 1 初始模塊劃分及剪枝合并3.4 檢測與 AD 疾病狀態(tài)相關(guān)的模塊用 GSE84422 全基因組表達數(shù)據(jù)利用 WGCNA 分析結(jié)果顯示與確診的 AD顯著相關(guān)的有兩個基因模塊（模塊 brown，模塊 green）。模塊與性狀相關(guān)性熱圖（圖 4A）所示，每一個模塊用一種顏色來表示。圖 4B、4C 表示模塊 brown及 green 模塊內(nèi)連通性和基因重要性的相關(guān)性，其 P 值均＜0.05，表明模塊與確診的 AD 是顯著相關(guān)的。

【參考文獻】：
期刊論文
[1]阿爾茨海默病患者血漿長鏈非編碼RNA51A水平及其與認(rèn)知功能的相關(guān)性[J]. 呂崢,貝玉章,卜桂文,鄧亮,肖樂,鄧炎堯.  中華臨床醫(yī)師雜志(電子版). 2018(02)
[2]權(quán)重基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析在生物醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用[J]. 劉偉,李立,葉樺,屠偉.  生物工程學(xué)報. 2017(11)



本文編號：3626594