本文關(guān)鍵詞：2D-PCA在基因特征提取中的應(yīng)用

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【摘要】：目的研究一種高效的基因特征提取方法,以盡可能地克服傳統(tǒng)噪聲基因剔除法中閾值設(shè)置主觀性帶來(lái)的信息丟失問(wèn)題。方法收集Golub等發(fā)布的急性白血病基因表達(dá)譜公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)。相對(duì)寬松地剔除噪聲基因,適當(dāng)增加被選基因數(shù)量,進(jìn)而利用二維主元分析法(2D-PCA)技術(shù)進(jìn)行二次基因特征提取,并采用基于機(jī)器支持向量機(jī)(SVM)的分類形式。結(jié)果文中方法可獲得90個(gè)二次特征和100.00%的分類精度;與直接利用一次特征進(jìn)行分類相比,分類精度可提高2.78~8.35%。結(jié)論通過(guò)適當(dāng)增加被選基因數(shù)量提取高效且維數(shù)相對(duì)較低的特征是可行的。
【作者單位】： 義烏工商職業(yè)技術(shù)學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 基因 特征提取 二次特征 支持向量機(jī) 分類
【基金】：浙江省自然科學(xué)基金資助(Y1100219)
【分類號(hào)】：R341
【正文快照】： 基于基因表達(dá)譜的腫瘤分類研究備受關(guān)注。文獻(xiàn)[1]利用“信噪比”對(duì)急性淋巴性白血病(a-cute lymphoblastic leukemia,ALL)和急性粒細(xì)胞白血病(acute myelocytic leukemia,AML)進(jìn)行噪聲基因過(guò)濾,并進(jìn)行基于投票表決法的分類;文獻(xiàn)[2]針對(duì)淋巴瘤和白血病,利用方差分析排序法選擇

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 王美;梁久禎;;二維PCA非參數(shù)子空間分析的人臉識(shí)別算法[J];計(jì)算機(jī)工程;2011年24期

【共引文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 孔愛(ài)祥;王成儒;;二維類內(nèi)差異信息保持的人臉識(shí)別[J];光電工程;2012年10期

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 王美;不同光照條件下的人臉識(shí)別算法研究[D];江南大學(xué);2012年

【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前4條

1 張旭;曹健;劉玉樹(shù);;二維非參數(shù)化判別分析方法中的人臉識(shí)別算法研究[J];北京理工大學(xué)學(xué)報(bào);2010年04期

2 郭瑞;張淑玲;汪小芬;;人臉識(shí)別特征提取方法和相似度匹配方法研究[J];計(jì)算機(jī)工程;2006年11期

3 范燕;鄭宇杰;吳小俊;楊靜宇;;對(duì)稱LDA及其在人臉識(shí)別中的應(yīng)用[J];計(jì)算機(jī)工程;2010年01期

4 黃亮;趙宇明;;一種自適應(yīng)的非參數(shù)判別分析方法[J];微計(jì)算機(jī)信息;2009年01期

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 汪維鵬;吳萍;王森;李融;;基于近紅外光譜-支持向量機(jī)技術(shù)識(shí)別單堿基差異[J];蘇州大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版);2009年04期

2 張樂(lè)平;閔波;李東方;;結(jié)合支持向量機(jī)的基因表達(dá)特征分析[J];醫(yī)學(xué)信息學(xué)雜志;2010年08期

3 殷彬;方思行;;脾虛證診斷的數(shù)學(xué)模型[J];暨南大學(xué)學(xué)報(bào);2006年03期

4 申明金;柴震;;支持向量機(jī)用于頻哪酮類化合物抗真菌活性的模式識(shí)別[J];數(shù)理醫(yī)藥學(xué)雜志;2011年01期

5 馮煥清;張相華;許文龍;;基于進(jìn)化信息和支持向量機(jī)的酶蛋白亞家族預(yù)測(cè)[J];中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)學(xué)報(bào);2008年07期

6 蔡從中,韓連漪,王萬(wàn)錄,陳宇綜;支持向量機(jī)程序SVMProt預(yù)測(cè)SARS病毒蛋白質(zhì)的功能[J];重慶大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2003年09期

7 吳建斌;李太全;田茂;;改進(jìn)的遺傳算法在白細(xì)胞識(shí)別中的應(yīng)用研究[J];計(jì)算機(jī)工程與應(yīng)用;2007年27期

8 魏聞;郭鋒彪;吳映輝;;基于Z曲線方法重新注釋腦膜炎奈瑟菌MC58株基因組[J];生物物理學(xué)報(bào);2011年06期

9 朱明珠;郭政;李霞;劉帥;李彥輝;高磊;;基因功能預(yù)測(cè)問(wèn)題中的樣本不平衡處理[J];中國(guó)生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)報(bào);2006年02期

10 李冬果;陳斌;華琳;劉紅;鄭衛(wèi)英;張金旺;;應(yīng)用決策樹(shù)挖掘人類淋巴母細(xì)胞的SNP遺傳標(biāo)記[J];中國(guó)優(yōu)生與遺傳雜志;2007年10期

中國(guó)重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 劉濤;宋哲;焦春波;劉偉;;基于支持向量機(jī)SVM方法預(yù)測(cè)CTL表位[A];中國(guó)免疫學(xué)會(huì)第五屆全國(guó)代表大會(huì)暨學(xué)術(shù)會(huì)議論文摘要[C];2006年

2 周寬久;陳雪峰;;人體脈搏波特征提取算法研究[A];大連理工大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)術(shù)論文集（第2卷）[C];2005年

3 周琳;樊笑霞;王皓;郝婉瑩;張玲珍;宓慶梅;仲人前;;細(xì)胞因子對(duì)人B細(xì)胞活化因子基因啟動(dòng)子的調(diào)節(jié)作用[A];全國(guó)臨床免疫檢驗(yàn)研討會(huì)暨第六屆全國(guó)臨床免疫學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編[C];2009年

4 何平;盛躍穎;史耀舟;蔣秀高;秦金紅;張志明;楊楊;趙國(guó)屏;郭曉奎;;問(wèn)號(hào)鉤端螺旋體的比較基因組學(xué)研究[A];2006中國(guó)微生物學(xué)會(huì)第九次全國(guó)會(huì)員代表大會(huì)暨學(xué)術(shù)年會(huì)論文摘要集[C];2006年

5 何平;盛躍穎;史耀舟;蔣秀高;秦金紅;張志明;楊楊;趙國(guó)屏;郭曉奎;;問(wèn)號(hào)鉤端螺旋體的比較基因組學(xué)研究[A];上海市預(yù)防醫(yī)學(xué)會(huì)第二屆學(xué)術(shù)年會(huì)論文匯編[C];2006年

6 袁永明;鄭大勝;周幗萍;竇建琳;黎佳;袁志明;;蘇云金桿菌殺蟲(chóng)質(zhì)粒在炭疽芽胞桿菌中的轉(zhuǎn)移和表達(dá)[A];中國(guó)微生物學(xué)會(huì)《第二屆全國(guó)農(nóng)業(yè)微生物研究及產(chǎn)業(yè)化研討會(huì)》和《第十一屆全國(guó)殺蟲(chóng)微生物學(xué)術(shù)研討會(huì)》暨《湖北省暨武漢市微生物學(xué)會(huì)和內(nèi)蒙古微生物學(xué)會(huì)2008年會(huì)》論文摘要[C];2008年

7 黃建華;曹東升;嚴(yán)軍;許青松;梁逸曾;;人類G蛋白偶聯(lián)受體磷酸化位點(diǎn)識(shí)別網(wǎng)絡(luò)平臺(tái)[A];中國(guó)化學(xué)會(huì)第28屆學(xué)術(shù)年會(huì)第14分會(huì)場(chǎng)摘要集[C];2012年

8 徐焰;;一株大腸桿菌寬宿主譜噬菌體生物學(xué)特性的比較研究[A];第五次全國(guó)中青年檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編[C];2006年

9 任婕;張興林;吳清民;;布魯氏菌otpR基因?qū)υ摼沫h(huán)境耐受力起到重要作用[A];第二屆全國(guó)人畜共患病學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2008年

10 江莉;馮正;許學(xué)年;薛海籌;馮宇;;細(xì)粒棘球蚴AgB亞單位抗原的基因克隆和表達(dá)系統(tǒng)的優(yōu)化[A];全國(guó)寄生蟲(chóng)學(xué)與熱帶醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2006年

中國(guó)重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前3條

1 王雪飛;“基因打靶”研究為何獲獎(jiǎng)[N];健康報(bào);2007年

2 張?zhí)锟?病毒可能幫助人類進(jìn)化[N];健康報(bào);2001年

3 本報(bào)特約撰稿人 陸志城;端粒長(zhǎng)短與體外受精息息相關(guān)[N];醫(yī)藥經(jīng)濟(jì)報(bào);2003年

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 張紹武;基于支持向量機(jī)的蛋白質(zhì)分類研究[D];西北工業(yè)大學(xué);2004年

2 劉濤;支持向量機(jī)方法在T細(xì)胞表位預(yù)測(cè)中的應(yīng)用[D];大連理工大學(xué);2009年

3 梅虎;肽的定量構(gòu)效關(guān)系研究[D];重慶大學(xué);2005年

4 任曉衛(wèi);上海地區(qū)人群甲型流感HA抗原進(jìn)化與基因進(jìn)化關(guān)系研究及H1N1流感潛在免疫顯性位點(diǎn)的篩選[D];復(fù)旦大學(xué);2010年

5 蘇錕楷;HIV-1整合酶S119D/E2C融合蛋白的定向整合及其整合位點(diǎn)的預(yù)測(cè)和分析[D];浙江大學(xué);2011年

6 李立奇;rFN/CDH的亞細(xì)胞位點(diǎn)預(yù)測(cè)及基于LbL技術(shù)的rFN/CDH仿生界面的構(gòu)建及初步評(píng)價(jià)[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2012年

7 靳利霞;蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法研究[D];大連理工大學(xué);2002年

8 趙秀娟;酵母核小體定位的理論預(yù)測(cè)及核小體體外組裝的初步研究[D];內(nèi)蒙古大學(xué);2011年

9 王佳;基于機(jī)器學(xué)習(xí)的A型流感病毒跨種傳播和抗原關(guān)系預(yù)測(cè)研究[D];華中科技大學(xué);2012年

10 蔣慶華;基于生物網(wǎng)絡(luò)的疾病microRNA挖掘技術(shù)研究[D];哈爾濱工業(yè)大學(xué);2010年

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 吳騁;支持向量機(jī)在微陣列基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)分類中的應(yīng)用[D];第二軍醫(yī)大學(xué);2004年

2 單連峰;基因芯片數(shù)據(jù)分析方法的比較研究[D];中國(guó)醫(yī)科大學(xué);2009年

3 湯麗華;基于結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)分析[D];東南大學(xué);2005年

4 陳軍;模式識(shí)別技術(shù)在篩選溶脲脲原體和人精子交叉抗原中的應(yīng)用研究[D];上海交通大學(xué);2007年

5 陳秋劍;人類抗原肽載體結(jié)合力預(yù)測(cè)[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2009年

6 張雪;基于容積脈搏波的微循環(huán)特性研究[D];燕山大學(xué);2012年

7 洪瑋;ECG波形分類算法研究[D];浙江大學(xué);2001年

8 夏錚;1.利用噬菌體展示技術(shù)篩選Gal-α1，，3-Gal結(jié)構(gòu)的模擬肽 2.芋螺毒素M ⅦA的融合表達(dá)、純化及其鑒定[D];浙江大學(xué);2005年

9 鄭永霞;M1GS功能結(jié)構(gòu)位點(diǎn)的初步研究[D];暨南大學(xué);2005年

10 汪云星;基于SVM的Aβ聚集抑制劑和血腦屏障通透性預(yù)測(cè)模型[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2012年

本文編號(hào)：605901