本文關鍵詞：云南鼠疫耶爾森氏菌12mDa質(zhì)粒的分離、序列測定及生物信息學分析

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【摘要】：目的:云南省鼠疫菌特有質(zhì)粒分離、回收、序列測定及生物信息學分析,探索云南特有質(zhì)粒的功能及其生物學意義。方法:1.使用耶爾森選擇培養(yǎng)基復蘇含有特有質(zhì)粒的鼠疫菌株,并擴大培養(yǎng)。2.分別使用試劑盒法和改良堿裂法從鼠疫菌中提取質(zhì)粒,并通過瓊脂糖電泳進行質(zhì)粒分離。3.對特有質(zhì)粒進行切膠,并分別使用試劑盒法、冰凍擠壓法、塑料纖維法、透析膜法、挖槽法、電洗脫法、低熔點瓊制糖回收和溶膠后飽和酚抽提進行膠回收實驗。4.對回收成功的質(zhì)粒進行序列測定。5.對序列進行基因組組分分析、基因預測及注釋、比較基因組分析。結果:1.成功復蘇四株含有鼠疫特有質(zhì)粒的菌株341、611、1247、2179號,經(jīng)兩代培養(yǎng)后活性良好,質(zhì)粒穩(wěn)定傳代。2.試劑盒法和堿裂法均可提取到鼠疫菌質(zhì)粒。其中試劑盒法適合較小質(zhì)�；厥�,得到樣品濃度很高、質(zhì)粒譜完整;但大質(zhì)粒(65m Da)條帶不清晰。堿裂法獲得質(zhì)粒濃度較高,條帶分離清晰,但不完整,缺失36m Da質(zhì)粒。綜合考慮,確定2179號鼠疫菌采用試劑盒法,而341、611、1247號鼠疫菌采用堿裂法。3.試劑盒法成功回收到了達到了測序要求的12m Da的質(zhì)粒的樣品。4.12m Da質(zhì)粒樣品成功進行了文庫制備及上機測序,共產(chǎn)出10Mb數(shù)據(jù)�；跍y序數(shù)據(jù)組裝得到該質(zhì)粒為環(huán)狀完整質(zhì)粒,基因組大小為16465 bp,GC含量47.9%,共1個Scaffold,1個Contig,屬于完成圖。5.12m Da質(zhì)�；蚪M含有25個ORFs,總長度為13662bp,平均長度546bp,占基因組全長的82.98%。通過數(shù)據(jù)庫對獲得的ORFs進行功能注釋,在所有預測的ORFs中,13個(52%)ORFs可以被注釋。發(fā)現(xiàn)12m Da質(zhì)粒包含鼠疫菌常規(guī)質(zhì)粒p PCP的pla和pst基因。注釋了其中的轉座因子,包含插入序列IS100和表達砷抗性的轉座子。6.綜合BLASTn和MUMmer軟件分析的結構變異結果,確定這個12m Da質(zhì)粒由常規(guī)鼠疫菌質(zhì)粒p PCP獲得插入序列和轉座子而來。與JAVA9鼠疫菌中的12m Da質(zhì)粒僅有一段基因的差異,這段基因編碼轉座酶滅活衍生物L。7.利用MEGA6軟件制作了系統(tǒng)發(fā)育樹和一致樹。使用MUMmer軟件進行了12m Da質(zhì)粒和其他p PCP質(zhì)粒間的基因共線性同源比對,并按照一定的方向對比對結果進行可視化排序。結論完成了云南省鼠疫耶爾森菌所特有的12m Da質(zhì)粒的制備、測序及生物信息學分析,確定這個12m Da質(zhì)粒由常規(guī)鼠疫菌質(zhì)粒p PCP獲得插入序列和表達砷抗性轉座子而來。
【關鍵詞】：
【學位授予單位】：大理大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R378
【目錄】：

• 英文縮略詞4-5
• 中文摘要5-7
• 英文摘要7-9
• 前言9-12
• 第一章 特殊質(zhì)粒的電泳分離12-20
• 引言12-13
• 實驗技術路線13-14
• 1 材料與方法14-16
• 2 結果和討論16-20
• 第二章 膠回收及膠回收方法比較20-30
• 引言20
• 1 材料與方法20-25
• 2 結果與討論25-29
• 3 討論29-30
• 第三章 12mDa質(zhì)粒測序及生物信息學分析30-46
• 引言30-31
• 測序實驗技術路線31-32
• 生物信息分析路線32-33
• 1 材料與方法33-34
• 2.方法34-35
• 3.結果與討論35-43
• 4 討論43-46
• 小結46-47
• 參考文獻47-50
• 綜述50-57
• 參考文獻55-57
• 致謝57

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本文編號：935897