目的探討Ⅰ型單純皰疹病毒(Herpes simplex virus type 1,HSV-1)感染人胚肺二倍體成纖維細胞(KMB-17)對長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的調控作用。方法用HSV-1感染KMB-17細胞,于感染后48h提取RNA進行高通量測序。測序獲得的轉錄本用Cufflinks、CPC和CNCI軟件進行l(wèi)ncRNA的鑒定和注釋,并利用cuffdiff軟件進行差異表達lncRNA的篩選。對篩選的差異表達lncRNA進行靶基因的預測及其GO和KEGG功能富集分析。結果共篩選到891個差異表達的lncRNA,其中上調515個,下調376個。GO和KEGG功能富集分析表明,HSV-1感染誘導表達差異的lncRNA靶基因主要富集在Toll樣受體信號通路,RIG?I樣受體信號通路,Jak-STAT信號通路、Hedgehog信號通路、趨化因子信號通路和細胞代謝相關信號通路上。結論 HSV-1感染KMB-17細胞后誘導細胞lncRNA差異表達并通過靶基因來影響細胞抗病毒免疫和細胞代謝等相關信號通路,調控細胞抗病毒的響應機制。

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【文章目錄】：
材料與方法
    1材料
    2方法
        2.1 HSV-1感染KMB-17細胞
        2.2 lncRNA的注釋
        2.3 lncRNA差異表達分析
        2.4 lncRNA靶基因預測
        2.5 lncRNA靶基因的GO和KEGG富集分析
結果
    1差異表達lncRNA的篩選
    2差異表達lncRNA的功能分析
討論



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