人類30多種疾病都與淀粉樣纖維沉積相關,如可傳播海綿狀腦病、系統(tǒng)性淀粉樣變、阿爾茨海默病、帕金森疾病等。隨著淀粉樣纖維沉積疾病受到越來越多的關注,研究其致病機制及調(diào)控機制也越來越迫切。人胱抑素C（HCC）在病理生理過程中都共沉積在阿爾茨海默病或唐氏綜合癥的淀粉樣斑塊中。這種形成淀粉樣纖維的性質(zhì)在其第68位亮氨酸殘基突變?yōu)楣劝滨０泛笮纬傻腖68Q突變體中大大的增強了,可以導致遺傳性胱抑素C淀粉樣血管病。研究表明HCC可以與β淀粉樣蛋白結(jié)合并抑制其纖維和低聚體的形成。HCC野生型與其突變型的結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性差異及其與β淀粉樣蛋白相互作用的區(qū)別目前尚不清楚。采用分子動力學方法討論了單體HCC野生型及其突變型L68Q在328k溫度條件下蛋白結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性的差異,發(fā)現(xiàn)導致L68Q更易于形成二聚體的原因是其第68位由親水的谷氨酸取代成疏水的亮氨酸,導致其疏水核心的擴張,進而增大了蛋白的不穩(wěn)定性并促進了分子間的相互作用。推斷AS區(qū)域可能是HCC形成二聚體的關鍵區(qū)域,其向分子中心偏轉(zhuǎn)之后靠近β1-α1-β2區(qū)域,與分子中心α螺旋發(fā)生相互作用,推動β1-α1-β2區(qū)域背離分子中心,發(fā)展成為二聚體中的亞結(jié)構(gòu)域形式進... 

【文章來源】：遼寧大學遼寧省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：62 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
圖表目錄
引言
    0.1 蛋白質(zhì)的淀粉樣纖維化與疾病
    0.2 胱抑素C 與腦淀粉樣血管病
    0.3 阿爾茨海默病中胱抑素C 對Aβ聚集的影響
    0.4 分子動力學模擬概述
    0.5 分子對接概述
    0.6 研究目的及意義
第1章 HCC 野生型及其突變型 L68Q 結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性的研究
    1.1 實驗目的
    1.2 實驗對象及軟件
        1.2.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)來源及模型構(gòu)建
        1.2.2 分子動力學模擬軟件
    1.3 實驗方法和步驟
        1.3.1 分子動力學模擬
        1.3.2 蛋白質(zhì)模擬分析方法
    1.4 實驗結(jié)果與討論
        1.4.1 WT 和L68Q 整體穩(wěn)定性分析
        1.4.2 各個殘基RMSF 值比較
        1.4.3 分子內(nèi)二硫鍵的分析
        1.4.4 體系疏水核心的變化
        1.4.5 二級結(jié)構(gòu)的分析
        1.4.6 AS 區(qū)域的變化
        1.4.7 Loop1 的變化
    1.5 本章小結(jié)
第2章 HCC 與 Aβ 蛋白的分子對接
    2.1 實驗目的
    2.2 實驗對象及軟件
        2.2.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模型
        2.2.2 分子對接軟件
    2.3 實驗方法和步驟
    2.4 實驗結(jié)果與討論
        2.4.1 WT 與helix 形式Aβ對接
        2.4.2 L68Q 與helix 形式Aβ對接
        2.4.3 WT 與β-sheet 形式Aβ對接
        2.4.4 L68Q 與β-sheet 形式Aβ對接
        2.4.5 HCC 與Aβ對接優(yōu)勢結(jié)果
    2.5 本章小結(jié)
第3章 HCC 與 Aβ復合體的動力學模擬
    3.1 實驗目的
    3.2 實驗對象及軟件
        3.2.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)來源
        3.2.2 分子動力學模擬軟件
    3.3 實驗方法和步驟
        3.3.1 分子動力學模擬
        3.3.2 蛋白質(zhì)模擬分析方法
    3.4 實驗結(jié)果與討論
        3.4.1 蛋白復合體整體穩(wěn)定性分析
        3.4.2 蛋白復合體緊實程度的比較
        3.4.3 HCC 與Aβ間氫鍵的研究
        3.4.4 HCC 與Aβ間疏水作用的研究
        3.4.5 HCC 與Aβ間鹽橋的研究
        3.4.6 蛋白復合體各個殘基RMSF 值比較
    3.5 本章小結(jié)
結(jié)論與展望
致謝
參考文獻
攻讀學位期間發(fā)表的學術論文及參加科研情況


【參考文獻】：
期刊論文
[1]一種考慮蛋白質(zhì)柔性的分子對接方法[J]. 康玲,李洪林,王希誠.  大連理工大學學報. 2008(02)
[2]人朊病毒蛋白及其突變體的溶劑可及性和模擬分析[J]. 孫桂鴻,郭明雄,龔睿,梅芳華,萬云蓮,肖庚富,田波.  中國病毒學. 2004(02)
[3]分子動力學模擬的主要技術[J]. 文玉華,朱如曾,周富信,王崇愚.  力學進展. 2003(01)
[4]化學及生物體系中的分子識別[J]. 徐筱杰,陳麗蓉.  化學進展. 1996(03)

碩士論文
[1]蛋白質(zhì)對接的研究[D]. 奚赫然.哈爾濱工程大學 2009



本文編號：3144725