發(fā)布時間：2017-10-13 12:10

  本文關(guān)鍵詞：基于主成分分析和迭代自組織數(shù)據(jù)分析的阿爾茨海默病致病候選基因的識別

  更多相關(guān)文章： 主成分分析 迭代自組織數(shù)據(jù)分析 AD候選基因 共表達(dá)基因 孤立點基因 致病機制

【摘要】：阿爾茨海默�。ˋlzheimer’s disease，AD）是一種最常見的癡呆，它的致病機理還沒有搞清楚。為了深入理解它的致病機制，，基因芯片微陣列數(shù)據(jù)及其分析變得很有意義，并且這方面的研究已經(jīng)取得了一定進展。因此，本文先介紹了前人的工作：觀察數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)基因表達(dá)水平行向量之間的強線性相關(guān)性特征，進而利用主成分分析法對與AD相關(guān)的基因芯片微陣列數(shù)據(jù)進行降維處理，并發(fā)現(xiàn)列數(shù)據(jù)的緊致聚類特征，并基于此，設(shè)計一維聚類算法，估計出原始數(shù)據(jù)類的信息（類個數(shù)和類中心）。但是，我們發(fā)現(xiàn)盡管第一主成分已經(jīng)占了大多數(shù)信息（約90%），但是剩余的10%的信息也是重要的。因此，本文提出利用一個能夠吸取原有結(jié)果的經(jīng)驗對聚類結(jié)果進行再調(diào)整的高維算法想法，即迭代自組織數(shù)據(jù)分析算法，進一步對估計出來的類和類的個數(shù)進行優(yōu)化，期望得到一個理想的聚類模式。然后利用該聚類模式，采用共軛表達(dá)判據(jù)和緊致破缺判據(jù)，識別出了37個AD候選基因，已有9個得到其他團隊研究的支持。此外，對這些這些基因還做了生物學(xué)分析，得到一些AD深層次的信息：主要涉及細(xì)胞的信號傳導(dǎo)（ECE1，PLD2和PHB），炎癥（il17a），泛素標(biāo)記蛋白降解（UBC）和蛋白質(zhì)合成（rpl32，rps6，rpl23a和rps19）與AD密切相關(guān)。另外，本文還討論了基因TPT1和TUBA1A對AD的潛在影響。最后，基于上述討論本文給出了清晰明確的AD病潛在致病機制通路圖。
【關(guān)鍵詞】：主成分分析 迭代自組織數(shù)據(jù)分析 AD候選基因 共表達(dá)基因 孤立點基因 致病機制
【學(xué)位授予單位】：四川師范大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號】：R749.16
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-8
• 1 緒論8-11
• 1.1 阿爾茨海默病研究現(xiàn)狀8
• 1.2 基因芯片技術(shù)及其應(yīng)用8-10
• 1.3 本文研究的目的和意義10
• 1.4 本文的主要工作10-11
• 2 預(yù)備知識11-22
• 2.1 阿爾茨海默病基因芯片數(shù)據(jù)的組織方式11-12
• 2.2 阿爾茨海默病基因芯片數(shù)據(jù)的兩個特征12-17
• 2.3 基于上述特征的一維聚類算法17-21
• 2.4 本章小結(jié)21-22
• 3 基于 PCA 一維聚類的迭代自組織數(shù)據(jù)分析算法22-28
• 3.1 算法原理與步驟22
• 3.2 算法的參數(shù)設(shè)計22-23
• 3.3 算法的 MATLAB 實現(xiàn)過程23-26
• 3.4 算法的收斂性26-27
• 3.5 本章小結(jié)27-28
• 4 阿爾茨海默病候選基因的識別方法28-31
• 4.1 緊致性概念的簡介28
• 4.2 基因的共表達(dá)和數(shù)據(jù)的緊致性28-29
• 4.3 基因識別的兩種判據(jù)29-30
• 4.4 本章小結(jié)30-31
• 5 阿爾茨海默病候選基因的實驗結(jié)果31-34
• 5.1 伴隨基因的識別31-32
• 5.2 孤立點基因的識別32-33
• 5.3 本章小結(jié)33-34
• 6 阿爾茨海默病候選基因研究34-42
• 6.1 伴隨基因研究34-36
• 6.2 孤立點基因研究36-40
• 6.3 候選基因潛在的致病機理40-41
• 6.4 本章小結(jié)41-42
• 7 結(jié)論42-43
• 參考文獻43-46
• 附錄46-53
• 致謝53

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 趙瑾;周華東;黃麗華;李惠允;;內(nèi)皮素轉(zhuǎn)化酶1啟動子區(qū)T-839G基因多態(tài)性與頸動脈粥樣硬化的相關(guān)性[J];中國腦血管病雜志;2009年07期

本文編號：1024755